52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0610 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0610  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 184 aa  362  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.809519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5035  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  88.55 
 
 		 183 aa  286  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3208  hypothetical protein  31.13 
 
 		 183 aa  60.1  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1556  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.94 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0707122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0414  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.58 
 
 		 186 aa  55.8  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4951  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.99 
 
 		 222 aa  50.1  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.740211  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4431  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  39.13 
 
 		 180 aa  47.8  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.486198  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0444  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.34 
 
 		 182 aa  47.8  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1622  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  25 
 
 		 184 aa  46.6  0.0002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3518  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.81 
 
 		 211 aa  46.6  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00174485 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3428  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.87 
 
 		 180 aa  46.2  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.21898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3158  TRAP transporter-DctQ subunit putative  35.78 
 
 		 165 aa  45.8  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0961  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  26.21 
 
 		 168 aa  45.8  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.093725  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1778  hypothetical protein  28.37 
 
 		 200 aa  45.8  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442336  normal  0.0573301 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0760  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.47 
 
 		 160 aa  45.4  0.0004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0299127  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0343  hypothetical protein  25.19 
 
 		 182 aa  45.4  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.292372  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2862  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.98 
 
 		 183 aa  45.8  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.779712  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0359  hypothetical protein  25.19 
 
 		 182 aa  45.4  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.537959  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4045  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.03 
 
 		 158 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.918417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0033  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.44 
 
 		 187 aa  45.1  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.870626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0752  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.37 
 
 		 206 aa  45.1  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.417644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2787  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.39 
 
 		 206 aa  44.3  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000522738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3452  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  27.81 
 
 		 206 aa  43.9  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159409  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0558  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.28 
 
 		 159 aa  43.9  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0933  ribosomal protein S3  30.23 
 
 		 164 aa  44.3  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0261181  hitchhiker  0.0059553 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0646  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.53 
 
 		 170 aa  43.9  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.167752 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3097  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.81 
 
 		 206 aa  43.9  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.739132  normal  0.502747 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3569  hypothetical protein  27.56 
 
 		 182 aa  43.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.549682 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3901  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.08 
 
 		 173 aa  43.1  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.507253  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1403  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  29.01 
 
 		 174 aa  43.5  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.392798  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2258  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.83 
 
 		 156 aa  43.5  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2903  hypothetical protein  25.62 
 
 		 182 aa  43.1  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.700783  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1382  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.57 
 
 		 183 aa  42.7  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000585397  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3654  TRAP transporter DctQ family protein  27.15 
 
 		 170 aa  42.7  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.724435 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4501  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.65 
 
 		 179 aa  42.7  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.832526  normal  0.604438 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3221  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.35 
 
 		 225 aa  42.7  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000218018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3328  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.71 
 
 		 186 aa  42.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2907  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.91 
 
 		 166 aa  42.7  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00582886  normal  0.053927 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3328  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.57 
 
 		 183 aa  42  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5331  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.35 
 
 		 193 aa  41.6  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.991967  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1549  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like protein  28.29 
 
 		 165 aa  42  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1506  triosephosphate isomerase (TIM; Triose-phosphateisomerase)  27.27 
 
 		 169 aa  41.6  0.006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0190  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.64 
 
 		 176 aa  41.6  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2279  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.38 
 
 		 170 aa  41.6  0.007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0571  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  28.57 
 
 		 178 aa  41.2  0.008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1575  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  33.98 
 
 		 222 aa  41.2  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3677  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.25 
 
 		 241 aa  41.2  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004049  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  25.88 
 
 		 224 aa  41.2  0.008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2076  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.02 
 
 		 168 aa  41.2  0.008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.380977  normal  0.312464 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5135  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.73 
 
 		 189 aa  41.2  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.621733 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1470  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.79 
 
 		 187 aa  40.8  0.01  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.355581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2936  hypothetical protein  22.6 
 
 		 182 aa  40.8  0.01  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>