51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5035 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5035  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  100 
 
 		 183 aa  362  2e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0610  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  86.34 
 
 		 184 aa  308  4e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.809519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3208  hypothetical protein  31.79 
 
 		 183 aa  56.2  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1556  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.13 
 
 		 179 aa  53.9  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0707122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0414  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35 
 
 		 186 aa  53.1  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3518  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.11 
 
 		 211 aa  49.7  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00174485 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0558  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26 
 
 		 159 aa  49.7  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0961  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  28.08 
 
 		 168 aa  48.9  0.00004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.093725  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4431  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  39.39 
 
 		 180 aa  48.1  0.00006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.486198  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2862  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.2 
 
 		 183 aa  47.8  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.779712  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3158  TRAP transporter-DctQ subunit putative  35.51 
 
 		 165 aa  47  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1622  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  23.43 
 
 		 184 aa  46.6  0.0002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2258  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.83 
 
 		 156 aa  47  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3097  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.67 
 
 		 206 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.739132  normal  0.502747 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1549  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like protein  28.67 
 
 		 165 aa  45.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0033  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.79 
 
 		 187 aa  45.8  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.870626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3428  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.81 
 
 		 180 aa  46.2  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.21898  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1403  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  28.67 
 
 		 174 aa  45.8  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.392798  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0933  ribosomal protein S3  34.15 
 
 		 164 aa  46.2  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0261181  hitchhiker  0.0059553 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1506  triosephosphate isomerase (TIM; Triose-phosphateisomerase)  28.47 
 
 		 169 aa  45.4  0.0004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4501  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.49 
 
 		 179 aa  45.8  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.832526  normal  0.604438 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2936  hypothetical protein  24.18 
 
 		 182 aa  45.4  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3452  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  28 
 
 		 206 aa  45.1  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159409  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0752  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.84 
 
 		 206 aa  45.1  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.417644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3478  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.67 
 
 		 181 aa  44.7  0.0008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3328  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.57 
 
 		 186 aa  44.7  0.0008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0330  tripartite ATP-independent periplasmic transporters, DctQ component, putative  30.85 
 
 		 163 aa  43.9  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000018584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1575  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32 
 
 		 222 aa  44.3  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4045  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.28 
 
 		 158 aa  43.9  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.918417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.85 
 
 		 192 aa  43.9  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2953  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.73 
 
 		 188 aa  43.5  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2660  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.42 
 
 		 219 aa  43.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2238  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.45 
 
 		 167 aa  43.1  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1778  hypothetical protein  27.15 
 
 		 200 aa  42.7  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442336  normal  0.0573301 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3677  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.3 
 
 		 241 aa  42.7  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0619  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.15 
 
 		 182 aa  42.4  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355022  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2076  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.87 
 
 		 168 aa  42.4  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.380977  normal  0.312464 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3805  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.43 
 
 		 196 aa  42  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.969823 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2907  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.79 
 
 		 166 aa  42.4  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00582886  normal  0.053927 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2903  hypothetical protein  27.85 
 
 		 182 aa  42.4  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.700783  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3265  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.38 
 
 		 195 aa  42  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0571  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  28.43 
 
 		 178 aa  42  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3763  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.83 
 
 		 174 aa  41.6  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1970  TRAP dicarboxylate transporter  33.04 
 
 		 688 aa  41.6  0.007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.413092  normal  0.415684 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1608  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.12 
 
 		 169 aa  41.2  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3328  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.36 
 
 		 183 aa  41.6  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3390  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.57 
 
 		 161 aa  41.2  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3654  TRAP transporter DctQ family protein  25.98 
 
 		 170 aa  41.2  0.008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.724435 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0444  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.27 
 
 		 182 aa  41.2  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2544  TRAP-type transport system, small permease component  26.54 
 
 		 168 aa  40.8  0.01  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.809029 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0190  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.33 
 
 		 176 aa  40.8  0.01  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>