35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4522 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4522  hypothetical protein  100 
 
 		 427 aa  850    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5777  major facilitator superfamily MFS_1  30.71 
 
 		 417 aa  179  5.999999999999999e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.328804  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2674  major facilitator superfamily MFS_1  31.12 
 
 		 443 aa  176  7e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4463  major facilitator transporter  27.16 
 
 		 449 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.756392  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6021  major facilitator superfamily MFS_1  29.15 
 
 		 410 aa  129  9.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.99517  normal  0.959126 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7065  major facilitator superfamily MFS_1  27 
 
 		 433 aa  127  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.142517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3758  major facilitator superfamily MFS_1  25.8 
 
 		 418 aa  122  9e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8042  major facilitator superfamily MFS_1  25.48 
 
 		 436 aa  119  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3662  hypothetical protein  27.73 
 
 		 415 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.246746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0959  major facilitator transporter  26.95 
 
 		 434 aa  113  5e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812848 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1225  major facilitator superfamily MFS_1  28.43 
 
 		 468 aa  107  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.041316  normal  0.3032 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3638  major facilitator superfamily MFS_1  26.67 
 
 		 409 aa  106  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0205021  decreased coverage  0.00774423 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8436  major facilitator superfamily MFS_1  27.32 
 
 		 429 aa  105  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.599978 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1069  major facilitator transporter  26.47 
 
 		 395 aa  105  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.865117  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0418  hypothetical protein  26.72 
 
 		 419 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.44044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4177  hypothetical protein  31.75 
 
 		 189 aa  86.7  8e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.464754 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3367  hypothetical protein  84.44 
 
 		 54 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.145119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4592  major facilitator superfamily MFS_1  31.09 
 
 		 408 aa  63.9  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1642  major facilitator superfamily MFS_1  25.37 
 
 		 460 aa  63.2  0.000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3099  major facilitator transporter  24.31 
 
 		 433 aa  62.8  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2901  hypothetical protein  29.85 
 
 		 158 aa  61.6  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.842339 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15780  Major Facilitator Superfamily transporter  24.35 
 
 		 414 aa  58.5  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.475772  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4618  major facilitator superfamily MFS_1  24.15 
 
 		 412 aa  55.8  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_880  major facilitator family transporter  22.19 
 
 		 423 aa  50.8  0.00005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2124  putative MFS-type transporter YdeE  21.26 
 
 		 395 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0942294  normal  0.976791 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1623  putative MFS-type transporter YdeE  21.26 
 
 		 395 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000326131  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2112  major facilitator superfamily MFS_1  21.78 
 
 		 395 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000539855  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01504  hypothetical protein  21.26 
 
 		 395 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.054912  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01493  predicted transporter  21.26 
 
 		 395 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.045441  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1630  putative MFS-type transporter YdeE  21.49 
 
 		 395 aa  46.6  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0579751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1742  putative MFS-type transporter YdeE  21.49 
 
 		 395 aa  46.2  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0931308  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2148  putative MFS-type transporter YdeE  21.04 
 
 		 395 aa  44.3  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.355886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5291  major facilitator superfamily MFS_1  32.26 
 
 		 397 aa  43.5  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4917  major facilitator transporter  20.28 
 
 		 419 aa  43.1  0.009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0995629 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06960  major facilitator family transporter  21.88 
 
 		 396 aa  43.1  0.01  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>