More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3777 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3777  hypothetical protein  100 
 
 		 279 aa  573  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165446 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7889  methyltransferase small  41.85 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0752  putative methylase  31.43 
 
 		 208 aa  74.3  0.000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.016258  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3235  HemK related protein  29.37 
 
 		 202 aa  65.1  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0543082  normal  0.074667 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0597  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, ribosomal protein L3-specific  29.7 
 
 		 326 aa  63.5  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000828022  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1279  HemK family modification methylase  32.52 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1460  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.07 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1623  putative methylase  28.99 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2670  methylase  33.8 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1051  putative methylase  29.29 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0895  methylase  29.71 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1783  modification methylase, HemK family  26.29 
 
 		 281 aa  59.3  0.00000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3373  modification methylase, HemK family  30.32 
 
 		 285 aa  58.2  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.359412  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0498  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  33.58 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0780  methyltransferase  36.23 
 
 		 382 aa  58.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00897963  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1085  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  30.05 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00355762  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0752  modification methylase, HemK family  32.33 
 
 		 262 aa  58.2  0.0000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000141124  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1791  methyltransferase small  32 
 
 		 378 aa  58.2  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1021  HemK family modification methylase  32.87 
 
 		 277 aa  57.8  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0901  putative methylase  28.26 
 
 		 202 aa  57  0.0000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0037483  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0794  protoporphyrinogen oxidase  32.81 
 
 		 277 aa  57  0.0000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2152  HemK family modification methylase  29.22 
 
 		 287 aa  57  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2204  methyltransferase small  32.84 
 
 		 536 aa  56.6  0.0000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.345571  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4971  protein-(glutamine-N5) methyltransferase  28.57 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0361439  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3525  HemK family modification methylase  32.06 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.836843  normal  0.984536 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4471  HemK family modification methylase  35.33 
 
 		 280 aa  56.6  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.44182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0832  methyltransferase small  36.23 
 
 		 386 aa  56.2  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.131539  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3168  HemK family modification methylase  31.65 
 
 		 286 aa  56.2  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0770  HemK family modification methylase  31.65 
 
 		 286 aa  56.2  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.163126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0020  HemK family modification methylase  27.75 
 
 		 285 aa  55.8  0.0000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1572  hypothetical protein  29.89 
 
 		 193 aa  55.8  0.0000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0250932 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4470  methyltransferase small  32.33 
 
 		 223 aa  55.5  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.820054 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1714  HemK family modification methylase  32.3 
 
 		 288 aa  55.5  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.69784  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1700  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  31.9 
 
 		 314 aa  55.1  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1030  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  34.09 
 
 		 286 aa  55.1  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.864294  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0828  methyltransferase small  34.78 
 
 		 382 aa  55.5  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0395  modification methylase, HemK family  37.59 
 
 		 286 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3832  hemK family protein  30.94 
 
 		 286 aa  54.3  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1070  modification methylase, HemK family  32.82 
 
 		 288 aa  54.7  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.31401  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2522  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  30.72 
 
 		 340 aa  54.3  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0388  HemK family modification methylase  28.35 
 
 		 279 aa  54.3  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0365  HemK family modification methylase  37.31 
 
 		 286 aa  54.3  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.850958  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0798  HemK family modification methylase  30.94 
 
 		 286 aa  54.7  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.152142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1581  methylase of polypeptide chain release factor  30.37 
 
 		 275 aa  54.3  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3005  HemK family modification methylase  34.88 
 
 		 288 aa  54.3  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1050  protein methyltransferase HemK  36.52 
 
 		 284 aa  53.5  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1850  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  28.41 
 
 		 302 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.966602  normal  0.416711 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07230  methylase of polypeptide chain release factors  31.32 
 
 		 227 aa  53.5  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.242391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1868  putative methylase  31.21 
 
 		 185 aa  53.1  0.000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.306856 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3142  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  31.37 
 
 		 343 aa  53.1  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.764065  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1157  HemK family modification methylase  32.17 
 
 		 308 aa  53.1  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.198451  normal  0.0970281 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0828  methyltransferase small  34.81 
 
 		 414 aa  53.1  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.267294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3708  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  32.68 
 
 		 285 aa  53.1  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.432001  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1211  HemK family modification methylase  28.05 
 
 		 277 aa  52.8  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0156  HemK family modification methylase  30.73 
 
 		 293 aa  52.8  0.000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0393  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  36.57 
 
 		 286 aa  52.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1344  modification methylase, HemK family  30.36 
 
 		 310 aa  52.8  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.206784  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1608  modification methylase, HemK family protein  31.82 
 
 		 279 aa  52.8  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0638974  normal  0.595082 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3551  HemK family modification methylase  36.29 
 
 		 285 aa  52.8  0.000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.413637  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0493  methyltransferase small  41.18 
 
 		 372 aa  52.4  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0959915  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1198  hypothetical protein  28.78 
 
 		 390 aa  52.4  0.000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1772  HemK family modification methylase  34.48 
 
 		 314 aa  52.4  0.000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4319  modification methylase, HemK family  26.7 
 
 		 286 aa  52.4  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.173015  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1388  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  30.72 
 
 		 304 aa  52  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2911  HemK family modification methylase  33.33 
 
 		 280 aa  52  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.931835 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1234  HemK family modification methylase  31.25 
 
 		 305 aa  52  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0352  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, ribosomal protein L3-specific  33.09 
 
 		 303 aa  51.6  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.576834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0135  HemK family modification methylase  37.21 
 
 		 283 aa  51.6  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000756986  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4676  methyltransferase small  32.54 
 
 		 380 aa  52  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  28.07 
 
 		 343 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3599  methyltransferase small  32.54 
 
 		 380 aa  52  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0173  ribosomal protein L3 N-methyltransferase  33.09 
 
 		 303 aa  51.6  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18041  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  28.07 
 
 		 343 aa  51.6  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2594  modification methylase, HemK family  29.07 
 
 		 310 aa  50.8  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1076  HemK family modification methylase  30.26 
 
 		 276 aa  51.2  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.260993  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3803  modification methylase, HemK family  32.26 
 
 		 285 aa  51.2  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1719  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  26.85 
 
 		 302 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.736808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.49 
 
 		 343 aa  51.2  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1383  HemK family modification methylase  34.09 
 
 		 289 aa  50.8  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1069  putative methylase  28.26 
 
 		 202 aa  51.2  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0279  putative methylase  32.35 
 
 		 185 aa  50.8  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1358  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  29.41 
 
 		 340 aa  50.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.776581  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3974  modification methylase, HemK family  29.7 
 
 		 307 aa  50.4  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1585  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  29.17 
 
 		 297 aa  50.4  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.123528  normal  0.907026 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0948  peptide release factor glutamine N(5)-methylase  31.11 
 
 		 301 aa  50.8  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1353  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.58 
 
 		 317 aa  50.4  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0724  modification methylase, HemK family protein  31.82 
 
 		 284 aa  50.8  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2565  hemK family protein  34.09 
 
 		 285 aa  50.4  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.189465 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1673  HemK family modification methylase  30 
 
 		 268 aa  50.8  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0452249  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1555  HemK family modification methylase  37.69 
 
 		 294 aa  50.4  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00502304 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03501  putative protein methyltransferase  29.19 
 
 		 289 aa  50.4  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26100  methyltransferase family protein  28.64 
 
 		 525 aa  50.1  0.00004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0802  HemK family modification methylase  30.72 
 
 		 282 aa  50.4  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0840455  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0866  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  31.34 
 
 		 309 aa  50.1  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0614  methylase of polypeptide chain release factor  29.75 
 
 		 271 aa  50.1  0.00004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5617  ribosomal L11 methyltransferase  29.73 
 
 		 276 aa  49.7  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.395097 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3378  methyltransferase small  31.53 
 
 		 207 aa  50.1  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.480246  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0905  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  32.05 
 
 		 367 aa  49.7  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0374  methyltransferase small  27.81 
 
 		 486 aa  49.7  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0335186  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3458  HemK family modification methylase  32.82 
 
 		 280 aa  49.7  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430635  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>