More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3608 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00075  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.64 
 
 		 363 aa  649    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3525  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.64 
 
 		 363 aa  649    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3536  3-isopropylmalate dehydrogenase  87.57 
 
 		 363 aa  664    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0124  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.91 
 
 		 363 aa  651    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.736589  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.91 
 
 		 363 aa  651    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.91 
 
 		 363 aa  651    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0349763 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3796  3-isopropylmalate dehydrogenase  97.8 
 
 		 363 aa  733    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3608  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 363 aa  746    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2937  3-isopropylmalate dehydrogenase  87.57 
 
 		 363 aa  664    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0121  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.91 
 
 		 363 aa  651    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0744  3-isopropylmalate dehydrogenase  87.6 
 
 		 363 aa  662    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3406  3-isopropylmalate dehydrogenase  87.29 
 
 		 363 aa  661    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0631  3-isopropylmalate dehydrogenase  89.26 
 
 		 363 aa  674    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.305099  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0123  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.91 
 
 		 363 aa  651    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556005 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0593  3-isopropylmalate dehydrogenase  91.18 
 
 		 363 aa  690    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0076  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.64 
 
 		 363 aa  649    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00074  hypothetical protein  85.64 
 
 		 363 aa  649    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3584  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.64 
 
 		 363 aa  649    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00038703 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0621  3-isopropylmalate dehydrogenase  84.53 
 
 		 363 aa  645    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0240916 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0067  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.36 
 
 		 363 aa  647    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.64 
 
 		 363 aa  649    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0080  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.36 
 
 		 363 aa  650    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.64 
 
 		 363 aa  651    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.656199 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2066  3-isopropylmalate dehydrogenase  76.75 
 
 		 363 aa  581  1.0000000000000001e-165  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001657  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.63 
 
 		 363 aa  572  1.0000000000000001e-162  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00816  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.79 
 
 		 363 aa  569  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0376  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.63 
 
 		 363 aa  556  1e-157  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0391  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.11 
 
 		 358 aa  556  1e-157  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3587  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.17 
 
 		 364 aa  518  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4235  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.61 
 
 		 364 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0335  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.78 
 
 		 364 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0369  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.89 
 
 		 364 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3760  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.89 
 
 		 364 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.930795  normal  0.184493 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.23 
 
 		 364 aa  511  1e-144  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0386  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.51 
 
 		 364 aa  512  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0472  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.34 
 
 		 364 aa  511  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3819  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.23 
 
 		 364 aa  514  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0412  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.51 
 
 		 364 aa  512  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160123 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0398  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.51 
 
 		 364 aa  511  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3827  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.68 
 
 		 364 aa  509  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.7 
 
 		 364 aa  509  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.556446 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0336  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.44 
 
 		 364 aa  508  1e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.309261  normal  0.513692 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0394  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.51 
 
 		 364 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221943 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4549  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.32 
 
 		 364 aa  501  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.412128  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03086  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.65 
 
 		 365 aa  478  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4209  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.38 
 
 		 362 aa  469  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3269  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.39 
 
 		 366 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1904  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.85 
 
 		 365 aa  462  1e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000997715  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0045  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.73 
 
 		 362 aa  456  1e-127  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146911  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.34 
 
 		 362 aa  451  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.01 
 
 		 362 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0785  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.06 
 
 		 369 aa  451  1e-125  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.537709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0348  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.34 
 
 		 363 aa  451  1e-125  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000128786  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.61 
 
 		 362 aa  449  1e-125  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.17 
 
 		 362 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.5 
 
 		 362 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000206723  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.94 
 
 		 356 aa  414  1e-114  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1888  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.73 
 
 		 358 aa  410  1e-113  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2099  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.3 
 
 		 355 aa  411  1e-113  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000153808  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0016  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.45 
 
 		 358 aa  409  1e-113  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2095  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.45 
 
 		 358 aa  409  1e-113  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.54 
 
 		 362 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.97 
 
 		 357 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.47 
 
 		 360 aa  397  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0364  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.67 
 
 		 354 aa  395  1e-109  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0381  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.67 
 
 		 354 aa  395  1e-109  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.7 
 
 		 359 aa  398  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.21 
 
 		 358 aa  389  1e-107  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3222  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.55 
 
 		 358 aa  385  1e-106  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1740  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.11 
 
 		 357 aa  387  1e-106  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.97 
 
 		 356 aa  386  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.19 
 
 		 363 aa  384  1e-105  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0017  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.37 
 
 		 355 aa  384  1e-105  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.01 
 
 		 371 aa  384  1e-105  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.65 
 
 		 360 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.39 
 
 		 357 aa  379  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.21 
 
 		 360 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.8 
 
 		 360 aa  376  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.65 
 
 		 360 aa  377  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.57 
 
 		 379 aa  377  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.197257  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.08 
 
 		 354 aa  375  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08261  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.4 
 
 		 359 aa  372  1e-102  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.842173  normal  0.408942 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.95 
 
 		 360 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.95 
 
 		 360 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.41 
 
 		 350 aa  372  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3663  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.23 
 
 		 347 aa  372  1e-102  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.185216  normal  0.76534 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.59 
 
 		 371 aa  373  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0036  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.42 
 
 		 355 aa  374  1e-102  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.246582  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2252  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.76 
 
 		 357 aa  372  1e-102  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1516  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.79 
 
 		 357 aa  374  1e-102  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0986434  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.24 
 
 		 360 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1100  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.26 
 
 		 363 aa  374  1e-102  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.757445  normal  0.166084 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.41 
 
 		 358 aa  372  1e-102  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0509  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.67 
 
 		 357 aa  372  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0194  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.4 
 
 		 359 aa  370  1e-101  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.18652  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09751  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.25 
 
 		 360 aa  370  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.945321  hitchhiker  0.00220334 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1101  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.46 
 
 		 355 aa  371  1e-101  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.815797  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2075  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.6 
 
 		 358 aa  369  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.04 
 
 		 360 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3358  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.51 
 
 		 360 aa  369  1e-101  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>