More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3536 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00075  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.95 
 
 		 363 aa  647    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3525  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.95 
 
 		 363 aa  647    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3796  3-isopropylmalate dehydrogenase  87.57 
 
 		 363 aa  662    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  84.85 
 
 		 363 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0080  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.67 
 
 		 363 aa  648    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0593  3-isopropylmalate dehydrogenase  87.85 
 
 		 363 aa  661    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3608  3-isopropylmalate dehydrogenase  87.57 
 
 		 363 aa  643    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3584  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.95 
 
 		 363 aa  647    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00038703 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0744  3-isopropylmalate dehydrogenase  90.33 
 
 		 363 aa  676    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0124  3-isopropylmalate dehydrogenase  84.85 
 
 		 363 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.736589  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0121  3-isopropylmalate dehydrogenase  84.85 
 
 		 363 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0621  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.67 
 
 		 363 aa  646    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0240916 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00074  hypothetical protein  85.95 
 
 		 363 aa  647    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3536  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 363 aa  744    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  84.85 
 
 		 363 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0349763 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2937  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 363 aa  744    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0067  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.67 
 
 		 363 aa  646    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.95 
 
 		 363 aa  647    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0076  3-isopropylmalate dehydrogenase  85.95 
 
 		 363 aa  647    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3406  3-isopropylmalate dehydrogenase  99.45 
 
 		 363 aa  740    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0631  3-isopropylmalate dehydrogenase  86.98 
 
 		 363 aa  654    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.305099  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  86.23 
 
 		 363 aa  651    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.656199 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0123  3-isopropylmalate dehydrogenase  84.85 
 
 		 363 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556005 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2066  3-isopropylmalate dehydrogenase  76.82 
 
 		 363 aa  578  1e-164  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00816  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.58 
 
 		 363 aa  567  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001657  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.42 
 
 		 363 aa  569  1e-161  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0391  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.83 
 
 		 358 aa  563  1.0000000000000001e-159  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0376  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.87 
 
 		 363 aa  551  1e-156  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4235  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.97 
 
 		 364 aa  518  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0335  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.15 
 
 		 364 aa  519  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3587  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.25 
 
 		 364 aa  519  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0369  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.25 
 
 		 364 aa  519  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3760  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.25 
 
 		 364 aa  518  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.930795  normal  0.184493 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.87 
 
 		 364 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0386  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.15 
 
 		 364 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0472  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.42 
 
 		 364 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0398  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.15 
 
 		 364 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3819  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.87 
 
 		 364 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0412  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.15 
 
 		 364 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160123 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.98 
 
 		 364 aa  508  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.556446 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3827  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.32 
 
 		 364 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0336  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.52 
 
 		 364 aa  504  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.309261  normal  0.513692 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0394  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.04 
 
 		 364 aa  501  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221943 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4549  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.68 
 
 		 364 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.412128  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1904  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.81 
 
 		 365 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000997715  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03086  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.45 
 
 		 365 aa  470  1.0000000000000001e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4209  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.54 
 
 		 362 aa  464  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3269  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.18 
 
 		 366 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.57 
 
 		 362 aa  456  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.85 
 
 		 362 aa  456  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0348  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.17 
 
 		 363 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000128786  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.45 
 
 		 362 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000206723  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0045  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.73 
 
 		 362 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146911  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.12 
 
 		 362 aa  449  1e-125  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0785  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.5 
 
 		 369 aa  449  1e-125  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.537709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.84 
 
 		 362 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2099  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.58 
 
 		 355 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000153808  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2095  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.56 
 
 		 358 aa  416  9.999999999999999e-116  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0016  3-isopropylmalate dehydrogenase  59 
 
 		 358 aa  412  1e-114  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.62 
 
 		 362 aa  409  1e-113  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1888  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.73 
 
 		 358 aa  409  1e-113  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.81 
 
 		 356 aa  409  1e-113  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0381  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.02 
 
 		 354 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0364  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.02 
 
 		 354 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.34 
 
 		 357 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.34 
 
 		 359 aa  404  1e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.19 
 
 		 360 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.18 
 
 		 358 aa  396  1e-109  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1740  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.81 
 
 		 357 aa  397  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.01 
 
 		 371 aa  394  1e-108  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0017  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.21 
 
 		 355 aa  392  1e-108  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.37 
 
 		 360 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3222  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.4 
 
 		 358 aa  389  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.53 
 
 		 356 aa  390  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.95 
 
 		 357 aa  388  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.08 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.78 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.87 
 
 		 379 aa  386  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.197257  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.08 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.34 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.37 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3663  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.56 
 
 		 347 aa  384  1e-105  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.185216  normal  0.76534 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.8 
 
 		 360 aa  382  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.37 
 
 		 360 aa  384  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.83 
 
 		 357 aa  382  1e-105  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.06 
 
 		 358 aa  382  1e-105  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.39 
 
 		 356 aa  382  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1100  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.43 
 
 		 363 aa  384  1e-105  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.757445  normal  0.166084 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.5 
 
 		 363 aa  380  1e-104  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.6 
 
 		 371 aa  379  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  55 
 
 		 359 aa  379  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.54 
 
 		 357 aa  379  1e-104  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1516  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.91 
 
 		 357 aa  379  1e-104  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0986434  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.26 
 
 		 358 aa  380  1e-104  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3233  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.18 
 
 		 357 aa  377  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0488471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09751  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.69 
 
 		 360 aa  375  1e-103  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.945321  hitchhiker  0.00220334 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.95 
 
 		 360 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.65 
 
 		 360 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0114  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.26 
 
 		 352 aa  375  1e-103  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1365  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.48 
 
 		 356 aa  375  1e-103  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.528909  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>