More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3269 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3269  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 366 aa  746    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03086  3-isopropylmalate dehydrogenase  78.99 
 
 		 365 aa  569  1e-161  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3827  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.7 
 
 		 364 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.63 
 
 		 364 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.556446 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0472  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.42 
 
 		 364 aa  531  1e-150  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3587  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.14 
 
 		 364 aa  531  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0369  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.14 
 
 		 364 aa  531  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4235  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.59 
 
 		 364 aa  530  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0412  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.59 
 
 		 364 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160123 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0398  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.59 
 
 		 364 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4549  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.7 
 
 		 364 aa  528  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.412128  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.31 
 
 		 364 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0335  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.75 
 
 		 364 aa  528  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0394  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.26 
 
 		 364 aa  528  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221943 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3760  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.87 
 
 		 364 aa  529  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.930795  normal  0.184493 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0386  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.59 
 
 		 364 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3819  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.47 
 
 		 364 aa  527  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0336  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.26 
 
 		 364 aa  524  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.309261  normal  0.513692 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4209  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.67 
 
 		 362 aa  500  1e-140  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0631  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.22 
 
 		 363 aa  491  9.999999999999999e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.305099  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0744  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.12 
 
 		 363 aa  490  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0123  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.39 
 
 		 363 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556005 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.39 
 
 		 363 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0121  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.39 
 
 		 363 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.39 
 
 		 363 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0349763 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0391  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.2 
 
 		 358 aa  490  1e-137  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0124  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.39 
 
 		 363 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.736589  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0621  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.83 
 
 		 363 aa  487  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0240916 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3796  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.11 
 
 		 363 aa  484  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001657  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.02 
 
 		 363 aa  485  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00075  3-isopropylmalate dehydrogenase  65 
 
 		 363 aa  481  1e-135  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3525  3-isopropylmalate dehydrogenase  65 
 
 		 363 aa  481  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3584  3-isopropylmalate dehydrogenase  65 
 
 		 363 aa  481  1e-135  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00038703 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00074  hypothetical protein  65 
 
 		 363 aa  481  1e-135  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0080  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.72 
 
 		 363 aa  482  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0593  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.83 
 
 		 363 aa  482  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00816  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.46 
 
 		 363 aa  483  1e-135  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0076  3-isopropylmalate dehydrogenase  65 
 
 		 363 aa  481  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  65 
 
 		 363 aa  481  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0376  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.01 
 
 		 363 aa  481  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.9 
 
 		 363 aa  482  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.656199 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2066  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.74 
 
 		 363 aa  480  1e-134  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0067  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.72 
 
 		 363 aa  480  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3536  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.18 
 
 		 363 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2937  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.18 
 
 		 363 aa  474  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3406  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.9 
 
 		 363 aa  473  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3608  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.39 
 
 		 363 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1904  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.05 
 
 		 365 aa  456  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000997715  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0045  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.33 
 
 		 362 aa  448  1e-125  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146911  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.22 
 
 		 362 aa  443  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0348  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.17 
 
 		 363 aa  444  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000128786  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.6 
 
 		 362 aa  442  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000206723  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.44 
 
 		 362 aa  442  1e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 		 362 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.94 
 
 		 362 aa  438  9.999999999999999e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0785  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.28 
 
 		 369 aa  424  1e-117  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.537709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.03 
 
 		 357 aa  394  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1888  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.99 
 
 		 358 aa  390  1e-107  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2095  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.99 
 
 		 358 aa  390  1e-107  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0016  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.34 
 
 		 358 aa  389  1e-107  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.37 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1100  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.48 
 
 		 363 aa  383  1e-105  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.757445  normal  0.166084 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.37 
 
 		 360 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.93 
 
 		 360 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.65 
 
 		 360 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.24 
 
 		 356 aa  382  1e-105  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.08 
 
 		 359 aa  382  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.37 
 
 		 360 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.37 
 
 		 360 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.63 
 
 		 362 aa  384  1e-105  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.91 
 
 		 363 aa  384  1e-105  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.2 
 
 		 357 aa  384  1e-105  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.34 
 
 		 360 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.93 
 
 		 360 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.74 
 
 		 360 aa  375  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.12 
 
 		 350 aa  372  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0364  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.37 
 
 		 354 aa  375  1e-102  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.37 
 
 		 360 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0381  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.37 
 
 		 354 aa  375  1e-102  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.89 
 
 		 360 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.85 
 
 		 371 aa  369  1e-101  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2143  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.21 
 
 		 356 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.11 
 
 		 357 aa  367  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4369  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.26 
 
 		 355 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2099  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.9 
 
 		 355 aa  367  1e-100  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000153808  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.67 
 
 		 358 aa  366  1e-100  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.94 
 
 		 354 aa  363  2e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2887  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.68 
 
 		 355 aa  363  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.423656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6847  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.68 
 
 		 355 aa  363  3e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0118477  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.79 
 
 		 363 aa  362  4e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378872  normal  0.141872 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1819  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.35 
 
 		 356 aa  362  4e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.7246  normal  0.707373 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.78 
 
 		 357 aa  362  6e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1420  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.49 
 
 		 362 aa  362  6e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2131  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.51 
 
 		 355 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.609597  normal  0.0221523 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3762  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.93 
 
 		 367 aa  362  7.0000000000000005e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.84 
 
 		 357 aa  361  8e-99  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4627  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.09 
 
 		 355 aa  362  8e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.391224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0017  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.93 
 
 		 355 aa  361  1e-98  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.33 
 
 		 371 aa  361  1e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.1 
 
 		 358 aa  361  1e-98  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>