50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_1860 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009440  Msed_1860  DNA-directed RNA polymerase, subunit M  100 
 
 		 110 aa  230  6e-60  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.791739 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1266  transcription termination factor Tfs  67.57 
 
 		 114 aa  169  1e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0989  DNA-directed RNA polymerase, subunit M  46.36 
 
 		 124 aa  106  9.000000000000001e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1681  transcription termination factor Tfs  45.45 
 
 		 110 aa  106  1e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1789  transcription termination factor Tfs  46.49 
 
 		 110 aa  103  7e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.02919 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0399  transcription termination factor Tfs  45.61 
 
 		 115 aa  103  1e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.227419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0439  transcription termination factor Tfs  45.54 
 
 		 110 aa  102  2e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0213  transcription termination factor Tfs  46.36 
 
 		 103 aa  102  2e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0625  transcription termination factor Tfs  44.14 
 
 		 109 aa  84  6e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0740  transcription termination factor Tfs  40.71 
 
 		 105 aa  83.6  8e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0929752  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2091  transcription termination factor Tfs  35.19 
 
 		 103 aa  82.8  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1395  transcription termination factor Tfs  40 
 
 		 104 aa  83.2  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1244  transcription termination factor Tfs  37.17 
 
 		 105 aa  82.4  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0156946  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0674  transcription termination factor Tfs  37.17 
 
 		 105 aa  82.4  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.133045  normal  0.0585587 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0911  transcription termination factor Tfs  37.04 
 
 		 104 aa  82.4  0.000000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.71293  hitchhiker  0.0000000426816 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1756  transcription termination factor Tfs  39.45 
 
 		 105 aa  82.4  0.000000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0878  DNA-directed RNA polymerase, subunit M  40.71 
 
 		 104 aa  82.4  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0149  DNA-directed RNA polymerase, subunit M  37.17 
 
 		 105 aa  81.6  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.0000712338  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2194  DNA-directed RNA polymerase, subunit M  40 
 
 		 103 aa  80.9  0.000000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.237105  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0953  transcription termination factor Tfs  40 
 
 		 103 aa  77  0.00000000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.337131  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0804  transcription factor S  35.45 
 
 		 107 aa  74.7  0.0000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.429011  normal  0.277708 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2105  transcription termination factor Tfs  35.45 
 
 		 109 aa  72  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0628  transcription termination factor Tfs  35.45 
 
 		 107 aa  70.1  0.00000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1998  transcription termination factor Tfs  38.05 
 
 		 109 aa  68.9  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.816482  normal  0.168417 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1026  transcription factor TFIIS  44.94 
 
 		 85 aa  67.8  0.00000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.208667  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3187  transcription termination factor Tfs  38.53 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.725935  normal  0.117173 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1356  transcription termination factor Tfs  36.94 
 
 		 107 aa  66.6  0.0000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0817 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0231  transcription termination factor Tfs  36.04 
 
 		 106 aa  65.1  0.0000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.309601  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2365  transcription termination factor Tfs  34.51 
 
 		 107 aa  64.3  0.0000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.18812  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1343  transcription termination factor Tfs  35.14 
 
 		 102 aa  63.9  0.0000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0448  DNA-directed RNA polymerase, subunit M  35.63 
 
 		 96 aa  63.9  0.0000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0970  Transcription factor TFIIS  34.23 
 
 		 108 aa  63.2  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2752  transcription termination factor Tfs  33.94 
 
 		 102 aa  62  0.000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG00720  RNA polymerase III smallest subunit, putative  36.11 
 
 		 132 aa  60.8  0.000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.690195  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34016  predicted protein  28.57 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.698593 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_47067  RNA polymerase III C11 subunit  28.44 
 
 		 111 aa  55.1  0.0000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.749696 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119611  DNA-directed RNA polymerase II subunit 9, probable  25.45 
 
 		 124 aa  53.9  0.0000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.61572  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_13326  RNA polymerase C subunit 11 kDa  26.27 
 
 		 111 aa  50.8  0.000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.976633  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0787  DNA-directed RNA polymerase, M/15 kDa subunit  44.07 
 
 		 88 aa  48.9  0.00002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.76775 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0776  DNA-directed RNA polymerase, M/15 kDa subunit  34.62 
 
 		 89 aa  47.4  0.00007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0730767  hitchhiker  0.00802939 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_48804  DNA-directed RNA polymerase I subunit A12 (RPA12)  29.51 
 
 		 123 aa  46.2  0.0001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.673964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0855  DNA-directed RNA polymerase, M/15 kDa subunit  35.71 
 
 		 91 aa  45.8  0.0002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.40474  normal  0.643175 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1669  DNA-directed RNA polymerase, M/15 kDa subunit  39.68 
 
 		 102 aa  46.2  0.0002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.31353  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1177  DNA-directed RNA polymerase, subunit M  35.9 
 
 		 89 aa  45.8  0.0002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_5818  predicted protein  33.78 
 
 		 173 aa  44.7  0.0004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00487195  normal  0.526788 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61635  DNA-directed RNA polymerase II  27.19 
 
 		 112 aa  44.3  0.0005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.158279 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1847  DNA-directed RNA polymerase, M/15 kDa subunit  37.14 
 
 		 89 aa  43.9  0.0008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.261561 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10970  DNA-directed RNA polymerase I 13.1 kDa polypeptide, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G05480)  28.44 
 
 		 121 aa  42.7  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57286  predicted protein  43.24 
 
 		 294 aa  42  0.003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.271408  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04861  transcription elongation factor S-II (AFU_orthologue; AFUA_3G07670)  31.58 
 
 		 304 aa  40  0.01  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.776551 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>