43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_0970 on replicon NC_012029
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012029  Hlac_0970  Transcription factor TFIIS  100 
 
 		 108 aa  223  9e-58  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3187  transcription termination factor Tfs  64.29 
 
 		 107 aa  132  1.9999999999999998e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.725935  normal  0.117173 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2752  transcription termination factor Tfs  62.96 
 
 		 102 aa  130  6.999999999999999e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1343  transcription termination factor Tfs  62.96 
 
 		 102 aa  129  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0231  transcription termination factor Tfs  60 
 
 		 106 aa  120  6e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.309601  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2194  DNA-directed RNA polymerase, subunit M  48.6 
 
 		 103 aa  100  9e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.237105  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0878  DNA-directed RNA polymerase, subunit M  41.67 
 
 		 104 aa  88.2  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2105  transcription termination factor Tfs  50 
 
 		 109 aa  88.2  4e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0953  transcription termination factor Tfs  43.81 
 
 		 103 aa  87.4  6e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.337131  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1026  transcription factor TFIIS  44.58 
 
 		 85 aa  84  7e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.208667  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0628  transcription termination factor Tfs  46.23 
 
 		 107 aa  83.6  8e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0804  transcription factor S  41.67 
 
 		 107 aa  82.8  0.000000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.429011  normal  0.277708 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0399  transcription termination factor Tfs  38.05 
 
 		 115 aa  79.7  0.00000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.227419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1244  transcription termination factor Tfs  37.96 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0156946  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0911  transcription termination factor Tfs  37.38 
 
 		 104 aa  79.3  0.00000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.71293  hitchhiker  0.0000000426816 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0674  transcription termination factor Tfs  37.96 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.133045  normal  0.0585587 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0213  transcription termination factor Tfs  39.81 
 
 		 103 aa  78.6  0.00000000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1395  transcription termination factor Tfs  41.28 
 
 		 104 aa  77.8  0.00000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0149  DNA-directed RNA polymerase, subunit M  37.96 
 
 		 105 aa  78.2  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.0000712338  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2091  transcription termination factor Tfs  38.68 
 
 		 103 aa  74.7  0.0000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1998  transcription termination factor Tfs  43.12 
 
 		 109 aa  72.4  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.816482  normal  0.168417 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0740  transcription termination factor Tfs  34.26 
 
 		 105 aa  72.8  0.000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0929752  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0439  transcription termination factor Tfs  40 
 
 		 110 aa  69.7  0.00000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1789  transcription termination factor Tfs  36.11 
 
 		 110 aa  69.3  0.00000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.02919 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1681  transcription termination factor Tfs  40 
 
 		 110 aa  69.3  0.00000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2365  transcription termination factor Tfs  42.59 
 
 		 107 aa  68.9  0.00000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.18812  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0448  DNA-directed RNA polymerase, subunit M  40 
 
 		 96 aa  68.2  0.00000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0989  DNA-directed RNA polymerase, subunit M  37.61 
 
 		 124 aa  67  0.00000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1356  transcription termination factor Tfs  37.61 
 
 		 107 aa  65.1  0.0000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0817 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_47067  RNA polymerase III C11 subunit  34.51 
 
 		 111 aa  63.5  0.0000000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.749696 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1860  DNA-directed RNA polymerase, subunit M  34.23 
 
 		 110 aa  63.2  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.791739 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0625  transcription termination factor Tfs  32.41 
 
 		 109 aa  63.2  0.000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1266  transcription termination factor Tfs  33.63 
 
 		 114 aa  62.4  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1756  transcription termination factor Tfs  34.91 
 
 		 105 aa  62  0.000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3089  DNA-directed RNA polymerase subunit M 1  40.37 
 
 		 105 aa  58.2  0.00000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.995345  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00720  RNA polymerase III smallest subunit, putative  34.58 
 
 		 132 aa  55.8  0.0000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.690195  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34016  predicted protein  46.81 
 
 		 120 aa  52.4  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.698593 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_48804  DNA-directed RNA polymerase I subunit A12 (RPA12)  23.93 
 
 		 123 aa  52  0.000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.673964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_13326  RNA polymerase C subunit 11 kDa  44.19 
 
 		 111 aa  48.9  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.976633  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10970  DNA-directed RNA polymerase I 13.1 kDa polypeptide, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G05480)  25.89 
 
 		 121 aa  48.1  0.00004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61635  DNA-directed RNA polymerase II  25.93 
 
 		 112 aa  44.3  0.0005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.158279 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14772  predicted protein  37.5 
 
 		 125 aa  40.8  0.006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0269583 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04219  RNA polymerase III subunit C11, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G06380)  28.57 
 
 		 108 aa  40.4  0.007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.267157  normal  0.568074 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>