More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0077 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0077  malonate decarboxylase subunit beta  100 
 
 		 300 aa  589  1e-167  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.405933 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5372  malonate decarboxylase subunit beta  79.31 
 
 		 292 aa  439  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1766  malonate decarboxylase subunit beta  76.59 
 
 		 305 aa  416  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.38997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1845  malonate decarboxylase subunit beta  69.79 
 
 		 295 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2893  malonate decarboxylase subunit beta  75.43 
 
 		 291 aa  397  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0792  beta subunit of malonate decarboxylase  57.24 
 
 		 311 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0446247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4018  malonate decarboxylase subunit beta  57.53 
 
 		 300 aa  323  3e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2894  acetyl-CoA carboxylase beta subunit  54.77 
 
 		 297 aa  303  3.0000000000000004e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.25289  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1079  malonate decarboxylase subunit beta  54.39 
 
 		 302 aa  292  4e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1144  malonate decarboxylase subunit beta  46.69 
 
 		 295 aa  275  7e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.431032  normal  0.55922 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0790  malonate decarboxylase subunit beta  54.42 
 
 		 309 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1271  malonate decarboxylase subunit beta  54.42 
 
 		 309 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00826271  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6855  malonate decarboxylase subunit beta  52.92 
 
 		 306 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0169  malonate decarboxylase subunit beta  53.93 
 
 		 309 aa  265  7e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.262822  normal  0.360612 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1243  malonate decarboxylase subunit beta  54.42 
 
 		 311 aa  265  7e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522948  normal  0.0801604 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1161  malonate decarboxylase subunit beta  54.06 
 
 		 307 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0048  malonate decarboxylase subunit beta  53.26 
 
 		 310 aa  263  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179733  normal  0.0754943 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0026  malonate decarboxylase subunit beta  52.92 
 
 		 310 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.840906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4414  malonate decarboxylase subunit beta  53.36 
 
 		 334 aa  261  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.671916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3153  malonate decarboxylase subunit beta  51.89 
 
 		 306 aa  259  4e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0027  malonate decarboxylase subunit beta  52.92 
 
 		 310 aa  259  4e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2801  malonate decarboxylase subunit beta  56 
 
 		 315 aa  248  6e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546817  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2048  malonate decarboxylase subunit beta  55.64 
 
 		 310 aa  248  8e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1454  malonate decarboxylase subunit beta  56.62 
 
 		 315 aa  247  1e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601121  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3035  malonate decarboxylase subunit beta  56.62 
 
 		 315 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1484  malonate decarboxylase subunit beta  56.62 
 
 		 315 aa  247  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0541  malonate decarboxylase subunit beta  56.62 
 
 		 315 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1258  malonate decarboxylase subunit beta  56.62 
 
 		 315 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.309742  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0612  malonate decarboxylase subunit beta  56.62 
 
 		 315 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241216  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1584  malonate decarboxylase subunit beta  56.25 
 
 		 315 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554096  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1149  malonate decarboxylase subunit beta  54.42 
 
 		 311 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.571735  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4288  malonate decarboxylase subunit beta  52.94 
 
 		 302 aa  241  9e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.49827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3190  malonate decarboxylase subunit beta  48.95 
 
 		 309 aa  241  1e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409108 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3296  malonate decarboxylase subunit beta  46.88 
 
 		 318 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.966194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1059  malonate decarboxylase subunit beta  47.22 
 
 		 318 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.246574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1324  malonate decarboxylase subunit beta  45.57 
 
 		 318 aa  224  9e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0949  malonate decarboxylase subunit beta  45.27 
 
 		 292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336349  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5084  malonate decarboxylase, beta subunit  43.08 
 
 		 283 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2494  malonate decarboxylase subunit beta  42.52 
 
 		 398 aa  194  1e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10310  malonate decarboxylase subunit beta  43.95 
 
 		 283 aa  192  7e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00325574  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0445  malonate decarboxylase subunit beta  43.08 
 
 		 283 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4942  malonate decarboxylase subunit beta  43.32 
 
 		 281 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0873068 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3866  malonate decarboxylase subunit beta  43.32 
 
 		 281 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5084  malonate decarboxylase subunit beta  41.9 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.297024  normal  0.137892 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4928  malonate decarboxylase subunit beta  43.41 
 
 		 286 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2441  malonate decarboxylase subunit beta  41.36 
 
 		 282 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2880  malonate decarboxylase subunit beta  44.21 
 
 		 282 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0295  malonate decarboxylase subunit beta  44.26 
 
 		 287 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.354415  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4590  malonate decarboxylase subunit beta  39.53 
 
 		 290 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02580  malonate decarboxylase subunit beta  42.98 
 
 		 287 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0046071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5299  malonate decarboxylase subunit beta  46.19 
 
 		 283 aa  176  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223909  normal  0.253962 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3776  malonate decarboxylase subunit beta  42.55 
 
 		 277 aa  175  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0115571 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4818  malonate decarboxylase subunit beta  44.24 
 
 		 294 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.049139  normal  0.0262322 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3657  Acetyl-CoA carboxylase beta subunit-like protein  40.79 
 
 		 380 aa  171  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1244  malonate decarboxylase subunit beta  41.7 
 
 		 277 aa  170  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1847  malonate decarboxylase subunit beta  43.78 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.5038  normal  0.0815679 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2609  malonate decarboxylase subunit beta  41.96 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.17179  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2471  malonate decarboxylase gamma subunit  40.23 
 
 		 499 aa  151  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.719653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1851  carboxyl transferase  35.03 
 
 		 510 aa  89.7  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2042  carboxyl transferase  35.03 
 
 		 510 aa  89.7  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0884189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3755  carboxyl transferase  34.46 
 
 		 510 aa  89.4  8e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0296123  normal  0.253409 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0053  carboxyl transferase  36.78 
 
 		 510 aa  88.2  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2513  carboxyl transferase  34.46 
 
 		 510 aa  88.6  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152871  normal  0.332227 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2130  carboxyl transferase  34.46 
 
 		 514 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1041  carboxyl transferase  35.24 
 
 		 542 aa  87  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0930  carboxyl transferase  33.49 
 
 		 518 aa  86.7  5e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0912  carboxyl transferase  32.88 
 
 		 510 aa  85.9  7e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0792  carboxyl transferase  33.65 
 
 		 524 aa  85.9  8e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.224802  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1152  carboxyl transferase  35.27 
 
 		 529 aa  85.1  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.579492  normal  0.513821 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3787  Propionyl-CoA carboxylase  33.9 
 
 		 510 aa  84.7  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274179 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1754  carboxyl transferase  31.64 
 
 		 510 aa  84.7  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.218371  normal  0.119502 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1021  carboxyl transferase  33.65 
 
 		 531 aa  84  0.000000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.698781  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2694  carboxyl transferase  33.33 
 
 		 510 aa  84  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.219092 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2164  carboxyl transferase  34.46 
 
 		 510 aa  84  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.158421  normal  0.436276 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0821  carboxyl transferase  32.71 
 
 		 536 aa  84  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.588825  normal  0.102269 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0291  carboxyl transferase  31.58 
 
 		 519 aa  84  0.000000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3484  carboxyl transferase  34.46 
 
 		 510 aa  82.8  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3401  carboxyl transferase  34.46 
 
 		 510 aa  82.8  0.000000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2536  carboxyl transferase  30.08 
 
 		 531 aa  82.4  0.000000000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.449472 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2803  propionyl-CoA carboxylase  33.33 
 
 		 510 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.342128  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4230  carboxyl transferase  30.23 
 
 		 552 aa  82  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.551859  normal  0.395293 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0156  carboxyl transferase  34.3 
 
 		 513 aa  82  0.00000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.344953  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0585  carboxyl transferase  30.37 
 
 		 512 aa  81.3  0.00000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25440  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  29.25 
 
 		 532 aa  80.9  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.199435  normal  0.360386 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3374  carboxyl transferase  32.77 
 
 		 510 aa  81.3  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.778087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2437  propionyl-CoA carboxylase  35.39 
 
 		 477 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000506601  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0034  carboxyl transferase  35.59 
 
 		 516 aa  81.3  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.182676  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3083  carboxyl transferase  35.59 
 
 		 516 aa  81.3  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0002503  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4364  carboxyl transferase  31.78 
 
 		 541 aa  81.3  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08340  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  32.86 
 
 		 537 aa  80.9  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0195606  normal  0.225361 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1016  propionyl-CoA carboxylase beta subunit  34.46 
 
 		 510 aa  81.3  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1157  propionyl-CoA carboxylase, beta subunit  31.64 
 
 		 508 aa  80.5  0.00000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.167256  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0856  carboxyl transferase  31.6 
 
 		 527 aa  80.5  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0690985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6390  carboxyl transferase  34.76 
 
 		 543 aa  80.9  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0531526  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0268  carboxyl transferase  30.14 
 
 		 523 aa  80.5  0.00000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0282  carboxyl transferase  33.9 
 
 		 510 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0358  carboxyl transferase  33.9 
 
 		 510 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0326  carboxyl transferase  33.9 
 
 		 510 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.274906  normal  0.0697048 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4697  carboxyl transferase  31.46 
 
 		 528 aa  79.7  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4004  carboxyl transferase  32.77 
 
 		 511 aa  79.7  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.680854 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>