More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4590 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4590  malonate decarboxylase subunit beta  100 
 
 		 290 aa  591  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5084  malonate decarboxylase subunit beta  58.03 
 
 		 296 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.297024  normal  0.137892 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0949  malonate decarboxylase subunit beta  52.5 
 
 		 292 aa  311  6.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336349  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5084  malonate decarboxylase, beta subunit  54.95 
 
 		 283 aa  310  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4942  malonate decarboxylase subunit beta  54.65 
 
 		 281 aa  305  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0873068 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3866  malonate decarboxylase subunit beta  54.65 
 
 		 281 aa  305  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4818  malonate decarboxylase subunit beta  56.74 
 
 		 294 aa  296  3e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.049139  normal  0.0262322 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02580  malonate decarboxylase subunit beta  54.8 
 
 		 287 aa  295  6e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0046071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1847  malonate decarboxylase subunit beta  60.31 
 
 		 300 aa  292  5e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.5038  normal  0.0815679 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0295  malonate decarboxylase subunit beta  53.74 
 
 		 287 aa  291  6e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.354415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0445  malonate decarboxylase subunit beta  53.65 
 
 		 283 aa  290  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3776  malonate decarboxylase subunit beta  56.23 
 
 		 277 aa  290  2e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0115571 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10310  malonate decarboxylase subunit beta  51.82 
 
 		 283 aa  280  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00325574  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1244  malonate decarboxylase subunit beta  56.2 
 
 		 277 aa  279  4e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4928  malonate decarboxylase subunit beta  55.13 
 
 		 286 aa  276  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2609  malonate decarboxylase subunit beta  54.24 
 
 		 277 aa  272  5.000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.17179  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5299  malonate decarboxylase subunit beta  51.82 
 
 		 283 aa  271  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223909  normal  0.253962 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2441  malonate decarboxylase subunit beta  53.87 
 
 		 282 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2880  malonate decarboxylase subunit beta  53.36 
 
 		 282 aa  265  8e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3657  Acetyl-CoA carboxylase beta subunit-like protein  48.86 
 
 		 380 aa  258  7e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1845  malonate decarboxylase subunit beta  41.34 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1766  malonate decarboxylase subunit beta  38.03 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.38997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1324  malonate decarboxylase subunit beta  41.08 
 
 		 318 aa  171  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5372  malonate decarboxylase subunit beta  38.32 
 
 		 292 aa  170  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0792  beta subunit of malonate decarboxylase  38.93 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0446247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0077  malonate decarboxylase subunit beta  42.72 
 
 		 300 aa  168  9e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.405933 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1059  malonate decarboxylase subunit beta  37.1 
 
 		 318 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.246574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3296  malonate decarboxylase subunit beta  36.17 
 
 		 318 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.966194 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1161  malonate decarboxylase subunit beta  40.88 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2893  malonate decarboxylase subunit beta  38.52 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4018  malonate decarboxylase subunit beta  39.58 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0790  malonate decarboxylase subunit beta  42.35 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1271  malonate decarboxylase subunit beta  42.35 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00826271  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1144  malonate decarboxylase subunit beta  39.47 
 
 		 295 aa  161  9e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.431032  normal  0.55922 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4414  malonate decarboxylase subunit beta  40.15 
 
 		 334 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.671916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1079  malonate decarboxylase subunit beta  40.33 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1243  malonate decarboxylase subunit beta  42.35 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522948  normal  0.0801604 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4288  malonate decarboxylase subunit beta  45.29 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.49827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1149  malonate decarboxylase subunit beta  45.91 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.571735  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2048  malonate decarboxylase subunit beta  46.34 
 
 		 310 aa  155  6e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2894  acetyl-CoA carboxylase beta subunit  37.55 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.25289  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0026  malonate decarboxylase subunit beta  42.54 
 
 		 310 aa  148  8e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.840906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0048  malonate decarboxylase subunit beta  39 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179733  normal  0.0754943 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0027  malonate decarboxylase subunit beta  40.57 
 
 		 310 aa  146  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3153  malonate decarboxylase subunit beta  40.42 
 
 		 306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0169  malonate decarboxylase subunit beta  38.93 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.262822  normal  0.360612 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6855  malonate decarboxylase subunit beta  38.93 
 
 		 306 aa  142  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3190  malonate decarboxylase subunit beta  35.96 
 
 		 309 aa  133  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409108 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0541  malonate decarboxylase subunit beta  33.94 
 
 		 315 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3035  malonate decarboxylase subunit beta  33.94 
 
 		 315 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1484  malonate decarboxylase subunit beta  33.94 
 
 		 315 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1454  malonate decarboxylase subunit beta  33.94 
 
 		 315 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601121  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1258  malonate decarboxylase subunit beta  33.94 
 
 		 315 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.309742  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0612  malonate decarboxylase subunit beta  33.94 
 
 		 315 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241216  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1584  malonate decarboxylase subunit beta  33.94 
 
 		 315 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554096  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2801  malonate decarboxylase subunit beta  36.99 
 
 		 315 aa  125  6e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546817  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2494  malonate decarboxylase subunit beta  36.36 
 
 		 398 aa  123  4e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2471  malonate decarboxylase gamma subunit  29.17 
 
 		 499 aa  87.4  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.719653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0156  carboxyl transferase  32.88 
 
 		 513 aa  80.1  0.00000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.344953  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1041  carboxyl transferase  34.25 
 
 		 542 aa  79  0.00000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0034  carboxyl transferase  28.92 
 
 		 516 aa  79  0.00000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.182676  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3083  carboxyl transferase  28.92 
 
 		 516 aa  79  0.00000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0002503  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4364  carboxyl transferase  32.13 
 
 		 541 aa  77.8  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0335  carboxyl transferase  29.23 
 
 		 514 aa  77  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.868559  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1156  carboxyl transferase  28.62 
 
 		 517 aa  76.3  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000234749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1263  acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha  34.21 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1817  Methylmalonyl-CoA carboxytransferase  29.95 
 
 		 517 aa  75.5  0.0000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0051  carboxyl transferase  31.44 
 
 		 517 aa  75.1  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.253581  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0553  carboxyl transferase  28.95 
 
 		 518 aa  74.7  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.965666  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4157  carboxyl transferase  31.94 
 
 		 475 aa  74.3  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.491948 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0317  carboxyl transferase  29.32 
 
 		 514 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1248  carboxyl transferase  31.75 
 
 		 522 aa  74.3  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1320  carboxyl transferase  30.81 
 
 		 530 aa  72.8  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00164381  normal  0.627316 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1152  carboxyl transferase  32.6 
 
 		 529 aa  72.8  0.000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.579492  normal  0.513821 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5528  carboxyl transferase  28.33 
 
 		 522 aa  72.4  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4130  carboxyl transferase  29.06 
 
 		 530 aa  70.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1215  methylmalonyl-CoA decarboxylase alpha chain  30.51 
 
 		 519 aa  70.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.336846  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08340  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  31.13 
 
 		 537 aa  70.9  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0195606  normal  0.225361 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0700  carboxyl transferase  31.35 
 
 		 529 aa  70.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1605  acetyl-CoA carboxylase, carboxyl transferase, beta subunit  31.88 
 
 		 282 aa  70.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0201  carboxyl transferase  32.79 
 
 		 521 aa  70.5  0.00000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0217258  normal  0.713971 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0792  carboxyl transferase  32.04 
 
 		 524 aa  70.5  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.224802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2554  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.68 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2717  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.68 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.339712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2596  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.68 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.505181 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2508  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.68 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25440  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  32.04 
 
 		 532 aa  70.1  0.00000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.199435  normal  0.360386 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2608  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.68 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12852  normal  0.0772282 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1342  carboxyl transferase  30.43 
 
 		 511 aa  69.7  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.525317  normal  0.223983 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1317  carboxyl transferase  28.96 
 
 		 512 aa  69.7  0.00000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0212  carboxyl transferase  31.91 
 
 		 515 aa  70.1  0.00000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2555  propionyl-CoA carboxylase complex B subunit  29.7 
 
 		 534 aa  69.7  0.00000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.117382  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3025  carboxyl transferase  30.49 
 
 		 532 aa  69.3  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.432014 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3941  carboxyl transferase  29.9 
 
 		 536 aa  69.3  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0385716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33750  acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha  32.98 
 
 		 559 aa  69.3  0.00000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5914  carboxyl transferase  30.21 
 
 		 551 aa  69.3  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.744099  normal  0.878673 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0999  carboxyl transferase  28 
 
 		 527 aa  68.9  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6390  carboxyl transferase  33.89 
 
 		 543 aa  68.9  0.00000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0531526  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2694  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  34.21 
 
 		 304 aa  68.9  0.00000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2472  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  34.21 
 
 		 304 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>