More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4942 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4942  malonate decarboxylase subunit beta  100 
 
 
281 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0873068 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3866  malonate decarboxylase subunit beta  100 
 
 
281 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0949  malonate decarboxylase subunit beta  70.61 
 
 
292 aa  392  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336349  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5084  malonate decarboxylase, beta subunit  69.37 
 
 
283 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10310  malonate decarboxylase subunit beta  70 
 
 
283 aa  359  3e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00325574  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0445  malonate decarboxylase subunit beta  69 
 
 
283 aa  354  1e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02580  malonate decarboxylase subunit beta  70.04 
 
 
287 aa  348  7e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0046071  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0295  malonate decarboxylase subunit beta  70.41 
 
 
287 aa  346  3e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.354415  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5299  malonate decarboxylase subunit beta  68.27 
 
 
283 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223909  normal  0.253962 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2880  malonate decarboxylase subunit beta  66.91 
 
 
282 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3776  malonate decarboxylase subunit beta  67.53 
 
 
277 aa  333  2e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0115571 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2441  malonate decarboxylase subunit beta  68.28 
 
 
282 aa  330  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139783  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4928  malonate decarboxylase subunit beta  66.05 
 
 
286 aa  329  4e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5084  malonate decarboxylase subunit beta  60.07 
 
 
296 aa  323  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.297024  normal  0.137892 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1847  malonate decarboxylase subunit beta  61.87 
 
 
300 aa  322  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.5038  normal  0.0815679 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1244  malonate decarboxylase subunit beta  66.04 
 
 
277 aa  320  9.999999999999999e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3657  Acetyl-CoA carboxylase beta subunit-like protein  58.82 
 
 
380 aa  315  4e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4818  malonate decarboxylase subunit beta  60.58 
 
 
294 aa  313  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.049139  normal  0.0262322 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2609  malonate decarboxylase subunit beta  65.43 
 
 
277 aa  311  5.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.17179  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4590  malonate decarboxylase subunit beta  54.65 
 
 
290 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4018  malonate decarboxylase subunit beta  44.35 
 
 
300 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1845  malonate decarboxylase subunit beta  42.91 
 
 
295 aa  187  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1059  malonate decarboxylase subunit beta  42.39 
 
 
318 aa  185  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.246574  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5372  malonate decarboxylase subunit beta  42.91 
 
 
292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0792  beta subunit of malonate decarboxylase  41.04 
 
 
311 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0446247  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1144  malonate decarboxylase subunit beta  41.25 
 
 
295 aa  182  4.0000000000000006e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.431032  normal  0.55922 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3296  malonate decarboxylase subunit beta  41.98 
 
 
318 aa  182  7e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.966194 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1324  malonate decarboxylase subunit beta  43.15 
 
 
318 aa  180  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2893  malonate decarboxylase subunit beta  42.45 
 
 
291 aa  176  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0077  malonate decarboxylase subunit beta  45.93 
 
 
300 aa  174  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.405933 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2894  acetyl-CoA carboxylase beta subunit  41.63 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.25289  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1079  malonate decarboxylase subunit beta  40 
 
 
302 aa  172  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1766  malonate decarboxylase subunit beta  43.58 
 
 
305 aa  172  7.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.38997  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4414  malonate decarboxylase subunit beta  46.75 
 
 
334 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.671916  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1161  malonate decarboxylase subunit beta  46.52 
 
 
307 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0169  malonate decarboxylase subunit beta  46.43 
 
 
309 aa  167  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.262822  normal  0.360612 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0790  malonate decarboxylase subunit beta  46.09 
 
 
309 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1271  malonate decarboxylase subunit beta  46.09 
 
 
309 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00826271  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1243  malonate decarboxylase subunit beta  45.65 
 
 
311 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522948  normal  0.0801604 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4288  malonate decarboxylase subunit beta  45.49 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.49827  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1149  malonate decarboxylase subunit beta  47 
 
 
311 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.571735  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2048  malonate decarboxylase subunit beta  47.47 
 
 
310 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0026  malonate decarboxylase subunit beta  44.74 
 
 
310 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.840906  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6855  malonate decarboxylase subunit beta  45.29 
 
 
306 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0048  malonate decarboxylase subunit beta  43.86 
 
 
310 aa  159  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179733  normal  0.0754943 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3153  malonate decarboxylase subunit beta  44.84 
 
 
306 aa  158  8e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3190  malonate decarboxylase subunit beta  43.64 
 
 
309 aa  158  8e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409108 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0027  malonate decarboxylase subunit beta  44.3 
 
 
310 aa  158  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3035  malonate decarboxylase subunit beta  43.14 
 
 
315 aa  148  9e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0541  malonate decarboxylase subunit beta  43.14 
 
 
315 aa  148  9e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1584  malonate decarboxylase subunit beta  43.14 
 
 
315 aa  148  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554096  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1454  malonate decarboxylase subunit beta  43.14 
 
 
315 aa  148  9e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601121  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1484  malonate decarboxylase subunit beta  43.14 
 
 
315 aa  148  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0612  malonate decarboxylase subunit beta  43.14 
 
 
315 aa  148  9e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241216  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1258  malonate decarboxylase subunit beta  43.14 
 
 
315 aa  148  9e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.309742  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2801  malonate decarboxylase subunit beta  44.35 
 
 
315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546817  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2494  malonate decarboxylase subunit beta  38.28 
 
 
398 aa  136  5e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2471  malonate decarboxylase gamma subunit  33.05 
 
 
499 aa  99.4  7e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.719653  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33750  acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha  35.68 
 
 
559 aa  85.9  8e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2596  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  35.23 
 
 
304 aa  82.4  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.505181 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2717  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  35.23 
 
 
304 aa  82.4  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.339712  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2508  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  35.23 
 
 
304 aa  82.4  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2554  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  35.23 
 
 
304 aa  82.4  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2608  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  35.23 
 
 
304 aa  82.4  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12852  normal  0.0772282 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1156  carboxyl transferase  29.06 
 
 
517 aa  81.6  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000234749  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02241  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  34.72 
 
 
304 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1340  acetyl-CoA carboxylase, carboxyl transferase, beta subunit  34.72 
 
 
304 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.334325  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02201  hypothetical protein  34.72 
 
 
304 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2694  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  34.72 
 
 
304 aa  80.9  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1336  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  34.72 
 
 
304 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.862473 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2472  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  34.72 
 
 
304 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2610  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  34.72 
 
 
304 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3456  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  34.72 
 
 
304 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2467  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  34.72 
 
 
304 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2865  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  34.2 
 
 
301 aa  78.2  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1467  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  38.69 
 
 
305 aa  76.6  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1041  carboxyl transferase  35.26 
 
 
542 aa  76.3  0.0000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4364  carboxyl transferase  34.44 
 
 
541 aa  75.9  0.0000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3332  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33 
 
 
302 aa  75.5  0.0000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00176388  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2200  acetyl-CoA carboxylase carboxyl transferase subunit beta  35.45 
 
 
284 aa  75.5  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2574  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  37.96 
 
 
301 aa  74.7  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0359  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  34.72 
 
 
304 aa  74.3  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1422  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  34.72 
 
 
304 aa  74.3  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1531  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  34.72 
 
 
304 aa  74.3  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5528  carboxyl transferase  28.51 
 
 
522 aa  73.9  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2798  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  34.2 
 
 
305 aa  73.9  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.408856  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2437  propionyl-CoA carboxylase  31.21 
 
 
477 aa  73.9  0.000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000506601  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1263  acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha  36.17 
 
 
310 aa  73.9  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1370  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  36.5 
 
 
303 aa  73.6  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325011  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1605  acetyl-CoA carboxylase, carboxyl transferase, beta subunit  39.44 
 
 
282 aa  73.2  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0153  acetyl-CoA carboxylase, carboxyl transferase, beta subunit  32.65 
 
 
570 aa  73.2  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.93983  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1248  carboxyl transferase  31 
 
 
522 aa  72.8  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1556  acetyl-CoA carboxylase, carboxyl transferase, beta subunit  33.88 
 
 
309 aa  72.8  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.249588  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2370  acetyl-CoA carboxylase, carboxyl transferase, beta subunit  34.03 
 
 
280 aa  72  0.000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00172685  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0737  acetyl-CoA carboxylase, carboxyl transferase, beta subunit  32.11 
 
 
282 aa  72  0.000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.136039  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2044  acetyl-CoA carboxylase, carboxyl transferase, beta subunit  31.69 
 
 
287 aa  72  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115906  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0193  acetyl-CoA carboxylase, carboxyl transferase, beta subunit  31.08 
 
 
293 aa  71.6  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1320  carboxyl transferase  33.51 
 
 
530 aa  71.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00164381  normal  0.627316 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0051  carboxyl transferase  32.96 
 
 
517 aa  71.2  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.253581  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2077  acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha  33.33 
 
 
287 aa  71.2  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>