More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2441 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2441  malonate decarboxylase subunit beta  100 
 
 		 282 aa  557  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2880  malonate decarboxylase subunit beta  87.14 
 
 		 282 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5084  malonate decarboxylase, beta subunit  73.67 
 
 		 283 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10310  malonate decarboxylase subunit beta  75.89 
 
 		 283 aa  403  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00325574  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0445  malonate decarboxylase subunit beta  74.02 
 
 		 283 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0295  malonate decarboxylase subunit beta  72.54 
 
 		 287 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.354415  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02580  malonate decarboxylase subunit beta  72.18 
 
 		 287 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0046071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5299  malonate decarboxylase subunit beta  72.34 
 
 		 283 aa  364  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223909  normal  0.253962 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0949  malonate decarboxylase subunit beta  65.69 
 
 		 292 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3866  malonate decarboxylase subunit beta  68.28 
 
 		 281 aa  347  1e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4942  malonate decarboxylase subunit beta  68.28 
 
 		 281 aa  347  1e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0873068 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1244  malonate decarboxylase subunit beta  65.47 
 
 		 277 aa  331  7.000000000000001e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3776  malonate decarboxylase subunit beta  65.69 
 
 		 277 aa  329  3e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0115571 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4928  malonate decarboxylase subunit beta  64.98 
 
 		 286 aa  328  9e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2609  malonate decarboxylase subunit beta  65.43 
 
 		 277 aa  319  3e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.17179  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5084  malonate decarboxylase subunit beta  61.57 
 
 		 296 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.297024  normal  0.137892 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3657  Acetyl-CoA carboxylase beta subunit-like protein  64.32 
 
 		 380 aa  296  2e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1847  malonate decarboxylase subunit beta  59.36 
 
 		 300 aa  294  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.5038  normal  0.0815679 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4818  malonate decarboxylase subunit beta  58.57 
 
 		 294 aa  288  6e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.049139  normal  0.0262322 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4590  malonate decarboxylase subunit beta  54.07 
 
 		 290 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1845  malonate decarboxylase subunit beta  41.89 
 
 		 295 aa  196  3e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0792  beta subunit of malonate decarboxylase  46.38 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0446247  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5372  malonate decarboxylase subunit beta  40.21 
 
 		 292 aa  190  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4018  malonate decarboxylase subunit beta  46.05 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1766  malonate decarboxylase subunit beta  46.36 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.38997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0077  malonate decarboxylase subunit beta  45.5 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.405933 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2894  acetyl-CoA carboxylase beta subunit  41.8 
 
 		 297 aa  179  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.25289  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1144  malonate decarboxylase subunit beta  42.31 
 
 		 295 aa  178  7e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.431032  normal  0.55922 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0169  malonate decarboxylase subunit beta  43.97 
 
 		 309 aa  178  9e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.262822  normal  0.360612 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4414  malonate decarboxylase subunit beta  47.27 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.671916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1161  malonate decarboxylase subunit beta  46.48 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2893  malonate decarboxylase subunit beta  43.84 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0790  malonate decarboxylase subunit beta  46.09 
 
 		 309 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1271  malonate decarboxylase subunit beta  46.09 
 
 		 309 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00826271  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3153  malonate decarboxylase subunit beta  42.76 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1059  malonate decarboxylase subunit beta  41.98 
 
 		 318 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.246574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0026  malonate decarboxylase subunit beta  44.36 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.840906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1243  malonate decarboxylase subunit beta  44.92 
 
 		 311 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522948  normal  0.0801604 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0048  malonate decarboxylase subunit beta  43.58 
 
 		 310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179733  normal  0.0754943 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1324  malonate decarboxylase subunit beta  40.73 
 
 		 318 aa  172  5e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0027  malonate decarboxylase subunit beta  43.97 
 
 		 310 aa  172  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1079  malonate decarboxylase subunit beta  42.92 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1149  malonate decarboxylase subunit beta  49.77 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.571735  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2048  malonate decarboxylase subunit beta  48.85 
 
 		 310 aa  169  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4288  malonate decarboxylase subunit beta  45.73 
 
 		 302 aa  169  5e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.49827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3296  malonate decarboxylase subunit beta  40.33 
 
 		 318 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.966194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6855  malonate decarboxylase subunit beta  43.62 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3190  malonate decarboxylase subunit beta  42.15 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409108 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1484  malonate decarboxylase subunit beta  41.35 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3035  malonate decarboxylase subunit beta  41.35 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0541  malonate decarboxylase subunit beta  41.35 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0612  malonate decarboxylase subunit beta  41.35 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241216  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1454  malonate decarboxylase subunit beta  41.35 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601121  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1258  malonate decarboxylase subunit beta  41.35 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.309742  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1584  malonate decarboxylase subunit beta  41.54 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554096  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2801  malonate decarboxylase subunit beta  43.53 
 
 		 315 aa  145  6e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546817  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2494  malonate decarboxylase subunit beta  36.15 
 
 		 398 aa  141  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2471  malonate decarboxylase gamma subunit  32.3 
 
 		 499 aa  101  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.719653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2881  carboxyl transferase  34.19 
 
 		 514 aa  88.6  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2907  propionyl-CoA carboxylase  35.2 
 
 		 514 aa  87.8  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1248  carboxyl transferase  32.05 
 
 		 522 aa  82.4  0.000000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0034  carboxyl transferase  32.24 
 
 		 516 aa  78.6  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.182676  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3083  carboxyl transferase  32.24 
 
 		 516 aa  78.6  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0002503  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1156  carboxyl transferase  34.21 
 
 		 517 aa  77  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000234749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2508  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.85 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2554  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.85 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2608  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.85 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12852  normal  0.0772282 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4130  carboxyl transferase  28.46 
 
 		 530 aa  76.6  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1467  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.16 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2596  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.85 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.505181 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2717  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.85 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.339712  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02241  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.85 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1340  acetyl-CoA carboxylase, carboxyl transferase, beta subunit  33.85 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.334325  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2610  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.85 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02201  hypothetical protein  33.85 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3456  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.85 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1336  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.85 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.862473 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2694  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.85 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2467  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.85 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2472  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.85 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4364  carboxyl transferase  30.77 
 
 		 541 aa  75.9  0.0000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33750  acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha  35.42 
 
 		 559 aa  75.5  0.0000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0718  carboxyl transferase  27.94 
 
 		 510 aa  75.1  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.267542  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2798  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.65 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.408856  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1316  carboxyl transferase  28.27 
 
 		 514 aa  74.3  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2003  carboxyl transferase  29.33 
 
 		 510 aa  74.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1325  carboxyl transferase  30 
 
 		 527 aa  73.2  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000015031 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1370  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  30.96 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325011  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2574  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  31.79 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0700  carboxyl transferase  28.35 
 
 		 529 aa  72.4  0.000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1593  carboxyl transferase  30.43 
 
 		 514 aa  72.8  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0139637  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3332  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 302 aa  72.4  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00176388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4230  carboxyl transferase  31.91 
 
 		 552 aa  72.4  0.000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.551859  normal  0.395293 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5914  carboxyl transferase  32.6 
 
 		 551 aa  72.4  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.744099  normal  0.878673 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1422  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1840  carboxyl transferase  29.83 
 
 		 542 aa  71.6  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.132711  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0944  propionyl-CoA carboxylase  29.82 
 
 		 516 aa  71.6  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1531  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3688  carboxyl transferase  27.76 
 
 		 510 aa  72  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.618461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0359  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>