More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2880 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2880  malonate decarboxylase subunit beta  100 
 
 		 282 aa  560  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2441  malonate decarboxylase subunit beta  87.14 
 
 		 282 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139783  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5084  malonate decarboxylase, beta subunit  74.3 
 
 		 283 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10310  malonate decarboxylase subunit beta  73.94 
 
 		 283 aa  405  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00325574  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0445  malonate decarboxylase subunit beta  74.02 
 
 		 283 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02580  malonate decarboxylase subunit beta  73.31 
 
 		 287 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0046071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5299  malonate decarboxylase subunit beta  75.18 
 
 		 283 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223909  normal  0.253962 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0295  malonate decarboxylase subunit beta  74.02 
 
 		 287 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.354415  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0949  malonate decarboxylase subunit beta  66.42 
 
 		 292 aa  360  2e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3866  malonate decarboxylase subunit beta  66.91 
 
 		 281 aa  352  4e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4942  malonate decarboxylase subunit beta  66.91 
 
 		 281 aa  352  4e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0873068 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3776  malonate decarboxylase subunit beta  65.93 
 
 		 277 aa  330  2e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0115571 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4928  malonate decarboxylase subunit beta  68.34 
 
 		 286 aa  328  5.0000000000000004e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2609  malonate decarboxylase subunit beta  66.54 
 
 		 277 aa  324  1e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.17179  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1244  malonate decarboxylase subunit beta  64.13 
 
 		 277 aa  321  7e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5084  malonate decarboxylase subunit beta  61.94 
 
 		 296 aa  316  3e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.297024  normal  0.137892 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3657  Acetyl-CoA carboxylase beta subunit-like protein  66.52 
 
 		 380 aa  311  1e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1847  malonate decarboxylase subunit beta  62.11 
 
 		 300 aa  294  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.5038  normal  0.0815679 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4818  malonate decarboxylase subunit beta  61.51 
 
 		 294 aa  291  8e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.049139  normal  0.0262322 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4590  malonate decarboxylase subunit beta  53.36 
 
 		 290 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0792  beta subunit of malonate decarboxylase  46.81 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0446247  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5372  malonate decarboxylase subunit beta  45.45 
 
 		 292 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1845  malonate decarboxylase subunit beta  41.38 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1144  malonate decarboxylase subunit beta  43.46 
 
 		 295 aa  189  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.431032  normal  0.55922 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1766  malonate decarboxylase subunit beta  45.89 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.38997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4018  malonate decarboxylase subunit beta  44.3 
 
 		 300 aa  185  7e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1059  malonate decarboxylase subunit beta  43.62 
 
 		 318 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.246574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1161  malonate decarboxylase subunit beta  47.28 
 
 		 307 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0077  malonate decarboxylase subunit beta  45.02 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.405933 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2894  acetyl-CoA carboxylase beta subunit  42.02 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.25289  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2893  malonate decarboxylase subunit beta  43.1 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4414  malonate decarboxylase subunit beta  48.26 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.671916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1079  malonate decarboxylase subunit beta  40.83 
 
 		 302 aa  173  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3296  malonate decarboxylase subunit beta  40.82 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.966194 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0790  malonate decarboxylase subunit beta  44.36 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1271  malonate decarboxylase subunit beta  44.36 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00826271  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1324  malonate decarboxylase subunit beta  39.52 
 
 		 318 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1243  malonate decarboxylase subunit beta  46.03 
 
 		 311 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522948  normal  0.0801604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0169  malonate decarboxylase subunit beta  45.65 
 
 		 309 aa  171  9e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.262822  normal  0.360612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3153  malonate decarboxylase subunit beta  41.55 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0048  malonate decarboxylase subunit beta  44.35 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179733  normal  0.0754943 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0026  malonate decarboxylase subunit beta  43.63 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.840906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1149  malonate decarboxylase subunit beta  48.18 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.571735  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2048  malonate decarboxylase subunit beta  48.39 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0027  malonate decarboxylase subunit beta  43.24 
 
 		 310 aa  169  7e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4288  malonate decarboxylase subunit beta  44.87 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.49827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6855  malonate decarboxylase subunit beta  43.04 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3190  malonate decarboxylase subunit beta  42.61 
 
 		 309 aa  155  6e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409108 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3035  malonate decarboxylase subunit beta  43.91 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1454  malonate decarboxylase subunit beta  43.91 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601121  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1584  malonate decarboxylase subunit beta  43.91 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554096  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0541  malonate decarboxylase subunit beta  43.91 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0612  malonate decarboxylase subunit beta  43.91 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241216  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1484  malonate decarboxylase subunit beta  43.91 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1258  malonate decarboxylase subunit beta  43.91 
 
 		 315 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.309742  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2801  malonate decarboxylase subunit beta  44.35 
 
 		 315 aa  148  9e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546817  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2494  malonate decarboxylase subunit beta  36.88 
 
 		 398 aa  146  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2471  malonate decarboxylase gamma subunit  32.91 
 
 		 499 aa  101  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.719653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1248  carboxyl transferase  31.03 
 
 		 522 aa  81.3  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2881  carboxyl transferase  32.22 
 
 		 514 aa  80.1  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2907  propionyl-CoA carboxylase  32.4 
 
 		 514 aa  79.3  0.00000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2554  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2596  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.505181 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2608  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12852  normal  0.0772282 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2717  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.339712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2508  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2694  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02241  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1340  acetyl-CoA carboxylase, carboxyl transferase, beta subunit  32.32 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.334325  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1467  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.14 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2467  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2610  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3456  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02201  hypothetical protein  32.32 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1336  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.862473 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2472  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.32 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33750  acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha  34.22 
 
 		 559 aa  75.9  0.0000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2798  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.65 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.408856  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3332  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.33 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00176388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4364  carboxyl transferase  33.7 
 
 		 541 aa  74.3  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0034  carboxyl transferase  30.2 
 
 		 516 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.182676  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3083  carboxyl transferase  30.2 
 
 		 516 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0002503  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1156  carboxyl transferase  32.82 
 
 		 517 aa  73.9  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000234749  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2574  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  34.48 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0944  propionyl-CoA carboxylase  30.57 
 
 		 516 aa  72.4  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1531  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.83 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0359  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.83 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1422  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  32.83 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1342  carboxyl transferase  33.7 
 
 		 511 aa  72  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.525317  normal  0.223983 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1370  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  33.1 
 
 		 303 aa  71.6  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325011  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2865  acetyl-CoA carboxylase subunit beta  30.81 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2370  acetyl-CoA carboxylase, carboxyl transferase, beta subunit  31.79 
 
 		 280 aa  70.5  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00172685  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2437  propionyl-CoA carboxylase  31.25 
 
 		 477 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000506601  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3291  carboxyl transferase  30.26 
 
 		 516 aa  70.5  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0262589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4230  carboxyl transferase  33.15 
 
 		 552 aa  70.5  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.551859  normal  0.395293 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1593  carboxyl transferase  30.64 
 
 		 514 aa  70.5  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0139637  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4130  carboxyl transferase  26.82 
 
 		 530 aa  70.1  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1316  carboxyl transferase  26.94 
 
 		 514 aa  70.1  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1041  carboxyl transferase  30.74 
 
 		 542 aa  69.3  0.00000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5914  carboxyl transferase  30.94 
 
 		 551 aa  69.3  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.744099  normal  0.878673 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>