More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5372 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5372  malonate decarboxylase subunit beta  100 
 
 		 292 aa  571  1.0000000000000001e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00542603  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1766  malonate decarboxylase subunit beta  80.41 
 
 		 305 aa  440  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.38997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2893  malonate decarboxylase subunit beta  79.79 
 
 		 291 aa  429  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0077  malonate decarboxylase subunit beta  79.31 
 
 		 300 aa  409  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.405933 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1845  malonate decarboxylase subunit beta  67.93 
 
 		 295 aa  384  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0792  beta subunit of malonate decarboxylase  60.69 
 
 		 311 aa  342  4e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0446247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4018  malonate decarboxylase subunit beta  58.97 
 
 		 300 aa  317  1e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1079  malonate decarboxylase subunit beta  58.1 
 
 		 302 aa  306  3e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2894  acetyl-CoA carboxylase beta subunit  56.27 
 
 		 297 aa  301  7.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.25289  normal  0.033715 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1144  malonate decarboxylase subunit beta  48.61 
 
 		 295 aa  278  7e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.431032  normal  0.55922 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0169  malonate decarboxylase subunit beta  53.6 
 
 		 309 aa  259  3e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.262822  normal  0.360612 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6855  malonate decarboxylase subunit beta  52.61 
 
 		 306 aa  258  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0048  malonate decarboxylase subunit beta  53.66 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179733  normal  0.0754943 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0026  malonate decarboxylase subunit beta  54.84 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.840906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0027  malonate decarboxylase subunit beta  53.66 
 
 		 310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1243  malonate decarboxylase subunit beta  52.26 
 
 		 311 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522948  normal  0.0801604 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3153  malonate decarboxylase subunit beta  53.05 
 
 		 306 aa  253  3e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0790  malonate decarboxylase subunit beta  53.07 
 
 		 309 aa  252  6e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1271  malonate decarboxylase subunit beta  53.07 
 
 		 309 aa  252  6e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00826271  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1584  malonate decarboxylase subunit beta  56.07 
 
 		 315 aa  249  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554096  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3035  malonate decarboxylase subunit beta  56.07 
 
 		 315 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4414  malonate decarboxylase subunit beta  50.52 
 
 		 334 aa  249  4e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.671916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1161  malonate decarboxylase subunit beta  52.33 
 
 		 307 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1258  malonate decarboxylase subunit beta  56.07 
 
 		 315 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.309742  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0612  malonate decarboxylase subunit beta  56.07 
 
 		 315 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241216  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1454  malonate decarboxylase subunit beta  56.07 
 
 		 315 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601121  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1484  malonate decarboxylase subunit beta  56.07 
 
 		 315 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0541  malonate decarboxylase subunit beta  56.07 
 
 		 315 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2801  malonate decarboxylase subunit beta  55.36 
 
 		 315 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546817  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2048  malonate decarboxylase subunit beta  52.26 
 
 		 310 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1149  malonate decarboxylase subunit beta  52.86 
 
 		 311 aa  235  6e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.571735  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3190  malonate decarboxylase subunit beta  48.62 
 
 		 309 aa  235  7e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.409108 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4288  malonate decarboxylase subunit beta  49.64 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.49827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3296  malonate decarboxylase subunit beta  51.06 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.966194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1059  malonate decarboxylase subunit beta  51.06 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.246574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1324  malonate decarboxylase subunit beta  46.9 
 
 		 318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0949  malonate decarboxylase subunit beta  43.13 
 
 		 292 aa  201  8e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.336349  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5084  malonate decarboxylase, beta subunit  43.53 
 
 		 283 aa  195  7e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0445  malonate decarboxylase subunit beta  44.31 
 
 		 283 aa  192  6e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2494  malonate decarboxylase subunit beta  41.83 
 
 		 398 aa  188  8e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4942  malonate decarboxylase subunit beta  42.91 
 
 		 281 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0873068 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3866  malonate decarboxylase subunit beta  42.91 
 
 		 281 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10310  malonate decarboxylase subunit beta  45.74 
 
 		 283 aa  186  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00325574  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2880  malonate decarboxylase subunit beta  45.45 
 
 		 282 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0295  malonate decarboxylase subunit beta  45.53 
 
 		 287 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.354415  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2441  malonate decarboxylase subunit beta  40.21 
 
 		 282 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02580  malonate decarboxylase subunit beta  44.26 
 
 		 287 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0046071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5084  malonate decarboxylase subunit beta  44.12 
 
 		 296 aa  176  6e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.297024  normal  0.137892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5299  malonate decarboxylase subunit beta  46.19 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223909  normal  0.253962 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4590  malonate decarboxylase subunit beta  38.83 
 
 		 290 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4928  malonate decarboxylase subunit beta  41.38 
 
 		 286 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1847  malonate decarboxylase subunit beta  44.7 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.5038  normal  0.0815679 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4818  malonate decarboxylase subunit beta  44.24 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.049139  normal  0.0262322 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1244  malonate decarboxylase subunit beta  41.28 
 
 		 277 aa  165  8e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3657  Acetyl-CoA carboxylase beta subunit-like protein  39.47 
 
 		 380 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3776  malonate decarboxylase subunit beta  40.85 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0115571 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2609  malonate decarboxylase subunit beta  42.61 
 
 		 277 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.17179  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2471  malonate decarboxylase gamma subunit  39.53 
 
 		 499 aa  147  3e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.719653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0912  carboxyl transferase  33.64 
 
 		 510 aa  89.4  6e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0930  carboxyl transferase  33.8 
 
 		 518 aa  87.4  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0053  carboxyl transferase  36.78 
 
 		 510 aa  85.9  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2694  carboxyl transferase  33.49 
 
 		 510 aa  85.9  8e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.219092 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0792  carboxyl transferase  33.78 
 
 		 524 aa  83.6  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.224802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1851  carboxyl transferase  33.9 
 
 		 510 aa  83.6  0.000000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1016  propionyl-CoA carboxylase beta subunit  35.59 
 
 		 510 aa  83.6  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0156  carboxyl transferase  35.75 
 
 		 513 aa  83.2  0.000000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.344953  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2042  carboxyl transferase  33.9 
 
 		 510 aa  83.2  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0884189  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2130  carboxyl transferase  33.9 
 
 		 514 aa  82.8  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1157  propionyl-CoA carboxylase, beta subunit  32.2 
 
 		 508 aa  82.4  0.000000000000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.167256  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4230  carboxyl transferase  33.33 
 
 		 552 aa  82.4  0.000000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.551859  normal  0.395293 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3755  carboxyl transferase  33.33 
 
 		 510 aa  82.8  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0296123  normal  0.253409 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2803  propionyl-CoA carboxylase  33.9 
 
 		 510 aa  82  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.342128  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3787  Propionyl-CoA carboxylase  33.9 
 
 		 510 aa  81.6  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274179 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2513  carboxyl transferase  33.33 
 
 		 510 aa  81.6  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152871  normal  0.332227 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1041  carboxyl transferase  32.92 
 
 		 542 aa  81.6  0.00000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2881  carboxyl transferase  33.14 
 
 		 514 aa  80.9  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2164  carboxyl transferase  34.46 
 
 		 510 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.158421  normal  0.436276 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3401  carboxyl transferase  34.46 
 
 		 510 aa  80.5  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2907  propionyl-CoA carboxylase  33.14 
 
 		 514 aa  80.1  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1317  carboxyl transferase  34.46 
 
 		 510 aa  80.1  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.182185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3618  carboxyl transferase  34.86 
 
 		 510 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.207692  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1152  carboxyl transferase  32.92 
 
 		 529 aa  79.7  0.00000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.579492  normal  0.513821 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0700  carboxyl transferase  31.6 
 
 		 529 aa  79.3  0.00000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1579  carboxyl transferase  32.58 
 
 		 523 aa  79  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0377813  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4725  carboxyl transferase  35.03 
 
 		 510 aa  79  0.00000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.48705  normal  0.0648736 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4004  carboxyl transferase  32.96 
 
 		 511 aa  79  0.00000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0856  carboxyl transferase  36.87 
 
 		 527 aa  78.2  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0690985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1401  carboxyl transferase  32.78 
 
 		 510 aa  78.6  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0947587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1156  carboxyl transferase  35.56 
 
 		 517 aa  78.6  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000234749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0802  carboxyl transferase  33.8 
 
 		 527 aa  77.8  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000659561 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0585  carboxyl transferase  30.58 
 
 		 512 aa  77.8  0.0000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3374  carboxyl transferase  32.77 
 
 		 510 aa  78.2  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.778087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1021  carboxyl transferase  31.6 
 
 		 531 aa  77.8  0.0000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.698781  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5680  propionyl-CoA carboxylase  31.64 
 
 		 510 aa  77.8  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1316  carboxyl transferase  26.3 
 
 		 514 aa  77.8  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5024  putative propionyl-CoA carboxylase beta chain  33.33 
 
 		 510 aa  77.4  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.541202 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1317  carboxyl transferase  30.84 
 
 		 512 aa  77.4  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2381  carboxyl transferase  33.33 
 
 		 510 aa  77.4  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4239  carboxyl transferase  31.82 
 
 		 510 aa  76.6  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.540833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3122  carboxyl transferase  33.71 
 
 		 510 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.629263  normal  0.624995 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>