68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0763 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0763  CRISPR system CASCADE complex protein CasD  100 
 
 		 291 aa  600  1e-170  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0747275 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2576  CRISPR-associated Cas5 family protein  34.27 
 
 		 238 aa  150  3e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0636812 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3906  CRISPR-associated protein Cas5 family  38.76 
 
 		 245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00264254  normal  0.124741 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1532  Cas5 family CRISPR-associated protein  39.89 
 
 		 232 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0481133  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0944  CRISPR-associated protein Cas5 family  32.17 
 
 		 273 aa  132  5e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3051  CRISPR-associated protein Cas5 family  35.34 
 
 		 252 aa  132  9e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000204207  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17320  CRISPR-associated protein, Cas5e family  37.1 
 
 		 262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2683  CRISPR-associated protein Cas5 family  40.72 
 
 		 234 aa  130  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0985  CRISPR-associated protein Cas5 family  34.8 
 
 		 253 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0021  CRISPR-associated Cas5e family protein  38.99 
 
 		 276 aa  120  3e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.538245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1899  CRISPR-associated protein Cas5 family  43.05 
 
 		 230 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1234  CRISPR-associated protein Cas5 family  38.15 
 
 		 232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00117259  normal  0.672952 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1597  CRISPR-associated Cas5e family protein  30.61 
 
 		 245 aa  116  3e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.0035372  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13900  CRISPR-associated protein Cas5  37.87 
 
 		 236 aa  116  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.872767  normal  0.507161 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3757  CRISPR-associated Cas5e family protein  40.56 
 
 		 220 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.364301 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1284  CRISPR-associated protein Cas5 family  37.28 
 
 		 242 aa  115  7.999999999999999e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17210  CRISPR-associated protein, CT1976  40.27 
 
 		 217 aa  113  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2339  CRISPR-associated Cas5 family protein  30.94 
 
 		 232 aa  112  8.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3015  Cas5 family CRISPR-associated protein  36.99 
 
 		 231 aa  109  5e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000337648  normal  0.0242997 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4090  CRISPR-associated protein Cas5 family  36.08 
 
 		 216 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.509678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2442  CRISPR-associated protein Cas5 family  41.26 
 
 		 215 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.844611 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17170  CRISPR-associated protein Cas5  34.81 
 
 		 255 aa  106  5e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.793346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2633  CRISPR-associated Cas5e family protein  38.78 
 
 		 232 aa  105  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.405174  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1975  CRISPR-associated Cas5 family protein  36.08 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.40631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1589  CRISPR-associated Cas5e family protein  38.61 
 
 		 254 aa  100  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.417403  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0861  CRISPR-associated Cas5e family protein  36.59 
 
 		 245 aa  93.2  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0647  CRISPR-associated Cas5 family protein  29.68 
 
 		 262 aa  88.6  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.836843  normal  0.566503 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0831  CRISPR-associated Cas5 family protein  34.81 
 
 		 231 aa  85.9  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.842897  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2987  CRISPR-associated Cas5 family protein  32.52 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0171  CRISPR-associated Cas5e family protein  34.64 
 
 		 261 aa  73.6  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1414  CRISPR-associated protein Cas5 family  31.98 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.136655  normal  0.0675969 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2163  CRISPR-associated protein Cas5 family  33.33 
 
 		 233 aa  72  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.193051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0597  CRISPR-associated Cas5e family protein  30.57 
 
 		 244 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000000000000345339  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2675  CRISPR-associated Cas5 family protein  30.68 
 
 		 238 aa  70.5  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2476  CRISPR-associated protein Cas5 family  32.68 
 
 		 271 aa  69.7  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0230  CRISPR-associated Cas5e family protein  29.14 
 
 		 260 aa  69.3  0.00000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4010  CRISPR-associated protein Cas5  29.8 
 
 		 248 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2885  CRISPR-associated Cas5 family protein  29.14 
 
 		 248 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.582573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3059  CRISPR-associated Cas5 family protein  29.14 
 
 		 248 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0927  CRISPR-associated protein Cas5 family  29.38 
 
 		 249 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0907  CRISPR-associated protein Cas5 family  29.94 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.680141  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1590  CRISPR-associated Cas5 family protein  30.26 
 
 		 217 aa  64.3  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.468726 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0960  hypothetical protein  32.93 
 
 		 244 aa  63.2  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3544  CRISPR-associated Cas5 family protein  28.95 
 
 		 258 aa  62.8  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0725088 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0931  CRISPR-associated protein Cas5 family  32.95 
 
 		 224 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0484  CRISPR-associated protein Cas5 family  27.62 
 
 		 252 aa  60.5  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.325433  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0955  CRISPR-associated Cas5 family protein  32.1 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3587  CRISPR-associated protein Cas5 family  33.12 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2896  CRISPR-associated Cas5 family protein  32.39 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.586448  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1810  CRISPR-associated Cas5 family protein  29.3 
 
 		 249 aa  57  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0424  CRISPR-associated protein Cas5 family  28.92 
 
 		 260 aa  56.2  0.0000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00796359  normal  0.029859 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3318  CRISPR-associated Cas5 family protein  28.66 
 
 		 249 aa  55.1  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.295879  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0951  CRISPR-associated Cas5 family protein  25.57 
 
 		 242 aa  55.1  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0906811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2232  CRISPR-associated protein Cas5 family  26.52 
 
 		 243 aa  53.9  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0782  CRISPR-associated protein Cas5 family  28.99 
 
 		 246 aa  53.9  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0932  CRISPR-associated Cas5e family protein  28.11 
 
 		 249 aa  53.5  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.767604  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1388  CRISPR-associated Cas5e family protein  30.97 
 
 		 226 aa  52.8  0.000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3094  CRISPR-associated protein Cas5  29.12 
 
 		 241 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.18699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3150  CRISPR-associated Cas5 family protein  29.12 
 
 		 241 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.635269 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2828  hypothetical protein  34.12 
 
 		 210 aa  48.9  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0782  CRISPR-associated protein Cas5 family  24.58 
 
 		 246 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5411  CRISPR-associated protein Cas5 family  28.39 
 
 		 273 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0731304  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1604  CRISPR-associated protein Cas5 family  33.33 
 
 		 257 aa  47.4  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.421198  normal  0.866363 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3068  CRISPR-associated protein Cas5  28.48 
 
 		 248 aa  47  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3251  CRISPR-associated protein Cas5  27.08 
 
 		 248 aa  47  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.696128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3134  CRISPR-associated protein  27.08 
 
 		 248 aa  46.2  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0401  CRISPR-associated protein Cas5 family  31.85 
 
 		 244 aa  45.8  0.0008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0308989  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1377  CRISPR-associated Cas5e family protein  25.78 
 
 		 225 aa  45.8  0.0009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.00215137  normal  0.352446 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>