More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0326 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0326  ribosomal protein S16  100 
 
 
156 aa  307  4e-83  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.679786 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1052  30S ribosomal protein S16  79.31 
 
 
153 aa  198  3e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3423  ribosomal protein S16  66.09 
 
 
149 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0148682  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1470  ribosomal protein S16  71.29 
 
 
141 aa  154  3e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.935451  normal  0.120504 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2083  ribosomal protein S16  69 
 
 
156 aa  154  4e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23750  SSU ribosomal protein S16P  72.16 
 
 
149 aa  154  5.0000000000000005e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.129301 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1617  ribosomal protein S16  64.71 
 
 
155 aa  154  6e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0355567  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1945  30S ribosomal protein S16  63.16 
 
 
168 aa  152  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.917027 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1965  30S ribosomal protein S16  63.16 
 
 
210 aa  152  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.257102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2011  30S ribosomal protein S16  63.16 
 
 
168 aa  152  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.32221 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2540  ribosomal protein S16  63.11 
 
 
152 aa  151  2.9999999999999998e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.212486  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1167  ribosomal protein S16  70.3 
 
 
142 aa  150  4e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2187  30S ribosomal protein S16  63.16 
 
 
158 aa  149  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0623355  normal  0.816199 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4175  30S ribosomal protein S16  63.16 
 
 
170 aa  148  2e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5926  ribosomal protein S16  69.39 
 
 
145 aa  149  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.277333  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09150  SSU ribosomal protein S16P  71.58 
 
 
156 aa  147  6e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.791565  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3136  ribosomal protein S16  62.62 
 
 
144 aa  147  8e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0537506  normal  0.10713 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1398  ribosomal protein S16  67.35 
 
 
131 aa  145  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00441352 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0985  ribosomal protein S16  69.47 
 
 
136 aa  143  1e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  unclonable  0.0000000000245762  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12923  30S ribosomal protein S16  65 
 
 
162 aa  142  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.401256  normal  0.826155 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09750  SSU ribosomal protein S16P  62 
 
 
163 aa  141  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.178453  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2483  SSU ribosomal protein S16P  65.26 
 
 
157 aa  141  4e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0481662  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2223  ribosomal protein S16  67.37 
 
 
136 aa  139  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000817151 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11040  SSU ribosomal protein S16P  64.08 
 
 
178 aa  139  1.9999999999999998e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0237253  normal  0.066804 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0979  30S ribosomal protein S16  59.29 
 
 
154 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.924715  normal  0.291876 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1827  ribosomal protein S16  68.04 
 
 
153 aa  138  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0861324 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4008  ribosomal protein S16  57.94 
 
 
145 aa  133  9e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1561  SSU ribosomal protein S16P  57.43 
 
 
174 aa  132  9.999999999999999e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0890595 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0662  SSU ribosomal protein S16P  48.94 
 
 
146 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.646804  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3260  SSU ribosomal protein S16P  64.95 
 
 
465 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09970  SSU ribosomal protein S16P  60.82 
 
 
159 aa  130  6.999999999999999e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226253  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1512  ribosomal protein S16  65.52 
 
 
156 aa  129  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.819052  normal  0.241519 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2181  30S ribosomal protein S16  46.85 
 
 
168 aa  130  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.20607  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3594  30S ribosomal protein S16  61.63 
 
 
148 aa  123  7e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1148  30S ribosomal protein S16  55.45 
 
 
161 aa  122  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0271255 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0224  ribosomal protein S16  47.66 
 
 
154 aa  121  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1194  30S ribosomal protein S16  58.89 
 
 
158 aa  118  3.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.282957  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1305  30S ribosomal protein S16  58.89 
 
 
154 aa  117  6e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.951673  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0967  SSU ribosomal protein S16P  57.83 
 
 
90 aa  105  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101615  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2117  30S ribosomal protein S16  41.55 
 
 
192 aa  100  1e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.595697 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0769  30S ribosomal protein S16  60.26 
 
 
81 aa  95.1  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000269081  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3763  30S ribosomal protein S16  50.6 
 
 
88 aa  93.2  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000744609  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2672  ribosomal protein S16  54.79 
 
 
89 aa  92  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00262741  hitchhiker  0.000000230838 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3760  30S ribosomal protein S16  50.6 
 
 
88 aa  92.4  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0113592  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1388  SSU ribosomal protein S16P  50.59 
 
 
85 aa  92.8  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0159057  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2408  30S ribosomal protein S16  53.85 
 
 
81 aa  92.4  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000382163  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1485  SSU ribosomal protein S16P  51.81 
 
 
139 aa  91.7  4e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000209071  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0968  30S ribosomal protein S16  53.85 
 
 
81 aa  91.3  4e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000054377  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07300  ribosomal protein S16  50 
 
 
88 aa  91.3  5e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.83606e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3431  30S ribosomal protein S16  49.4 
 
 
88 aa  90.9  6e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000117102  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2871  30S ribosomal protein S16  48.19 
 
 
88 aa  90.9  6e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000408452  hitchhiker  0.000000516516 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3493  30S ribosomal protein S16  49.4 
 
 
88 aa  90.9  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.18951e-29 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2496  30S ribosomal protein S16  53.01 
 
 
90 aa  90.9  6e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000037425  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1300  30S ribosomal protein S16  53.01 
 
 
90 aa  90.9  6e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000139404  unclonable  4.2704600000000004e-26 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10970  SSU ribosomal protein S16P  52.7 
 
 
81 aa  90.5  8e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000033138  unclonable  0.00000000137998 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1352  ribosomal protein S16  49.4 
 
 
91 aa  89.7  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000135994  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3886  30S ribosomal protein S16  51.81 
 
 
90 aa  89  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000793752  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3892  30S ribosomal protein S16  51.81 
 
 
90 aa  89  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000076365  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3695  30S ribosomal protein S16  51.81 
 
 
90 aa  89  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000036513  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3585  30S ribosomal protein S16  51.81 
 
 
90 aa  89  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.24703e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3603  30S ribosomal protein S16  51.81 
 
 
90 aa  89  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000351748  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1712  30S ribosomal protein S16  53.85 
 
 
86 aa  89.4  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3982  30S ribosomal protein S16  51.81 
 
 
90 aa  89  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000152128  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1007  30S ribosomal protein S16  59.46 
 
 
81 aa  89.4  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0103169  normal  0.256823 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2278  ribosomal protein S16  57.14 
 
 
83 aa  89.4  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00221023  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3667  30S ribosomal protein S16  51.81 
 
 
90 aa  89  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000528742  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3858  30S ribosomal protein S16  51.81 
 
 
90 aa  89  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.93273e-63 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3943  30S ribosomal protein S16  51.81 
 
 
90 aa  89  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000144012  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1303  ribosomal protein S16  54.67 
 
 
81 aa  87.8  5e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0170665  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1979  30S ribosomal protein S16  50 
 
 
90 aa  87.8  5e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1417  ribosomal protein S16  46.99 
 
 
88 aa  87.8  5e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000010648  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4621  ribosomal protein S16  51.32 
 
 
191 aa  87.4  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000355382  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0710  30S ribosomal protein S16  55.13 
 
 
81 aa  87.4  6e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000278806  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1537  ribosomal protein S16  50.62 
 
 
93 aa  87  9e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000163425  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1197  30S ribosomal protein S16  55.13 
 
 
88 aa  87  9e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00460539  normal  0.0958126 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1328  ribosomal protein S16  35.81 
 
 
146 aa  86.3  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.519364 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0656  ribosomal protein S16  52.56 
 
 
92 aa  87  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0001625  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1384  ribosomal protein S16  50 
 
 
186 aa  85.5  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.227441  normal  0.758588 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2224  30S ribosomal protein S16  47.62 
 
 
86 aa  85.9  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98252e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2450  30S ribosomal protein S16  48.78 
 
 
87 aa  85.5  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000801266  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1941  30S ribosomal protein S16  48 
 
 
88 aa  84.7  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1088  30S ribosomal protein S16  48.84 
 
 
90 aa  85.1  4e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000001932  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1497  30S ribosomal protein S16  45.78 
 
 
88 aa  84.7  4e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.155145  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1098  30S ribosomal protein S16  50 
 
 
85 aa  85.1  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00129235  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0643  30S ribosomal protein S16  45 
 
 
95 aa  84.3  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.144131  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1966  30S ribosomal protein S16  53.16 
 
 
81 aa  84.3  5e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.408162  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1684  30S ribosomal protein S16  53.16 
 
 
81 aa  84.3  5e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000195322  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1378  ribosomal protein S16  50.67 
 
 
81 aa  84.3  6e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000172433  normal  0.497883 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2727  ribosomal protein S16  45.68 
 
 
201 aa  83.6  9e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1287  ribosomal protein S16  48.72 
 
 
95 aa  82.8  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.889562  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1416  ribosomal protein S16  52.7 
 
 
82 aa  82.4  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000269941  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1666  ribosomal protein S16  50 
 
 
93 aa  82.8  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00967781  hitchhiker  0.00350305 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00310  SSU ribosomal protein S16P  51.39 
 
 
80 aa  82  0.000000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.00000000491979  decreased coverage  0.00000000000378635 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3682  30S ribosomal protein S16  48.15 
 
 
119 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.442815  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1015  30S ribosomal protein S16  50 
 
 
135 aa  82  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000242274  normal  0.999781 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1634  ribosomal protein S16  48.68 
 
 
96 aa  81.6  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1301  30S ribosomal protein S16  41.32 
 
 
188 aa  81.6  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2055  ribosomal protein S16  54.41 
 
 
89 aa  81.6  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000864984  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1292  30S ribosomal protein S16  47.37 
 
 
134 aa  81.6  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000777064  normal  0.783471 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04640  ribosomal protein S16  44.87 
 
 
191 aa  81.6  0.000000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>