More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_4025 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_4025  Rieske (2Fe-2S) domain protein  100 
 
 
130 aa  264  2.9999999999999995e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4116  Rieske (2Fe-2S) domain protein  97.69 
 
 
130 aa  259  1e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.603301 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0457  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  66.92 
 
 
130 aa  180  6e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1197  Rieske (2Fe-2S) domain protein  56.8 
 
 
130 aa  139  9e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0538  Rieske (2Fe-2S) region  51.56 
 
 
131 aa  134  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.520467  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2933  cytochrome b/b6 complex, iron-sulfur subunit  51.54 
 
 
131 aa  126  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0466  Plastoquinol--plastocyanin reductase  30.22 
 
 
182 aa  69.3  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.434271  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0970  twin-arginine translocation pathway signal  44.16 
 
 
160 aa  67  0.00000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0205  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.61 
 
 
148 aa  66.6  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5049  FAD dependent oxidoreductase  43.04 
 
 
513 aa  65.5  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.495735  decreased coverage  0.00234042 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4905  oxidoreductase  58.82 
 
 
508 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0413  oxidoreductase  58.82 
 
 
508 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0465  Rieske 2Fe-2S iron-sulfur protein, putative  56.86 
 
 
508 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0350  Rieske 2Fe-2S iron-sulfur protein  56.86 
 
 
508 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0333  oxidoreductase, with Rieske iron-sulfur protein 2Fe-2S subunit  56.86 
 
 
508 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0336  oxidoreductase, with Rieske iron-sulfur protein 2Fe-2S subunit  56.86 
 
 
508 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0399  putative Rieske 2Fe-2S iron-sulfur protein  56.86 
 
 
508 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0365  Rieske 2Fe-2S iron-sulfur protein  56.86 
 
 
508 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0461  putative Rieske 2Fe-2S iron-sulfur protein  56.86 
 
 
508 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2703  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  44.32 
 
 
146 aa  63.9  0.0000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0361  Plastoquinol--plastocyanin reductase  32.38 
 
 
181 aa  64.3  0.0000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000109538  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2851  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.08 
 
 
167 aa  63.9  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1987  Plastoquinol--plastocyanin reductase  32.71 
 
 
182 aa  63.9  0.0000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0298355  normal  0.2419 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0345  FAD dependent oxidoreductase  54.9 
 
 
508 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1698  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.86 
 
 
640 aa  63.5  0.0000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1719  plastoquinol--plastocyanin reductase  29.77 
 
 
181 aa  63.5  0.0000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000334249  normal  0.304108 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6884  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  43.59 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.83573  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0747  Rieske (2Fe-2S) domain protein  39.24 
 
 
136 aa  63.2  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3577  UDP-galactopyranose mutase  54 
 
 
648 aa  63.5  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0482479  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2861  Rieske 2Fe-2S iron-sulfur protein  39.56 
 
 
525 aa  62  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0534  amine oxidase  50.98 
 
 
647 aa  62.4  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.666818  normal  0.352078 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2821  Rieske (2Fe-2S) region  38.04 
 
 
102 aa  62  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0192  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  42.03 
 
 
193 aa  62  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014793  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4343  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.15 
 
 
155 aa  62  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36363  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0394  cytochrome b6-f complex, iron-sulfur subunit  34.88 
 
 
181 aa  62  0.000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.582739  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0241  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
168 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.923005 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6043  Ferredoxin subunits of nitrite reductase and ring-hydroxylating dioxygenase-like protein  34.52 
 
 
151 aa  61.6  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46657  predicted protein  32.03 
 
 
217 aa  61.6  0.000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1780  Plastoquinol--plastocyanin reductase  30.37 
 
 
181 aa  62  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00627342 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3176  rieske 2Fe-2S iron-sulfur protein  50 
 
 
525 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0517  amine oxidase  50.98 
 
 
647 aa  61.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0582  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  50.82 
 
 
269 aa  60.5  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2121  twin-arginine translocation pathway signal  36.59 
 
 
172 aa  60.5  0.000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.85037  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0341  FAD dependent oxidoreductase  52.94 
 
 
508 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0085  twin-arginine translocation pathway signal  45.16 
 
 
159 aa  60.5  0.000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3950  cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit  52.73 
 
 
180 aa  60.1  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4709  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.02 
 
 
138 aa  60.1  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00999019 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0051  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.71 
 
 
159 aa  59.7  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.782926  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1755  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.1 
 
 
128 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.558356 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1191  FAD dependent oxidoreductase  44.44 
 
 
513 aa  59.7  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0429  plastoquinol--plastocyanin reductase  34.07 
 
 
182 aa  59.7  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000311251  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0659  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.83 
 
 
644 aa  59.3  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1650  cytochrome b/b6 complex, iron-sulfur subunit  39.02 
 
 
139 aa  59.3  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3358  FAD dependent oxidoreductase  42.47 
 
 
592 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0186054  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1922  Rieske (2Fe-2S) region  29.37 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00607614  normal  0.581451 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2256  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.16 
 
 
643 aa  58.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.429922  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2405  Rieske Fe-S protein  38.89 
 
 
168 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.257477  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1458  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.89 
 
 
168 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.562172  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4636  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.19 
 
 
141 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000647327 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2023  putative iron-sulphur protein  33 
 
 
138 aa  58.5  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.304006  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0036  UDP-galactopyranose mutase  52 
 
 
647 aa  58.2  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.404508  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1910  Rieske (2Fe-2S) domain protein  49.15 
 
 
171 aa  58.5  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0215924  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1553  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.89 
 
 
168 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0250  FAD dependent oxidoreductase  50 
 
 
516 aa  58.5  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1419  cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit  55.81 
 
 
179 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000338056  normal  0.184677 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3864  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.27 
 
 
141 aa  57.8  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0332721  normal  0.187556 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1875  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.89 
 
 
639 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0135993 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0727  FAD dependent oxidoreductase  31.73 
 
 
520 aa  57.8  0.00000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4538  Rieske (2Fe-2S) region  32.97 
 
 
136 aa  57.8  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1353  FAD dependent oxidoreductase  42.25 
 
 
504 aa  57.4  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0781  cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit  48.15 
 
 
180 aa  57.8  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0755  cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit  48.15 
 
 
180 aa  57.8  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3393  FAD dependent oxidoreductase  36.19 
 
 
507 aa  57.4  0.00000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1799  cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit  50.91 
 
 
179 aa  57.4  0.00000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.183814 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2076  FAD dependent oxidoreductase  35.85 
 
 
512 aa  56.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.635764  normal  0.246638 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4868  amine oxidase  38.89 
 
 
645 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3574  Rieske (2Fe-2S) region  38.55 
 
 
124 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0242  Rieske (2Fe-2S) domain protein  44.87 
 
 
179 aa  56.2  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1541  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.26 
 
 
135 aa  56.6  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3579  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.55 
 
 
124 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622671  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0172  FAD dependent oxidoreductase  33.06 
 
 
513 aa  56.2  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3647  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.55 
 
 
124 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316159  normal  0.350025 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3377  cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit  53.19 
 
 
178 aa  55.8  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.719786  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1958  cytochrome b6/f complex Fe-S subunit  51.06 
 
 
179 aa  56.2  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14170  Rieske Fe-S protein  39.29 
 
 
354 aa  55.8  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1499  FAD dependent oxidoreductase  34.34 
 
 
499 aa  55.8  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2448  FAD dependent oxidoreductase  30.93 
 
 
510 aa  55.5  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3527  FAD dependent oxidoreductase  37.86 
 
 
508 aa  55.8  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6044  Ferredoxin subunits of nitrite reductase and ring-hydroxylating dioxygenase-like protein  32.29 
 
 
141 aa  55.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2006  FAD dependent oxidoreductase  36.26 
 
 
524 aa  55.8  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2645  FAD dependent oxidoreductase  40.26 
 
 
526 aa  55.8  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3259  Rieske (2Fe-2S) domain protein  52.83 
 
 
269 aa  55.5  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.768954  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5615  Rieske (2Fe-2S) domain protein  46.67 
 
 
159 aa  55.1  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.208156  normal  0.233969 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2187  FAD dependent oxidoreductase  39.13 
 
 
531 aa  55.1  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3146  Rieske Fe-S protein  47.46 
 
 
269 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.237572  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3337  Rieske (2Fe-2S) domain protein  52.83 
 
 
269 aa  55.5  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05171  cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit  40.28 
 
 
178 aa  54.7  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.900646  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1794  cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit  40.28 
 
 
178 aa  54.7  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0385  cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit  51.06 
 
 
179 aa  54.7  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1306  Rieske (2Fe-2S) domain protein  43.18 
 
 
146 aa  54.7  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>