100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3106 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_1811  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  74.89 
 
 
441 aa  640    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.491365  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3106  Rieske (2Fe-2S) protein  100 
 
 
440 aa  890    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.123107  normal  0.358682 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2490  Rieske (2Fe-2S) protein  49.15 
 
 
315 aa  256  4e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.267078  normal  0.625533 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0962  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.07 
 
 
330 aa  246  4e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0728361 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16200  Rieske Fe-S protein  43.17 
 
 
346 aa  245  9e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.434497  normal  0.691399 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1679  Rieske (2Fe-2S) domain protein  44.79 
 
 
359 aa  245  9e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.507963 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1948  Rieske (2Fe-2S) domain protein  44.1 
 
 
356 aa  242  7.999999999999999e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000204427 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15690  Rieske Fe-S protein  42.51 
 
 
345 aa  241  2e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1448  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.19 
 
 
338 aa  237  4e-61  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.12182  normal  0.124456 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2211  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  43.17 
 
 
356 aa  234  2.0000000000000002e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0877373  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2010  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.87 
 
 
349 aa  234  3e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14170  Rieske Fe-S protein  40.66 
 
 
354 aa  231  1e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12140  Rieske Fe-S protein  40.91 
 
 
358 aa  232  1e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.315272  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3342  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  38.64 
 
 
370 aa  229  9e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4118  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.23 
 
 
364 aa  223  4.9999999999999996e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.86033 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2077  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  42.14 
 
 
349 aa  215  9.999999999999999e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3252  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.74 
 
 
343 aa  215  9.999999999999999e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0766211 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3136  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.88 
 
 
368 aa  214  2.9999999999999995e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1826  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.53 
 
 
300 aa  210  4e-53  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1375  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.3 
 
 
374 aa  209  1e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.618481  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1890  Rieske (2Fe-2S) domain protein  42.45 
 
 
355 aa  206  7e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.199265  hitchhiker  0.00105731 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3061  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.07 
 
 
372 aa  205  1e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00591656  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3133  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  33.58 
 
 
399 aa  200  5e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3525  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.24 
 
 
361 aa  200  5e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00242186 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3293  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.41 
 
 
361 aa  196  9e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.714442  normal  0.272111 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2675  Rieske Fe-S protein-like protein  39.1 
 
 
369 aa  190  4e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.603744 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12223  Rieske iron-sulfur protein qcrA  34.07 
 
 
429 aa  186  7e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1294  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.06 
 
 
360 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.582599 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3293  Rieske (2Fe-2S) region  35.94 
 
 
414 aa  183  7e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.144995  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.94 
 
 
414 aa  183  7e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142183  normal  0.0379224 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3304  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.94 
 
 
414 aa  183  7e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.318703  normal  0.260108 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2954  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.81 
 
 
406 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.62346  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3559  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.67 
 
 
402 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.892758  normal  0.0992213 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10690  Rieske Fe-S protein  37.35 
 
 
392 aa  172  1e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0599647  normal  0.601258 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1020  ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit  36.48 
 
 
365 aa  164  3e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00851042  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3057  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  33.52 
 
 
382 aa  163  5.0000000000000005e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.546534  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2694  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  34.81 
 
 
399 aa  161  2e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.415104  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3250  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.59 
 
 
370 aa  158  2e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00634277  hitchhiker  0.0000373307 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1332  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.67 
 
 
233 aa  84  0.000000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.639191 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2473  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.01 
 
 
215 aa  80.5  0.00000000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.835354 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4950  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.46 
 
 
199 aa  74.3  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.967902  normal  0.821565 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3142  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  38.26 
 
 
206 aa  68.2  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.237905  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0364  Rieske iron-sulfur protein  43.68 
 
 
207 aa  68.2  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0471  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  28.5 
 
 
210 aa  66.2  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2604  Rieske (2Fe-2S) region  39.33 
 
 
203 aa  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.455054  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0318  Rieske (2Fe-2S) region  42.71 
 
 
220 aa  63.5  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.711833  decreased coverage  0.00329133 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0021  Rieske (2Fe-2S) domain protein  46.15 
 
 
209 aa  62.8  0.00000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.581068  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3936  hypothetical protein  41.05 
 
 
192 aa  63.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.827287  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0244  rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.67 
 
 
214 aa  58.2  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5679  arsenite oxidase, small subunit  36.71 
 
 
205 aa  56.2  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.158931  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1251  Rieske (2Fe-2S) region  37.5 
 
 
187 aa  55.5  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.573728  normal  0.754427 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5703  arsenite oxidase, small subunit  36.71 
 
 
168 aa  55.5  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0378  arsenite oxidase, small subunit  41.54 
 
 
168 aa  53.9  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0861749  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3085  twin-arginine translocation pathway signal  34.18 
 
 
175 aa  53.1  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0885  twin-arginine translocation pathway signal  43.75 
 
 
149 aa  52.4  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3949  arsenite oxidase small subunit  39.13 
 
 
173 aa  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0085  twin-arginine translocation pathway signal  43.75 
 
 
159 aa  51.6  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0383  arsenite oxidase, small subunit  28.57 
 
 
163 aa  51.2  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000293827  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0970  twin-arginine translocation pathway signal  38.1 
 
 
160 aa  51.2  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0051  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.67 
 
 
159 aa  50.4  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.782926  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09350  ferredoxin subunit of nitrite reductase and ring-hydroxylating dioxygenase  40.91 
 
 
141 aa  50.4  0.00007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0844  rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.36 
 
 
195 aa  49.3  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0943  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  31.78 
 
 
190 aa  49.7  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.218843 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1191  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.64 
 
 
435 aa  49.3  0.0001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.853402  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4426  twin-arginine translocation pathway signal  37.68 
 
 
173 aa  48.9  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0582  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  53.85 
 
 
269 aa  48.9  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0242  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.54 
 
 
179 aa  48.9  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1197  Rieske (2Fe-2S) domain protein  45.45 
 
 
130 aa  48.9  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2712  Rieske (2Fe-2S) region  33.72 
 
 
206 aa  48.9  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2364  arsenite oxidase, small subunit  32.91 
 
 
165 aa  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1698  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.68 
 
 
640 aa  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6884  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.76 
 
 
151 aa  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.83573  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0145  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.68 
 
 
381 aa  47.8  0.0004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1913  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  42.67 
 
 
184 aa  47.8  0.0004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2192  Rieske (2Fe-2S) domain protein  43.86 
 
 
146 aa  47.8  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0105099  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5615  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.6 
 
 
159 aa  47.4  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.208156  normal  0.233969 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2537  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.54 
 
 
175 aa  47.4  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0534  amine oxidase  34.85 
 
 
647 aa  46.6  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.666818  normal  0.352078 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2525  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.51 
 
 
122 aa  46.2  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.348556  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0517  amine oxidase  33.33 
 
 
647 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0423  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.21 
 
 
239 aa  45.4  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.58568  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1910  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40 
 
 
171 aa  45.8  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0215924  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4253  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.2 
 
 
239 aa  45.4  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000504338  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1541  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.67 
 
 
135 aa  45.4  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1922  Rieske (2Fe-2S) region  47.27 
 
 
139 aa  45.1  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00607614  normal  0.581451 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1370  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.36 
 
 
199 aa  44.7  0.003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.571806 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2193  Rieske (2Fe-2S) domain protein  39.06 
 
 
161 aa  44.7  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0421933  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4025  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.49 
 
 
130 aa  45.1  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4116  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.49 
 
 
130 aa  44.7  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.603301 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15420  ferredoxin subunit of nitrite reductase and ring-hydroxylating dioxygenase  35.09 
 
 
148 aa  45.1  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0118  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  51.11 
 
 
166 aa  44.3  0.004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2957  ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulfur subunit  28.35 
 
 
175 aa  44.7  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.289994  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1655  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  47.92 
 
 
207 aa  43.9  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2121  twin-arginine translocation pathway signal  37.31 
 
 
172 aa  44.3  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.85037  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1640  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  47.92 
 
 
204 aa  43.9  0.006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0467943  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5838  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.99 
 
 
148 aa  43.9  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.592792  hitchhiker  0.000871266 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2067  rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.95 
 
 
145 aa  43.9  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.767488 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0205  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.33 
 
 
148 aa  43.9  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4868  amine oxidase  41.82 
 
 
645 aa  43.5  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3864  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  43.75 
 
 
141 aa  43.1  0.01  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0332721  normal  0.187556 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>