221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2242 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_4359  hydantoinase B/oxoprolinase  55.98 
 
 		 758 aa  880    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1448  acetone carboxylase alpha subunit  48.18 
 
 		 768 aa  741    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.674033 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1207  hydantoinase B/oxoprolinase  50.34 
 
 		 748 aa  776    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1152  hydantoinase B/oxoprolinase  55.21 
 
 		 747 aa  860    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2242  hydantoinase B/oxoprolinase  100 
 
 		 743 aa  1545    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0203545 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2506  hydantoinase B/oxoprolinase  48.24 
 
 		 774 aa  748    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.615482  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11380  acetophenone carboxylase  58.2 
 
 		 758 aa  909    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1342  hydantoinase B/oxoprolinase  56.79 
 
 		 772 aa  909    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4899  hydantoinase B/oxoprolinase  48.11 
 
 		 770 aa  710    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.313887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1162  hydantoinase B/oxoprolinase  57.47 
 
 		 758 aa  914    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1834  hydantoinase B/oxoprolinase  47.71 
 
 		 752 aa  745    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1847  hydantoinase B/oxoprolinase  32.75 
 
 		 686 aa  309  2.0000000000000002e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.889679  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2036  hydantoinase B/oxoprolinase  26.5 
 
 		 600 aa  190  9e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.524189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3096  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.99 
 
 		 775 aa  181  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16642  normal  0.217723 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3716  hydantoinase B/oxoprolinase  25.46 
 
 		 730 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.207387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1030  acetone carboxylase, alpha subunit  24.73 
 
 		 779 aa  162  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.127431  normal  0.789221 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3470  Hydantoinase B/oxoprolinase  26.07 
 
 		 774 aa  157  7e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.281023  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6173  acetone carboxylase, alpha subunit  25.4 
 
 		 774 aa  156  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6151  hydantoinase B/oxoprolinase  25.26 
 
 		 774 aa  157  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.459932 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4262  hydantoinase B/oxoprolinase  24.28 
 
 		 771 aa  156  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.463856 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20920  acetone carboxylase alpha subunit; AcxB  25.38 
 
 		 770 aa  156  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.608945  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3510  hydantoinase B/oxoprolinase  24.81 
 
 		 776 aa  155  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0356093  normal  0.481953 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4106  acetone carboxylase subunit alpha (or Hydantoinase B/oxoprolinase)  24.96 
 
 		 774 aa  153  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1777  hydantoinase B/oxoprolinase  25.63 
 
 		 737 aa  147  6e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1019  acetone carboxylase, alpha subunit  24.26 
 
 		 774 aa  147  9e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0376  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.6 
 
 		 657 aa  147  9e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2446  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.75 
 
 		 583 aa  146  1e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3604  hydantoinase B/oxoprolinase  23.55 
 
 		 775 aa  145  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.918377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5522  Hydantoinase B/oxoprolinase  23.37 
 
 		 776 aa  145  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.93174  normal  0.130662 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0942  hydantoinase B/oxoprolinase  23.41 
 
 		 774 aa  144  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5647  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.69 
 
 		 582 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.753702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2092  hydantoinase B/oxoprolinase  25.25 
 
 		 736 aa  140  7e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4582  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.98 
 
 		 577 aa  140  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5621  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.11 
 
 		 708 aa  139  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.99583 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5330  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.11 
 
 		 708 aa  139  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.288616 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3956  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.22 
 
 		 681 aa  137  9e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4192  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.27 
 
 		 580 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3732  hydantoinase B/oxoprolinase  25.68 
 
 		 674 aa  136  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6594  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.63 
 
 		 624 aa  135  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5242  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.51 
 
 		 646 aa  133  9e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.860523  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1981  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.19 
 
 		 562 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9129  hydantoin utilization protein  25.15 
 
 		 640 aa  133  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2300  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.43 
 
 		 585 aa  132  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.56332  normal  0.0979902 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3663  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.7 
 
 		 586 aa  132  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0156041 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3764  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.91 
 
 		 564 aa  132  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3415  Hydantoinase B/oxoprolinase  26.21 
 
 		 578 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41537  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5833  hydantoin utilization protein  24.55 
 
 		 563 aa  128  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2225  5-oxoprolinase  26.33 
 
 		 611 aa  127  6e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.113832  normal  0.624978 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.75 
 
 		 660 aa  126  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.468362 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3602  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.55 
 
 		 597 aa  127  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1718  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.15 
 
 		 556 aa  125  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3090  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.72 
 
 		 645 aa  125  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0547803  hitchhiker  0.000201646 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6261  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.06 
 
 		 577 aa  124  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0857847  normal  0.425917 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2414  hydantoinase B/oxoprolinase  27.7 
 
 		 581 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.49373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3116  Hydantoinase B/oxoprolinase  26.34 
 
 		 548 aa  121  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.708743  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2633  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.39 
 
 		 577 aa  121  6e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.286418 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3492  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.38 
 
 		 645 aa  120  7e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1246  Hydantoinase B/oxoprolinase  27.02 
 
 		 845 aa  120  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.446767  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.59 
 
 		 584 aa  120  7e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126981  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9149  hydantoin utilization protein  24.84 
 
 		 566 aa  119  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.288319  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6273  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.25 
 
 		 634 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0677788 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2261  hydantoinase B/oxoprolinase  27.34 
 
 		 581 aa  119  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4825  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.9 
 
 		 586 aa  118  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.308896  normal  0.0497189 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0692  hydantoin utilization protein B  26.23 
 
 		 565 aa  118  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.755562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1062  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.89 
 
 		 519 aa  117  7.999999999999999e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0859035  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0476  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.08 
 
 		 579 aa  116  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5219  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.24 
 
 		 568 aa  115  4.0000000000000004e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.667486  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.85 
 
 		 548 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3514  hydantoinase B/oxoprolinase  26.98 
 
 		 581 aa  114  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20950  N-methylhydantoinase B/acetone carboxylase, alpha subunit  26.52 
 
 		 647 aa  113  1.0000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0800854 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6535  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.72 
 
 		 582 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.479598 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2084  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.97 
 
 		 587 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.81629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3648  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.22 
 
 		 564 aa  111  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2859  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.87 
 
 		 629 aa  111  4.0000000000000004e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.832595  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0398  hydantoinase/oxoprolinase  23.57 
 
 		 1277 aa  110  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1877  Hydantoinase B/oxoprolinase  26.17 
 
 		 613 aa  109  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4225  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.87 
 
 		 588 aa  108  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.237131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4084  Hydantoinase B/oxoprolinase  25.99 
 
 		 589 aa  108  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.307442 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2496  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.47 
 
 		 521 aa  108  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1520  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.65 
 
 		 588 aa  107  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.45 
 
 		 589 aa  107  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4352  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.35 
 
 		 594 aa  105  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.8 
 
 		 529 aa  105  3e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0408738  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5965  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.38 
 
 		 597 aa  105  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.744958  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4144  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.8 
 
 		 601 aa  105  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.969544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5341  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.74 
 
 		 633 aa  104  6e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2367  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25 
 
 		 530 aa  103  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2132  Hydantoinase B/oxoprolinase  23.05 
 
 		 626 aa  102  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.580614 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5631  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.92 
 
 		 598 aa  102  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0685105 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0080  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.19 
 
 		 572 aa  102  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.740516  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0791  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.66 
 
 		 670 aa  102  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.549712 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4409  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.52 
 
 		 582 aa  102  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.202059 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0136  Hydantoinase B/oxoprolinase  23.91 
 
 		 586 aa  101  5e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3569  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.55 
 
 		 575 aa  101  6e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1695  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.44 
 
 		 632 aa  100  7e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0802  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.17 
 
 		 561 aa  100  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36294  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2362  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.28 
 
 		 1211 aa  99  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.811931 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1497  hydantoinase B/oxoprolinase  26.16 
 
 		 659 aa  98.6  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00877273  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2574  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.68 
 
 		 1216 aa  98.2  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.596345 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10270  5-oxoprolinase oplA  24.37 
 
 		 1209 aa  97.8  6e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0830899 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>