220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2367 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_4696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  69.08 
 
 
548 aa  759    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2367  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  100 
 
 
530 aa  1084    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3116  Hydantoinase B/oxoprolinase  70.99 
 
 
548 aa  772    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.708743  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1062  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  38.05 
 
 
519 aa  300  3e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0859035  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1520  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.21 
 
 
588 aa  291  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4825  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.08 
 
 
586 aa  288  1e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.308896  normal  0.0497189 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1718  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.52 
 
 
556 aa  281  3e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4582  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.95 
 
 
577 aa  280  5e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3514  hydantoinase B/oxoprolinase  33.52 
 
 
581 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2261  hydantoinase B/oxoprolinase  33.33 
 
 
581 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3921  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.27 
 
 
534 aa  273  7e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.710611  normal  0.101565 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2414  hydantoinase B/oxoprolinase  33.08 
 
 
581 aa  272  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.49373  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4409  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.26 
 
 
582 aa  271  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.202059 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9129  hydantoin utilization protein  31.5 
 
 
640 aa  267  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2411  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.88 
 
 
515 aa  265  2e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.381663  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1981  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.32 
 
 
562 aa  263  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307299  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3415  Hydantoinase B/oxoprolinase  31.5 
 
 
578 aa  263  6e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41537  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6261  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.43 
 
 
577 aa  263  8e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0857847  normal  0.425917 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4192  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.46 
 
 
580 aa  260  4e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0561  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.33 
 
 
524 aa  258  1e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.899145  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3104  N-methylhydantoinase B/acetone carboxylase, alpha subunit  33.65 
 
 
537 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0376  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.83 
 
 
657 aa  249  1e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0497  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.32 
 
 
651 aa  248  2e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.13495  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1517  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.59 
 
 
1220 aa  248  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.987172 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9149  hydantoin utilization protein  31.05 
 
 
566 aa  248  3e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.288319  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5647  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.8 
 
 
582 aa  247  4e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.753702  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0037  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.14 
 
 
531 aa  246  4.9999999999999997e-64  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3764  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.29 
 
 
564 aa  244  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1578  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.27 
 
 
541 aa  244  3.9999999999999997e-63  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3663  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.96 
 
 
586 aa  243  5e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0156041 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2708  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.94 
 
 
527 aa  243  7e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3569  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.99 
 
 
575 aa  242  1e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3956  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.77 
 
 
681 aa  241  2.9999999999999997e-62  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6273  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.1 
 
 
634 aa  239  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0677788 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.26 
 
 
529 aa  237  3e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0408738  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3642  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.83 
 
 
557 aa  238  3e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2446  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.4 
 
 
583 aa  237  5.0000000000000005e-61  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1781  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.76 
 
 
1213 aa  236  6e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0522024  normal  0.0235598 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5833  hydantoin utilization protein  33.05 
 
 
563 aa  236  7e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4084  Hydantoinase B/oxoprolinase  33.15 
 
 
589 aa  232  1e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.307442 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2633  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.85 
 
 
577 aa  230  4e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.286418 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2300  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.51 
 
 
585 aa  230  5e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.56332  normal  0.0979902 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0372  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.6 
 
 
616 aa  227  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.014712  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1968  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.61 
 
 
528 aa  224  2e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.302268  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5631  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.34 
 
 
598 aa  225  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0685105 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5965  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.09 
 
 
597 aa  221  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.744958  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2941  5-oxoprolinase  30.31 
 
 
579 aa  221  3e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2462  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.76 
 
 
515 aa  221  3e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.86 
 
 
584 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126981  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE05320  5-oxoprolinase, putative  30.37 
 
 
576 aa  220  6e-56  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3534  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.06 
 
 
519 aa  219  1e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0275589 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1104  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.6 
 
 
511 aa  217  4e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.723439  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3295  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.98 
 
 
1220 aa  217  4e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4976  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.29 
 
 
1210 aa  216  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6535  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.58 
 
 
582 aa  216  8e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.479598 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5123  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.1 
 
 
1212 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0650369 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3807  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.27 
 
 
1206 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8319  hydantoin utilization protein  31.19 
 
 
574 aa  214  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.113582  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1246  Hydantoinase B/oxoprolinase  34.28 
 
 
845 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.446767  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6188  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.48 
 
 
539 aa  213  9e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.104121 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3345  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.35 
 
 
1258 aa  213  1e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0277673 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2132  Hydantoinase B/oxoprolinase  31.61 
 
 
626 aa  212  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.580614 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0378  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.76 
 
 
1226 aa  211  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8487  Hydantoinase B/oxoprolinase  28.65 
 
 
671 aa  210  6e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0727  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.75 
 
 
513 aa  209  8e-53  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1934  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.71 
 
 
561 aa  209  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02640  cytoplasm protein, putative  29.17 
 
 
582 aa  208  2e-52  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.00578877  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1856  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.55 
 
 
512 aa  208  2e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0996976  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8174  hydantoin utilization protein  31.43 
 
 
585 aa  207  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246451  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.41 
 
 
589 aa  206  7e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0476  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.14 
 
 
579 aa  206  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4046  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.67 
 
 
559 aa  205  2e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0146598  decreased coverage  0.00136288 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0637  hydantoinase/oxoprolinase family protein  29.38 
 
 
1203 aa  203  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4343  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.15 
 
 
1206 aa  204  5e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.808871  normal  0.0662323 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2093  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.71 
 
 
1190 aa  203  6e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2480  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.31 
 
 
1250 aa  203  6e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.020178 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2907  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.75 
 
 
1242 aa  203  6e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0182829 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2968  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.24 
 
 
1229 aa  203  6e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1380  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.31 
 
 
1239 aa  203  6e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2177  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.33 
 
 
1206 aa  203  7e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2294  Hydantoinase B/oxoprolinase  29.98 
 
 
598 aa  203  7e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.203995 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1059  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.24 
 
 
599 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.331843  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0681  hydantoinase/oxoprolinase family protein  29.13 
 
 
1198 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2245  hydantoinase B/oxoprolinase  31.33 
 
 
518 aa  201  3e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5989  N-methylhydantoinase B (Hydantoin utilization protein B)  29.76 
 
 
577 aa  201  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0982181 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3090  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.44 
 
 
645 aa  199  7.999999999999999e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0547803  hitchhiker  0.000201646 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10270  5-oxoprolinase oplA  30.62 
 
 
1209 aa  199  7.999999999999999e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0830899 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05652  conserved hypothetical protein  28.25 
 
 
1307 aa  199  1.0000000000000001e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.620573  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5473  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.94 
 
 
552 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.691063  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2207  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.57 
 
 
559 aa  199  1.0000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00887256  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2566  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.65 
 
 
1185 aa  199  1.0000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3290  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.33 
 
 
1217 aa  197  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6264  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.39 
 
 
544 aa  197  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0004  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.94 
 
 
1218 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.521135 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4106  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.94 
 
 
1212 aa  196  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.264245  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4144  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.55 
 
 
601 aa  196  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.969544  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1926  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.47 
 
 
515 aa  196  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4973  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.13 
 
 
652 aa  196  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.175977 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1953  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.47 
 
 
515 aa  196  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.766968 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1128  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.23 
 
 
510 aa  196  1e-48  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>