223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3116 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_3116  Hydantoinase B/oxoprolinase  100 
 
 
548 aa  1100    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.708743  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  93.43 
 
 
548 aa  1040    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2367  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  71.62 
 
 
530 aa  728    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1520  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.38 
 
 
588 aa  311  2.9999999999999997e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4409  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.14 
 
 
582 aa  302  9e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.202059 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1062  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.09 
 
 
519 aa  300  3e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0859035  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2261  hydantoinase B/oxoprolinase  34.56 
 
 
581 aa  296  7e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2414  hydantoinase B/oxoprolinase  34.19 
 
 
581 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.49373  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4825  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.2 
 
 
586 aa  294  3e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.308896  normal  0.0497189 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3514  hydantoinase B/oxoprolinase  34.38 
 
 
581 aa  293  5e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2411  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.69 
 
 
515 aa  292  9e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.381663  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0561  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.34 
 
 
524 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.899145  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9129  hydantoin utilization protein  32.97 
 
 
640 aa  283  5.000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4582  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.7 
 
 
577 aa  283  7.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1981  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.87 
 
 
562 aa  283  8.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307299  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3921  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.2 
 
 
534 aa  282  1e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.710611  normal  0.101565 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3415  Hydantoinase B/oxoprolinase  33.64 
 
 
578 aa  281  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41537  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5647  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.89 
 
 
582 aa  277  4e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.753702  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1718  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.27 
 
 
556 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3569  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.28 
 
 
575 aa  273  5.000000000000001e-72  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3104  N-methylhydantoinase B/acetone carboxylase, alpha subunit  34.22 
 
 
537 aa  273  5.000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4192  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.66 
 
 
580 aa  272  1e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2708  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.67 
 
 
527 aa  270  4e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0497  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.42 
 
 
651 aa  270  5e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.13495  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1578  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  35.61 
 
 
541 aa  268  2e-70  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6261  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.13 
 
 
577 aa  264  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0857847  normal  0.425917 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6273  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.07 
 
 
634 aa  262  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0677788 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3764  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.21 
 
 
564 aa  262  2e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9149  hydantoin utilization protein  33.15 
 
 
566 aa  258  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.288319  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0037  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.84 
 
 
531 aa  258  2e-67  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.1 
 
 
529 aa  256  6e-67  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0408738  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2300  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.57 
 
 
585 aa  256  7e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.56332  normal  0.0979902 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5833  hydantoin utilization protein  32.43 
 
 
563 aa  256  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3956  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.73 
 
 
681 aa  254  3e-66  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4084  Hydantoinase B/oxoprolinase  37.69 
 
 
589 aa  253  6e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.307442 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1968  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.48 
 
 
528 aa  253  7e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.302268  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2941  5-oxoprolinase  33.93 
 
 
579 aa  252  1e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2633  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.39 
 
 
577 aa  249  1e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.286418 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3663  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.27 
 
 
586 aa  248  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0156041 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3642  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  34.11 
 
 
557 aa  248  2e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5631  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.61 
 
 
598 aa  247  4e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0685105 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6188  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  36.84 
 
 
539 aa  245  9.999999999999999e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.104121 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0376  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.13 
 
 
657 aa  243  7e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2446  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.81 
 
 
583 aa  242  1e-62  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0372  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.27 
 
 
616 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.014712  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8319  hydantoin utilization protein  33.48 
 
 
574 aa  239  1e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.113582  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5965  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.29 
 
 
597 aa  238  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.744958  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6535  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.89 
 
 
582 aa  234  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.479598 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.99 
 
 
589 aa  233  8.000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8174  hydantoin utilization protein  30.55 
 
 
585 aa  232  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246451  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1934  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.52 
 
 
561 aa  232  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0476  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.81 
 
 
579 aa  230  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5989  N-methylhydantoinase B (Hydantoin utilization protein B)  34.01 
 
 
577 aa  228  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0982181 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1246  Hydantoinase B/oxoprolinase  33.94 
 
 
845 aa  228  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.446767  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.76 
 
 
584 aa  228  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126981  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4046  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.36 
 
 
559 aa  227  4e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0146598  decreased coverage  0.00136288 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0692  hydantoin utilization protein B  33.19 
 
 
565 aa  227  4e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.755562  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1104  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.4 
 
 
511 aa  227  4e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.723439  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1517  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.11 
 
 
1220 aa  224  3e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.987172 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5123  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.25 
 
 
1212 aa  219  7e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0650369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4976  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.11 
 
 
1210 aa  219  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1781  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.15 
 
 
1213 aa  219  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0522024  normal  0.0235598 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1856  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.02 
 
 
512 aa  218  2.9999999999999998e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0996976  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2462  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.3 
 
 
515 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1059  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.97 
 
 
599 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.331843  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4144  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.07 
 
 
601 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.969544  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3345  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.3 
 
 
1258 aa  213  5.999999999999999e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0277673 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3090  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.25 
 
 
645 aa  213  7e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0547803  hitchhiker  0.000201646 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4027  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.94 
 
 
558 aa  213  9e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5330  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.97 
 
 
708 aa  212  1e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.288616 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5621  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.29 
 
 
708 aa  212  1e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.99583 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0727  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.75 
 
 
513 aa  211  2e-53  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05652  conserved hypothetical protein  28.39 
 
 
1307 aa  211  3e-53  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.620573  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3295  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.7 
 
 
1220 aa  210  5e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2207  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.66 
 
 
559 aa  209  1e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00887256  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2528  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.79 
 
 
629 aa  208  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.165308  normal  0.701277 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2036  hydantoinase B/oxoprolinase  30.82 
 
 
600 aa  208  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.524189  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_81320  5-oxoprolinase  30.95 
 
 
1309 aa  208  2e-52  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3492  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.07 
 
 
645 aa  208  2e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006687  CNE05320  5-oxoprolinase, putative  28.36 
 
 
576 aa  207  3e-52  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2132  Hydantoinase B/oxoprolinase  32.49 
 
 
626 aa  207  3e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.580614 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3534  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.82 
 
 
519 aa  207  4e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0275589 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2907  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.02 
 
 
1242 aa  207  5e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0182829 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2294  Hydantoinase B/oxoprolinase  31.32 
 
 
598 aa  206  6e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.203995 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4343  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.08 
 
 
1206 aa  206  7e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.808871  normal  0.0662323 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6222  hydantoinase B/oxoprolinase  29.81 
 
 
598 aa  205  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.358496  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1128  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.91 
 
 
510 aa  205  1e-51  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2093  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.7 
 
 
1190 aa  206  1e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0802  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.96 
 
 
561 aa  206  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36294  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03972  5-oxo-L-prolinase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G14330)  27.44 
 
 
1274 aa  205  2e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.574079 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3648  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.02 
 
 
564 aa  204  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101613  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3807  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.06 
 
 
1206 aa  204  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2362  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.56 
 
 
1211 aa  204  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.811931 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1380  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.98 
 
 
1239 aa  202  9e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7017  hydantoin utilization protein  30.63 
 
 
571 aa  202  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2480  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.98 
 
 
1250 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.020178 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0080  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.48 
 
 
572 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.740516  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.49 
 
 
660 aa  201  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468362 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0637  hydantoinase/oxoprolinase family protein  29.38 
 
 
1203 aa  200  6e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10270  5-oxoprolinase oplA  30.15 
 
 
1209 aa  200  7e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0830899 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>