215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3604 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_1777  hydantoinase B/oxoprolinase  46.99 
 
 
737 aa  687    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1019  acetone carboxylase, alpha subunit  69.65 
 
 
774 aa  1138    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6173  acetone carboxylase, alpha subunit  70.7 
 
 
774 aa  1155    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3470  Hydantoinase B/oxoprolinase  69.91 
 
 
774 aa  1145    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.281023  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3604  hydantoinase B/oxoprolinase  100 
 
 
775 aa  1610    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.918377  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6151  hydantoinase B/oxoprolinase  69.78 
 
 
774 aa  1149    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.459932 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3510  hydantoinase B/oxoprolinase  88.4 
 
 
776 aa  1434    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0356093  normal  0.481953 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4106  acetone carboxylase subunit alpha (or Hydantoinase B/oxoprolinase)  70.96 
 
 
774 aa  1157    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1030  acetone carboxylase, alpha subunit  81.76 
 
 
779 aa  1318    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.127431  normal  0.789221 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4262  hydantoinase B/oxoprolinase  86.26 
 
 
771 aa  1389    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.463856 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2092  hydantoinase B/oxoprolinase  46.96 
 
 
736 aa  692    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0942  hydantoinase B/oxoprolinase  68.1 
 
 
774 aa  1132    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5522  Hydantoinase B/oxoprolinase  87.5 
 
 
776 aa  1434    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.93174  normal  0.130662 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20920  acetone carboxylase alpha subunit; AcxB  68.05 
 
 
770 aa  1106    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.608945  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3716  hydantoinase B/oxoprolinase  37.29 
 
 
730 aa  479  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.207387  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1847  hydantoinase B/oxoprolinase  26.09 
 
 
686 aa  173  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.889679  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1162  hydantoinase B/oxoprolinase  24.63 
 
 
758 aa  167  8e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1448  acetone carboxylase alpha subunit  25.77 
 
 
768 aa  166  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.674033 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1342  hydantoinase B/oxoprolinase  24.33 
 
 
772 aa  163  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2506  hydantoinase B/oxoprolinase  25.55 
 
 
774 aa  162  3e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.615482  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4359  hydantoinase B/oxoprolinase  23.59 
 
 
758 aa  160  8e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3096  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.19 
 
 
775 aa  155  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16642  normal  0.217723 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1152  hydantoinase B/oxoprolinase  24.71 
 
 
747 aa  154  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11380  acetophenone carboxylase  24.85 
 
 
758 aa  153  8.999999999999999e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1834  hydantoinase B/oxoprolinase  25.46 
 
 
752 aa  153  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2036  hydantoinase B/oxoprolinase  25.23 
 
 
600 aa  145  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.524189  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4899  hydantoinase B/oxoprolinase  24.04 
 
 
770 aa  145  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.313887  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1207  hydantoinase B/oxoprolinase  23.35 
 
 
748 aa  137  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215827  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0376  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.27 
 
 
657 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2242  hydantoinase B/oxoprolinase  23.55 
 
 
743 aa  134  9e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0203545 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3415  Hydantoinase B/oxoprolinase  24.84 
 
 
578 aa  133  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41537  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3956  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.18 
 
 
681 aa  121  6e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5621  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.92 
 
 
708 aa  114  5e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.99583 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5330  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.92 
 
 
708 aa  114  6e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.288616 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3764  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.36 
 
 
564 aa  113  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01100  hypothetical 5-oxoprolinase (Eurofung)  25.23 
 
 
1355 aa  112  2.0000000000000002e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0381114 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00009  hypothetical N-methylhydantoinase (Eurofung)  24.16 
 
 
1362 aa  105  5e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00000169521 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3602  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.45 
 
 
597 aa  104  7e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4192  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.76 
 
 
580 aa  103  8e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4144  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23 
 
 
601 aa  102  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.969544  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4582  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.27 
 
 
577 aa  102  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5647  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.95 
 
 
582 aa  102  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.753702  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3663  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  21.77 
 
 
586 aa  101  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0156041 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2300  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.13 
 
 
585 aa  100  8e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.56332  normal  0.0979902 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1981  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  21.98 
 
 
562 aa  100  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307299  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1517  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.75 
 
 
1220 aa  98.2  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.987172 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5242  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25 
 
 
646 aa  97.1  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.860523  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6261  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  21.95 
 
 
577 aa  95.9  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0857847  normal  0.425917 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1781  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.75 
 
 
1213 aa  95.1  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0522024  normal  0.0235598 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3648  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.06 
 
 
564 aa  94.7  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101613  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_29736  5-oxoprolinase  22.41 
 
 
1319 aa  93.6  1e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.434949  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2446  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.19 
 
 
583 aa  93.2  2e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4429  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25 
 
 
581 aa  93.2  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28701  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2411  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.55 
 
 
515 aa  92.8  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.381663  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3090  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.27 
 
 
645 aa  93.2  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0547803  hitchhiker  0.000201646 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0791  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.12 
 
 
670 aa  92.4  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.549712 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1695  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  21.54 
 
 
632 aa  92.4  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0476  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.86 
 
 
579 aa  92.4  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0037  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  21.49 
 
 
531 aa  91.7  4e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0372  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.35 
 
 
616 aa  91.3  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.014712  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03972  5-oxo-L-prolinase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G14330)  20.67 
 
 
1274 aa  90.5  1e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.574079 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3732  hydantoinase B/oxoprolinase  22.6 
 
 
674 aa  90.5  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5123  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.41 
 
 
1212 aa  89.7  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0650369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4976  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.92 
 
 
1210 aa  89.7  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3345  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.13 
 
 
1258 aa  88.2  5e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0277673 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2390  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.41 
 
 
1229 aa  88.2  5e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0152868 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2496  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.3 
 
 
521 aa  88.2  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2968  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.03 
 
 
1229 aa  87  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5833  hydantoin utilization protein  23.09 
 
 
563 aa  87  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1578  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.87 
 
 
541 aa  86.3  0.000000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1934  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.74 
 
 
561 aa  85.9  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0175  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.05 
 
 
628 aa  85.1  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3290  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.35 
 
 
1217 aa  84.7  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0467  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.51 
 
 
514 aa  85.1  0.000000000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.011841  hitchhiker  0.0000000457573 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3534  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  21.64 
 
 
519 aa  84.7  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0275589 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2362  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.19 
 
 
1211 aa  84.7  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.811931 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3492  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.72 
 
 
645 aa  84.3  0.000000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1513  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.69 
 
 
1230 aa  84  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.706946  normal  0.501464 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4225  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  20.9 
 
 
588 aa  83.2  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.237131  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5219  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.73 
 
 
568 aa  83.2  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.667486  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4926  Hydantoin utilization protein B  24.96 
 
 
551 aa  82.4  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253759  normal  0.500561 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3569  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  21.4 
 
 
575 aa  81.6  0.00000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9149  hydantoin utilization protein  22.58 
 
 
566 aa  81.6  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.288319  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3814  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  20.83 
 
 
1293 aa  81.6  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1059  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.99 
 
 
599 aa  81.3  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.331843  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2261  hydantoinase B/oxoprolinase  22.42 
 
 
581 aa  81.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10270  5-oxoprolinase oplA  21.58 
 
 
1209 aa  80.9  0.00000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0830899 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2859  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.75 
 
 
629 aa  80.9  0.00000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.832595  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0692  hydantoin utilization protein B  20.99 
 
 
565 aa  79.3  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.755562  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2414  hydantoinase B/oxoprolinase  22.58 
 
 
581 aa  79.7  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.49373  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.81 
 
 
529 aa  79.7  0.0000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0408738  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86944  5-oxoprolinase  21.35 
 
 
1322 aa  79.7  0.0000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.690875  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5631  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.79 
 
 
598 aa  79.3  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0685105 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2225  5-oxoprolinase  23.53 
 
 
611 aa  79  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.113832  normal  0.624978 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02640  cytoplasm protein, putative  20.54 
 
 
582 aa  78.6  0.0000000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.00578877  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2708  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.19 
 
 
527 aa  78.2  0.0000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3295  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.16 
 
 
1220 aa  78.2  0.0000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2907  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.06 
 
 
1242 aa  78.2  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0182829 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0004  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  21.76 
 
 
1218 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.521135 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5965  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.8 
 
 
597 aa  77.4  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.744958  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>