222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4429 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4429  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  100 
 
 
581 aa  1184    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28701  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4926  Hydantoin utilization protein B  55.98 
 
 
551 aa  612  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253759  normal  0.500561 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1124  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  51.32 
 
 
568 aa  548  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0518569  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2266  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  54.12 
 
 
537 aa  546  1e-154  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.419568  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3812  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  51.18 
 
 
568 aa  542  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.135188  normal  0.0136531 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1105  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  50.79 
 
 
568 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.304124 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2496  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  37.63 
 
 
521 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3415  Hydantoinase B/oxoprolinase  34.03 
 
 
578 aa  286  5e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41537  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0398  hydantoinase/oxoprolinase  33.15 
 
 
1277 aa  280  5e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4192  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.46 
 
 
580 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5647  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.68 
 
 
582 aa  270  5e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.753702  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6261  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  33.1 
 
 
577 aa  261  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0857847  normal  0.425917 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4582  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.29 
 
 
577 aa  260  5.0000000000000005e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8174  hydantoin utilization protein  30.19 
 
 
585 aa  238  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246451  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0037  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.25 
 
 
531 aa  235  2.0000000000000002e-60  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6535  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.94 
 
 
582 aa  231  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.479598 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9149  hydantoin utilization protein  29.13 
 
 
566 aa  230  5e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.288319  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1718  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.21 
 
 
556 aa  228  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2708  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.97 
 
 
527 aa  225  2e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4144  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.24 
 
 
601 aa  223  8e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.969544  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2528  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.06 
 
 
629 aa  223  9.999999999999999e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.165308  normal  0.701277 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3732  hydantoinase B/oxoprolinase  30.78 
 
 
674 aa  222  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3569  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.4 
 
 
575 aa  220  5e-56  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5219  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.7 
 
 
568 aa  219  1e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.667486  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3764  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.17 
 
 
564 aa  219  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0372  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.04 
 
 
616 aa  216  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.014712  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2411  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.32 
 
 
515 aa  216  9.999999999999999e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.381663  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3663  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.19 
 
 
586 aa  214  4.9999999999999996e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0156041 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2633  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.7 
 
 
577 aa  212  1e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.286418 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2300  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.17 
 
 
585 aa  211  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.56332  normal  0.0979902 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0476  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.22 
 
 
579 aa  212  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.17 
 
 
529 aa  212  2e-53  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0408738  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2225  5-oxoprolinase  31.11 
 
 
611 aa  211  3e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.113832  normal  0.624978 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1062  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.08 
 
 
519 aa  209  8e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0859035  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1981  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.25 
 
 
562 aa  208  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307299  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5631  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.96 
 
 
598 aa  208  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0685105 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6594  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  31.45 
 
 
624 aa  208  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1968  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.52 
 
 
528 aa  206  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.302268  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2036  hydantoinase B/oxoprolinase  29.26 
 
 
600 aa  205  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.524189  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1578  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.03 
 
 
541 aa  204  5e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8487  Hydantoinase B/oxoprolinase  29.09 
 
 
671 aa  203  7e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5965  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.84 
 
 
597 aa  203  9e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.744958  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1856  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.9 
 
 
512 aa  201  3e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0996976  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5833  hydantoin utilization protein  31.26 
 
 
563 aa  201  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1128  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.6 
 
 
510 aa  201  3e-50  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0376  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.87 
 
 
657 aa  201  3.9999999999999996e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20950  N-methylhydantoinase B/acetone carboxylase, alpha subunit  30.51 
 
 
647 aa  200  6e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0800854 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1695  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.05 
 
 
632 aa  199  9e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0080  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.14 
 
 
572 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.740516  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1934  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  32.81 
 
 
561 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0727  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.05 
 
 
513 aa  196  1e-48  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.61 
 
 
660 aa  196  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468362 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6264  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.78 
 
 
544 aa  195  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0175  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.84 
 
 
628 aa  195  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0414  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.56 
 
 
513 aa  195  2e-48  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1877  Hydantoinase B/oxoprolinase  30.02 
 
 
613 aa  194  5e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0131  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.71 
 
 
517 aa  190  5.999999999999999e-47  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.367473  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2646  hydantoinase B/oxoprolinase  25.47 
 
 
647 aa  190  7e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0561  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.3 
 
 
524 aa  189  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.899145  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3642  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.77 
 
 
557 aa  189  1e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0791  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.42 
 
 
670 aa  188  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.549712 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5341  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.16 
 
 
633 aa  187  4e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4352  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.53 
 
 
594 aa  186  7e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3648  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.63 
 
 
564 aa  186  9e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101613  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0424  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.59 
 
 
514 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0467  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.4 
 
 
514 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.011841  hitchhiker  0.0000000457573 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8319  hydantoin utilization protein  28.17 
 
 
574 aa  185  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.113582  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5989  N-methylhydantoinase B (Hydantoin utilization protein B)  31.62 
 
 
577 aa  183  6e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0982181 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2849  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  30.04 
 
 
628 aa  183  7e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3921  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.61 
 
 
534 aa  182  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.710611  normal  0.101565 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1497  hydantoinase B/oxoprolinase  30.15 
 
 
659 aa  183  1e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00877273  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2859  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.43 
 
 
629 aa  180  5.999999999999999e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.832595  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2462  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.41 
 
 
515 aa  180  7e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3116  Hydantoinase B/oxoprolinase  28.6 
 
 
548 aa  179  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.708743  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.84 
 
 
589 aa  177  5e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3345  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.54 
 
 
1258 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0277673 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1560  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.36 
 
 
584 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126981  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2446  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.64 
 
 
583 aa  174  5e-42  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3534  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.06 
 
 
519 aa  174  5e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0275589 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3602  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.62 
 
 
597 aa  174  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4825  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.85 
 
 
586 aa  173  6.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.308896  normal  0.0497189 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3104  N-methylhydantoinase B/acetone carboxylase, alpha subunit  29.85 
 
 
537 aa  173  6.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2084  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.11 
 
 
587 aa  173  7.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.81629  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4027  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.6 
 
 
558 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.94 
 
 
548 aa  173  7.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1059  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.13 
 
 
599 aa  172  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.331843  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2367  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.67 
 
 
530 aa  172  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3956  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.26 
 
 
681 aa  171  3e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3814  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  28.26 
 
 
1293 aa  171  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2941  5-oxoprolinase  27 
 
 
579 aa  171  4e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3096  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.36 
 
 
775 aa  170  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16642  normal  0.217723 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_12616  predicted protein  26.67 
 
 
1271 aa  169  1e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.747527  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9129  hydantoin utilization protein  26.56 
 
 
640 aa  168  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4973  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.49 
 
 
652 aa  167  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.175977 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3090  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.56 
 
 
645 aa  167  5.9999999999999996e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0547803  hitchhiker  0.000201646 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1391  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.01 
 
 
517 aa  166  9e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.251897  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1246  Hydantoinase B/oxoprolinase  29.98 
 
 
845 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.446767  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6188  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.7 
 
 
539 aa  164  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.104121 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3492  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.06 
 
 
645 aa  164  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2177  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.18 
 
 
1206 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>