219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2506 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_11380  acetophenone carboxylase  49.93 
 
 
758 aa  793    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1448  acetone carboxylase alpha subunit  67.99 
 
 
768 aa  1104    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.674033 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1207  hydantoinase B/oxoprolinase  47.65 
 
 
748 aa  730    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215827  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2242  hydantoinase B/oxoprolinase  48.24 
 
 
743 aa  733    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0203545 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2506  hydantoinase B/oxoprolinase  100 
 
 
774 aa  1608    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.615482  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4899  hydantoinase B/oxoprolinase  88.39 
 
 
770 aa  1362    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.313887  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1342  hydantoinase B/oxoprolinase  49.8 
 
 
772 aa  795    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1162  hydantoinase B/oxoprolinase  49.67 
 
 
758 aa  787    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1834  hydantoinase B/oxoprolinase  41.89 
 
 
752 aa  649    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1152  hydantoinase B/oxoprolinase  48.44 
 
 
747 aa  748    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4359  hydantoinase B/oxoprolinase  50.2 
 
 
758 aa  783    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1847  hydantoinase B/oxoprolinase  30.17 
 
 
686 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.889679  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2036  hydantoinase B/oxoprolinase  25.75 
 
 
600 aa  178  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.524189  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1777  hydantoinase B/oxoprolinase  25.94 
 
 
737 aa  174  6.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3096  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  26.86 
 
 
775 aa  171  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16642  normal  0.217723 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3510  hydantoinase B/oxoprolinase  25.11 
 
 
776 aa  170  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0356093  normal  0.481953 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6151  hydantoinase B/oxoprolinase  24.44 
 
 
774 aa  167  9e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.459932 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3470  Hydantoinase B/oxoprolinase  24.93 
 
 
774 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.281023  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2092  hydantoinase B/oxoprolinase  25.35 
 
 
736 aa  166  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1030  acetone carboxylase, alpha subunit  25.24 
 
 
779 aa  164  4.0000000000000004e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.127431  normal  0.789221 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3956  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.5 
 
 
681 aa  163  9e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6173  acetone carboxylase, alpha subunit  24.89 
 
 
774 aa  163  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3604  hydantoinase B/oxoprolinase  25.55 
 
 
775 aa  162  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.918377  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1019  acetone carboxylase, alpha subunit  25.04 
 
 
774 aa  160  8e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3764  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.31 
 
 
564 aa  159  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4262  hydantoinase B/oxoprolinase  24.77 
 
 
771 aa  158  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.463856 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5522  Hydantoinase B/oxoprolinase  24.65 
 
 
776 aa  158  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.93174  normal  0.130662 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4106  acetone carboxylase subunit alpha (or Hydantoinase B/oxoprolinase)  24.14 
 
 
774 aa  158  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20920  acetone carboxylase alpha subunit; AcxB  24.47 
 
 
770 aa  156  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.608945  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0376  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.44 
 
 
657 aa  154  4e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1474  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.57 
 
 
660 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468362 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0942  hydantoinase B/oxoprolinase  22.79 
 
 
774 aa  149  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3415  Hydantoinase B/oxoprolinase  25.18 
 
 
578 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.41537  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3663  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.42 
 
 
586 aa  146  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0156041 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5621  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24 
 
 
708 aa  145  4e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.99583 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5330  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24 
 
 
708 aa  143  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.288616 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3716  hydantoinase B/oxoprolinase  23.96 
 
 
730 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.207387  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4192  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.24 
 
 
580 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3602  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.82 
 
 
597 aa  139  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4582  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.95 
 
 
577 aa  136  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2446  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.06 
 
 
583 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5647  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.23 
 
 
582 aa  132  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.753702  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5242  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.62 
 
 
646 aa  131  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.860523  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8487  Hydantoinase B/oxoprolinase  25.67 
 
 
671 aa  131  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1981  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.8 
 
 
562 aa  131  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307299  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9149  hydantoin utilization protein  24.57 
 
 
566 aa  130  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.288319  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0692  hydantoin utilization protein B  25.06 
 
 
565 aa  130  8.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.755562  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9129  hydantoin utilization protein  23.9 
 
 
640 aa  129  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6261  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.87 
 
 
577 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0857847  normal  0.425917 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2413  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.87 
 
 
529 aa  127  7e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0408738  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1062  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.05 
 
 
519 aa  125  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0859035  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2633  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.05 
 
 
577 aa  125  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.286418 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4352  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.21 
 
 
594 aa  124  7e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4144  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.97 
 
 
601 aa  124  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.969544  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2300  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.56 
 
 
585 aa  121  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.56332  normal  0.0979902 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1578  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.54 
 
 
541 aa  120  9.999999999999999e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0080  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.71 
 
 
572 aa  120  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.740516  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3569  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.54 
 
 
575 aa  119  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6535  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.75 
 
 
582 aa  118  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.479598 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2414  hydantoinase B/oxoprolinase  24.05 
 
 
581 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.49373  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2496  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.55 
 
 
521 aa  117  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3090  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.06 
 
 
645 aa  117  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0547803  hitchhiker  0.000201646 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2261  hydantoinase B/oxoprolinase  23.87 
 
 
581 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20950  N-methylhydantoinase B/acetone carboxylase, alpha subunit  24.02 
 
 
647 aa  115  3e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0800854 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1695  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.05 
 
 
632 aa  115  3e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2411  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.85 
 
 
515 aa  115  3e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.381663  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0037  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.17 
 
 
531 aa  114  8.000000000000001e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0372  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.16 
 
 
616 aa  114  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.014712  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3514  hydantoinase B/oxoprolinase  23.51 
 
 
581 aa  112  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5833  hydantoin utilization protein  22.14 
 
 
563 aa  112  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8319  hydantoin utilization protein  24.15 
 
 
574 aa  111  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.113582  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1246  Hydantoinase B/oxoprolinase  23.21 
 
 
845 aa  111  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.446767  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2177  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.75 
 
 
1206 aa  110  1e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0802  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  25.73 
 
 
561 aa  109  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.36294  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3492  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.87 
 
 
645 aa  109  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3648  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.13 
 
 
564 aa  109  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101613  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3732  hydantoinase B/oxoprolinase  22.12 
 
 
674 aa  108  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4084  Hydantoinase B/oxoprolinase  26.79 
 
 
589 aa  108  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.307442 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0476  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  29.18 
 
 
579 aa  108  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1966  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.8 
 
 
589 aa  108  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6594  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.34 
 
 
624 aa  108  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3345  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.35 
 
 
1258 aa  107  6e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0277673 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2367  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.41 
 
 
530 aa  108  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1934  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.94 
 
 
561 aa  107  6e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4027  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.33 
 
 
558 aa  107  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4409  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.74 
 
 
582 aa  107  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.202059 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5989  N-methylhydantoinase B (Hydantoin utilization protein B)  24.66 
 
 
577 aa  107  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0982181 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3534  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  24.21 
 
 
519 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0275589 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1912  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  27.44 
 
 
569 aa  107  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0371737 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1124  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  21.84 
 
 
568 aa  105  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0518569  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4696  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.09 
 
 
548 aa  105  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2462  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.53 
 
 
515 aa  104  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2225  5-oxoprolinase  22.66 
 
 
611 aa  104  8e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.113832  normal  0.624978 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8174  hydantoin utilization protein  22.1 
 
 
585 aa  103  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246451  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1877  Hydantoinase B/oxoprolinase  22.71 
 
 
613 aa  102  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4973  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.22 
 
 
652 aa  103  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.175977 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3116  Hydantoinase B/oxoprolinase  22.63 
 
 
548 aa  102  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.708743  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6273  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  23.06 
 
 
634 aa  101  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0677788 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10270  5-oxoprolinase oplA  27.73 
 
 
1209 aa  101  4e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0830899 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1517  5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing)  22.41 
 
 
1220 aa  101  6e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.987172 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>