More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2599 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2599  binding-protein-dependent transport system permease  100 
 
 
267 aa  520  1e-146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0325086 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0349  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  39.77 
 
 
283 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.81 
 
 
309 aa  194  1e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  41.43 
 
 
279 aa  194  2e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  42.74 
 
 
284 aa  192  6e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  41.04 
 
 
282 aa  191  1e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1282  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.62 
 
 
300 aa  190  2e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284613  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1030  nickel transporter permease NikC  42.17 
 
 
270 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.503674  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0212  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
292 aa  185  5e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.000142566  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.03 
 
 
299 aa  185  6e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
373 aa  185  7e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.9 
 
 
301 aa  183  3e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
287 aa  182  6e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.6 
 
 
299 aa  181  1e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7616  nickel transporter permease NikC  41.09 
 
 
291 aa  180  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.54 
 
 
302 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0802  nickel transporter permease NikC  42.08 
 
 
290 aa  179  2.9999999999999997e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.42 
 
 
305 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  38.76 
 
 
300 aa  179  4e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0752  nickel transporter permease NikC  41.67 
 
 
290 aa  177  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.8 
 
 
292 aa  177  1e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.273251  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
270 aa  178  1e-43  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
284 aa  177  2e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
298 aa  176  3e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.84 
 
 
285 aa  176  5e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.32 
 
 
288 aa  176  5e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.64 
 
 
300 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1516  peptide ABC transporter, permease protein  40.74 
 
 
255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1977  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.6 
 
 
292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  42.64 
 
 
300 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2275  nickel transporter permease NikC  44.03 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0126063  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
310 aa  173  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  40.7 
 
 
301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.35 
 
 
287 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  43.02 
 
 
300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.37 
 
 
299 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  38.37 
 
 
299 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  38.37 
 
 
299 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 
302 aa  172  3.9999999999999995e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.37 
 
 
299 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  38.37 
 
 
299 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
300 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.04 
 
 
292 aa  172  5.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.43 
 
 
299 aa  171  7.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
296 aa  171  7.999999999999999e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6074  nickel transporter permease NikC  41.63 
 
 
283 aa  171  9e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 
300 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.296986 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.3 
 
 
304 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.31 
 
 
300 aa  171  1e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
280 aa  170  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.320846  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0643  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.55 
 
 
292 aa  170  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1836  nickel transporter permease NikC  40.47 
 
 
277 aa  169  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00660391 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
296 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0788732  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.67 
 
 
294 aa  169  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.56 
 
 
277 aa  169  5e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3843  nickel transporter permease NikC  43.1 
 
 
277 aa  168  7e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
301 aa  168  8e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
310 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  38.43 
 
 
304 aa  167  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 
300 aa  167  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0275  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.74 
 
 
283 aa  167  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.609618  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
307 aa  167  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 
295 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00302437  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
330 aa  167  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.540099 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03327  nickel transporter subunit  42.68 
 
 
277 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0237  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  42.68 
 
 
277 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
305 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2574  peptide ABC transporter, permease protein  42.58 
 
 
302 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.339829  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
300 aa  167  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0470  nickel ABC transporter, permease protein  37.97 
 
 
290 aa  167  2e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03280  hypothetical protein  42.68 
 
 
277 aa  167  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3762  nickel transporter permease NikC  42.68 
 
 
277 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4818  nickel transporter permease NikC  42.68 
 
 
277 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
319 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0238  nickel transporter permease NikC  42.68 
 
 
277 aa  167  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3962  nickel transporter permease NikC  42.68 
 
 
277 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3677  nickel transporter permease NikC  42.68 
 
 
277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.15 
 
 
300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.397277  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
307 aa  166  4e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.74 
 
 
304 aa  166  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0652465  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.69 
 
 
302 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.171582  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1010  peptide ABC transporter, permease protein  39.15 
 
 
286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04500  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  37.7 
 
 
278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.688401  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.54 
 
 
312 aa  164  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5291  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.91 
 
 
282 aa  164  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7518  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  34.11 
 
 
295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1584  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.75 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.731145  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.39 
 
 
303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
278 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1323  nickel transporter permease NikC  36.05 
 
 
277 aa  162  4.0000000000000004e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00536272  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
308 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
310 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.304956  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00097283 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.54 
 
 
308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2265  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.27 
 
 
302 aa  162  7e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0825509  normal  0.518355 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  39.69 
 
 
276 aa  162  7e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>