More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1620 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_1620  ribosomal protein L22  100 
 
 
119 aa  240  3.9999999999999997e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0607  ribosomal protein L22  72.57 
 
 
120 aa  163  5.9999999999999996e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.886368  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5782  ribosomal protein L22  68.75 
 
 
130 aa  161  4.0000000000000004e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.224153 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4348  ribosomal protein L22  64.86 
 
 
124 aa  154  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000469697  normal  0.116233 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05740  50S ribosomal protein L22  66.67 
 
 
135 aa  152  1e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.244087  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1152  50S ribosomal protein L22  64.86 
 
 
136 aa  147  3e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000795738  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3157  50S ribosomal protein L22P  64.15 
 
 
182 aa  147  4e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0392  50S ribosomal protein L22  65.45 
 
 
137 aa  143  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1933  50S ribosomal protein L22  61.47 
 
 
116 aa  134  5e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1846  50S ribosomal protein L22  54.95 
 
 
119 aa  110  5e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.38308  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2291  50S ribosomal protein L22  51.79 
 
 
117 aa  109  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  normal  0.0100692 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2224  50S ribosomal protein L22  54.05 
 
 
118 aa  105  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000069218  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0186  50S ribosomal protein L22  53.15 
 
 
119 aa  105  2e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000360961  normal  0.989516 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0294  50S ribosomal protein L22  53.15 
 
 
119 aa  105  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2059  50S ribosomal protein L22  53.15 
 
 
118 aa  105  3e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000104467  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2418  50S ribosomal protein L22  47.75 
 
 
119 aa  99  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000103689  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00735  50S ribosomal protein L22  49.56 
 
 
110 aa  94.7  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00450  50S ribosomal protein L22  48.18 
 
 
110 aa  94.4  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00735993  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3754  50S ribosomal protein L22  47.79 
 
 
110 aa  93.6  9e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000037277  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0236  50S ribosomal protein L22  47.79 
 
 
110 aa  93.6  9e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4051  50S ribosomal protein L22  47.79 
 
 
110 aa  93.6  9e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000608091  unclonable  0.00000000000572517 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4165  50S ribosomal protein L22  47.79 
 
 
110 aa  93.6  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000708825  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0204  50S ribosomal protein L22  47.79 
 
 
110 aa  93.6  9e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000274538  unclonable  0.0000000000170547 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0199  50S ribosomal protein L22  47.79 
 
 
110 aa  93.6  9e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0119828  hitchhiker  0.00165359 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0201  50S ribosomal protein L22  47.79 
 
 
110 aa  93.6  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000591248  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0204  50S ribosomal protein L22  47.79 
 
 
110 aa  93.6  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013887  hitchhiker  0.0000000012298 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0205  50S ribosomal protein L22  47.79 
 
 
110 aa  93.6  9e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000176221  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001737  LSU ribosomal protein L22p (L17e)  48.67 
 
 
110 aa  93.2  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000377263  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0175  50S ribosomal protein L22  47.79 
 
 
110 aa  92.8  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0474  50S ribosomal protein L22  47.27 
 
 
110 aa  93.2  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000332367  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0153  50S ribosomal protein L22  47.79 
 
 
110 aa  93.2  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202891  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0325  50S ribosomal protein L22  47.79 
 
 
110 aa  92.4  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0199306  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0410  50S ribosomal protein L22P  49.09 
 
 
109 aa  91.7  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000110454  normal  0.134806 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0163  50S ribosomal protein L22  47.79 
 
 
110 aa  91.7  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000850597  decreased coverage  0.0000466099 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0311  50S ribosomal protein L22P  42.61 
 
 
281 aa  92  3e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0022086 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0218  50S ribosomal protein L22  46.9 
 
 
110 aa  92  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000966371  unclonable  0.00000708625 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0631  ribosomal protein L22  48.18 
 
 
110 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000531978  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4543  50S ribosomal protein L22  48.18 
 
 
110 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0965  50S ribosomal protein L22  46.36 
 
 
110 aa  91.3  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00314246  hitchhiker  0.00000114714 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0463  50S ribosomal protein L22  47.27 
 
 
111 aa  90.9  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0459  50S ribosomal protein L22  47.27 
 
 
110 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.292472  unclonable  0.00000017309 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0489  50S ribosomal protein L22  47.27 
 
 
110 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.144624  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5074  50S ribosomal protein L22  47.27 
 
 
110 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000267076  normal  0.274237 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3904  50S ribosomal protein L22  47.27 
 
 
110 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.321312  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0492  50S ribosomal protein L22  47.27 
 
 
110 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379964  normal  0.101974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0842  50S ribosomal protein L22  47.27 
 
 
110 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.271548  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08900  50S ribosomal protein L22  47.27 
 
 
110 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0235931 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4744  50S ribosomal protein L22  47.27 
 
 
110 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00307262  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03166  50S ribosomal protein L22  45.13 
 
 
110 aa  90.5  8e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0020187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0398  ribosomal protein L22  45.13 
 
 
110 aa  90.5  8e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000320162  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0938  50S ribosomal protein L22  45.05 
 
 
111 aa  90.5  8e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000140309  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3802  50S ribosomal protein L22  45.13 
 
 
110 aa  90.5  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0244265  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3509  50S ribosomal protein L22  45.13 
 
 
110 aa  90.5  8e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131038  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3610  50S ribosomal protein L22  45.13 
 
 
110 aa  90.5  8e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000037432  hitchhiker  0.00902859 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3739  50S ribosomal protein L22  45.13 
 
 
110 aa  90.5  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.334388  normal  0.0231342 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4638  50S ribosomal protein L22  45.13 
 
 
110 aa  90.5  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0328992  normal  0.0807063 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3700  50S ribosomal protein L22  45.13 
 
 
110 aa  90.5  8e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000326609  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3323  50S ribosomal protein L22  45.05 
 
 
111 aa  90.5  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000376786 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03117  hypothetical protein  45.13 
 
 
110 aa  90.5  8e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00216887  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0398  50S ribosomal protein L22  45.13 
 
 
110 aa  90.5  8e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000614919  hitchhiker  0.000253189 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3631  50S ribosomal protein L22  45.13 
 
 
110 aa  90.5  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000221962  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3798  50S ribosomal protein L22  45.13 
 
 
110 aa  90.5  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000622145  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3704  50S ribosomal protein L22  45.13 
 
 
110 aa  90.5  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000889443  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3631  50S ribosomal protein L22  45.13 
 
 
110 aa  90.5  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.026549  normal  0.464818 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2169  50S ribosomal protein L22  46.9 
 
 
110 aa  90.1  9e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000951613  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23760  LSU ribosomal protein L22P  44.64 
 
 
117 aa  90.1  9e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.821125  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0189  50S ribosomal protein L22  46.9 
 
 
110 aa  89.4  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000913672  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4312  50S ribosomal protein L22  46.9 
 
 
110 aa  89.4  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000184145  unclonable  0.0000000000444445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4685  50S ribosomal protein L22  46.9 
 
 
110 aa  89.4  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000490323  unclonable  0.0000000156346 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2367  ribosomal protein L22  45.45 
 
 
110 aa  88.2  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.414165  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3753  ribosomal protein L22  47.47 
 
 
136 aa  88.6  3e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.453861  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0502  50S ribosomal protein L22  46.36 
 
 
111 aa  88.6  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.195927  hitchhiker  0.000000000290326 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0332  50S ribosomal protein L22  46.36 
 
 
111 aa  88.6  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.328707  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3746  50S ribosomal protein L22  44.25 
 
 
110 aa  88.2  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000646625  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3519  ribosomal protein L22  45.13 
 
 
111 aa  88.2  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000743779  hitchhiker  0.00000086131 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0724  50S ribosomal protein L22  47.27 
 
 
110 aa  88.2  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000976773  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0064  50S ribosomal protein L22  45.13 
 
 
110 aa  88.2  4e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121293  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0410  50S ribosomal protein L22  44.25 
 
 
110 aa  87.4  6e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00607313  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0499  50S ribosomal protein L22  43.64 
 
 
113 aa  87  7e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00322381  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2627  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00739317  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17110  50S ribosomal protein L22  42.61 
 
 
121 aa  86.3  1e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0887543  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3483  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000103431  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3771  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3741  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000060357  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0328  50S ribosomal protein L22  44.25 
 
 
110 aa  86.7  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000986458  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3452  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000048605  decreased coverage  0.00396929 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3799  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638479  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2835  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000576673  normal  0.189741 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1929  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000352349  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3063  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000747087  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2754  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000226308  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1495  hypothetical protein  57.35 
 
 
94 aa  86.3  1e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.307321 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0272  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00175067  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0281  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000617614  normal  0.0696934 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3164  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000561791  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0254  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00176884  normal  0.017957 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0332  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000268169  normal  0.0341922 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0353  50S ribosomal protein L22  46.94 
 
 
109 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000911683  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6044  50S ribosomal protein L22  42.45 
 
 
140 aa  86.3  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.797605  normal  0.219528 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04516  50S ribosomal protein L22  44.64 
 
 
111 aa  85.9  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00000201226  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>