More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0938 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3323  50S ribosomal protein L22  100 
 
 
111 aa  220  6e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000376786 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0938  50S ribosomal protein L22  100 
 
 
111 aa  220  6e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000140309  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1072  50S ribosomal protein L22  87.39 
 
 
111 aa  197  3.9999999999999996e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000186157  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0685  50S ribosomal protein L22  84.68 
 
 
111 aa  190  7e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.735331  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0631  50S ribosomal protein L22  84.55 
 
 
110 aa  188  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000316767  hitchhiker  0.0000000013248 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2852  50S ribosomal protein L22  81.98 
 
 
111 aa  182  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.314759  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1351  50S ribosomal protein L22  81.08 
 
 
113 aa  181  3e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.622659  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0706  50S ribosomal protein L22  70.91 
 
 
110 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000543227  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2706  ribosomal protein L22  59.41 
 
 
118 aa  126  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0196461  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1560  ribosomal protein L22  58.18 
 
 
110 aa  124  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.671944  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3019  50S ribosomal protein L22  53.64 
 
 
113 aa  123  8.000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0177222  hitchhiker  0.00747036 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0110  50S ribosomal protein L22  52.25 
 
 
113 aa  122  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000193561  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0427  50S ribosomal protein L22  58.82 
 
 
114 aa  122  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.005659  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0109  50S ribosomal protein L22  53.15 
 
 
113 aa  121  3e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000370436  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0116  50S ribosomal protein L22  53.15 
 
 
113 aa  121  4e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000205775  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0115  50S ribosomal protein L22  52.25 
 
 
113 aa  120  5e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000818335  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5190  50S ribosomal protein L22  52.25 
 
 
113 aa  120  5e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000302093  unclonable  1.1617299999999999e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0136  50S ribosomal protein L22  52.25 
 
 
113 aa  120  5e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000009071  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0146  50S ribosomal protein L22  52.25 
 
 
113 aa  120  5e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000364158  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0115  50S ribosomal protein L22  52.25 
 
 
113 aa  120  7e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000000621136  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0111  50S ribosomal protein L22  52.25 
 
 
113 aa  120  7e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.44613e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0109  50S ribosomal protein L22  52.25 
 
 
113 aa  120  7e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108329  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0127  50S ribosomal protein L22  52.25 
 
 
113 aa  120  7e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.10741e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0115  50S ribosomal protein L22  52.25 
 
 
113 aa  120  7e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000016654  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0463  50S ribosomal protein L22  55.86 
 
 
111 aa  119  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0410  50S ribosomal protein L22P  55.05 
 
 
109 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000110454  normal  0.134806 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3790  50S ribosomal protein L22  53.7 
 
 
109 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.538147  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0112  50S ribosomal protein L22  52.25 
 
 
113 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1740  50S ribosomal protein L22  50 
 
 
120 aa  118  3e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000076776  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0332  50S ribosomal protein L22  56.88 
 
 
111 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.328707  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0502  50S ribosomal protein L22  56.88 
 
 
111 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.195927  hitchhiker  0.000000000290326 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0853  50S ribosomal protein L22  54.13 
 
 
110 aa  117  6e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0324  50S ribosomal protein L22  53.21 
 
 
109 aa  117  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000207674  unclonable  0.0000000386727 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0284  50S ribosomal protein L22P  54.63 
 
 
109 aa  117  7e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000221006  hitchhiker  0.00000160224 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0220  50S ribosomal protein L22  51.35 
 
 
113 aa  116  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000894126  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4000  ribosomal protein L22  48.65 
 
 
114 aa  116  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.248751  normal  0.644151 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0208  50S ribosomal protein L22  51.38 
 
 
109 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.813634 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3333  50S ribosomal protein L22  54.13 
 
 
109 aa  115  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000899002  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0261  50S ribosomal protein L22  51.38 
 
 
109 aa  115  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353519  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001737  LSU ribosomal protein L22p (L17e)  51.82 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000377263  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2169  50S ribosomal protein L22  51.82 
 
 
110 aa  114  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000951613  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0713  50S ribosomal protein L22  54.13 
 
 
114 aa  114  5e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.41885  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4908  50S ribosomal protein L22  51.85 
 
 
110 aa  114  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00527898  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0691  50S ribosomal protein L22  52.25 
 
 
111 aa  114  5e-25  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0665  50S ribosomal protein L22  54.13 
 
 
112 aa  114  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000646537  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00735  50S ribosomal protein L22  51.82 
 
 
110 aa  114  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2252  50S ribosomal protein L22  51.38 
 
 
110 aa  113  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000407093  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0328  ribosomal protein L22  51.82 
 
 
110 aa  113  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000246157  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3990  ribosomal protein L22  54.55 
 
 
111 aa  113  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2367  ribosomal protein L22  50.46 
 
 
110 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.414165  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl128  50S ribosomal protein L22  50.45 
 
 
112 aa  112  2.0000000000000002e-24  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0199  LSU ribosomal protein L22P  49.55 
 
 
113 aa  112  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.019088  normal  0.0505621 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0459  50S ribosomal protein L22  52.73 
 
 
110 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.292472  unclonable  0.00000017309 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01220  50S ribosomal protein L22  49.55 
 
 
113 aa  111  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.860809  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0631  ribosomal protein L22  52.73 
 
 
110 aa  111  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000531978  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4744  50S ribosomal protein L22  52.73 
 
 
110 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00307262  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4543  50S ribosomal protein L22  52.73 
 
 
110 aa  111  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0492  50S ribosomal protein L22  52.73 
 
 
110 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379964  normal  0.101974 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0396  50S ribosomal protein L22  51.85 
 
 
110 aa  111  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127277  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5074  50S ribosomal protein L22  52.73 
 
 
110 aa  111  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000267076  normal  0.274237 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0489  50S ribosomal protein L22  52.73 
 
 
110 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.144624  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0842  50S ribosomal protein L22  52.73 
 
 
110 aa  111  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.271548  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08900  50S ribosomal protein L22  52.73 
 
 
110 aa  111  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0235931 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3904  50S ribosomal protein L22  52.73 
 
 
110 aa  111  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.321312  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0278  50S ribosomal protein L22  51.85 
 
 
110 aa  111  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000221051  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0283  50S ribosomal protein L22  51.85 
 
 
110 aa  111  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0463938  hitchhiker  0.0000000066238 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04516  50S ribosomal protein L22  52.25 
 
 
111 aa  110  5e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00000201226  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1916  50S ribosomal protein L22  57.69 
 
 
144 aa  110  5e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.58558 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0965  50S ribosomal protein L22  52.73 
 
 
110 aa  110  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00314246  hitchhiker  0.00000114714 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0084  50S ribosomal protein L22  53.21 
 
 
112 aa  110  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.100288 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0872  50S ribosomal protein L22  48.65 
 
 
111 aa  110  6e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000233531  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0343  50S ribosomal protein L22  50 
 
 
110 aa  110  7.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.056681  decreased coverage  0.000263918 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0761  50S ribosomal protein L22  52.25 
 
 
111 aa  109  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000305048  decreased coverage  0.00987219 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0291  ribosomal protein L22  48.65 
 
 
113 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00562751  normal  0.0409902 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0724  50S ribosomal protein L22  53.64 
 
 
110 aa  109  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000976773  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2455  50S ribosomal protein L22P  48.65 
 
 
112 aa  109  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.082512 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2945  50S ribosomal protein L22  49.07 
 
 
109 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396583  decreased coverage  0.000000112482 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3292  50S ribosomal protein L22  49.07 
 
 
109 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000257893  hitchhiker  0.00000196654 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2060  ribosomal protein L22  49.54 
 
 
110 aa  108  3e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000300396  normal  0.138584 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4539  50S ribosomal protein L22  50 
 
 
110 aa  108  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175116  hitchhiker  0.00188816 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3174  50S ribosomal protein L22  50.93 
 
 
109 aa  108  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00426002  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3910  50S ribosomal protein L22  50 
 
 
110 aa  108  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000355521  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0589  50S ribosomal protein L22  50 
 
 
110 aa  108  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118161  normal  0.432956 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0288  50S ribosomal protein L22  50 
 
 
110 aa  108  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000016922  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2769  ribosomal protein L22  48.62 
 
 
110 aa  108  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000988714  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0286  50S ribosomal protein L22  49.56 
 
 
116 aa  107  4.0000000000000004e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0125661  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5782  ribosomal protein L22  50.45 
 
 
130 aa  107  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.224153 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0426  50S ribosomal protein L22P  55.45 
 
 
110 aa  108  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0842932  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3312  50S ribosomal protein L22  50.93 
 
 
109 aa  108  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000860749  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00450  50S ribosomal protein L22  49.54 
 
 
110 aa  107  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00735993  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1280  ribosomal protein L22  53.33 
 
 
110 aa  107  4.0000000000000004e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2023  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
146 aa  107  5e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.734149  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1941  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
146 aa  107  5e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1938  50S ribosomal protein L22  54.37 
 
 
146 aa  107  5e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0064  50S ribosomal protein L22  50.91 
 
 
110 aa  107  5e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121293  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23760  LSU ribosomal protein L22P  51.33 
 
 
117 aa  107  5e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.821125  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0325  50S ribosomal protein L22  48.18 
 
 
110 aa  107  6e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0199306  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0296  50S ribosomal protein L22  49.06 
 
 
117 aa  107  6e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  unclonable  1.09394e-28 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3994  ribosomal protein L22  48.62 
 
 
109 aa  107  6e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000855576 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2319  ribosomal protein L22  49.54 
 
 
115 aa  107  7.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000611506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>