More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0218 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0218  50S ribosomal protein L22  100 
 
 
110 aa  217  3e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000966371  unclonable  0.00000708625 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0163  50S ribosomal protein L22  95.45 
 
 
110 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000850597  decreased coverage  0.0000466099 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0205  50S ribosomal protein L22  93.64 
 
 
110 aa  207  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000176221  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0236  50S ribosomal protein L22  93.64 
 
 
110 aa  207  5e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4051  50S ribosomal protein L22  93.64 
 
 
110 aa  207  5e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000608091  unclonable  0.00000000000572517 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4165  50S ribosomal protein L22  93.64 
 
 
110 aa  207  5e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000708825  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0201  50S ribosomal protein L22  93.64 
 
 
110 aa  207  5e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000591248  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0204  50S ribosomal protein L22  93.64 
 
 
110 aa  207  5e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000274538  unclonable  0.0000000000170547 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0199  50S ribosomal protein L22  93.64 
 
 
110 aa  207  5e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0119828  hitchhiker  0.00165359 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3754  50S ribosomal protein L22  93.64 
 
 
110 aa  207  5e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000037277  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0204  50S ribosomal protein L22  93.64 
 
 
110 aa  207  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013887  hitchhiker  0.0000000012298 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4685  50S ribosomal protein L22  90.91 
 
 
110 aa  205  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000490323  unclonable  0.0000000156346 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4312  50S ribosomal protein L22  90.91 
 
 
110 aa  205  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000184145  unclonable  0.0000000000444445 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0189  50S ribosomal protein L22  90.91 
 
 
110 aa  205  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000913672  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0153  50S ribosomal protein L22  91.82 
 
 
110 aa  204  3e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202891  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0175  50S ribosomal protein L22  90.91 
 
 
110 aa  203  6e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3519  ribosomal protein L22  82.73 
 
 
111 aa  189  9e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000743779  hitchhiker  0.00000086131 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0064  50S ribosomal protein L22  81.82 
 
 
110 aa  187  5e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121293  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00735  50S ribosomal protein L22  83.64 
 
 
110 aa  186  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0325  50S ribosomal protein L22  81.82 
 
 
110 aa  185  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0199306  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00450  50S ribosomal protein L22  83.49 
 
 
110 aa  185  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00735993  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001737  LSU ribosomal protein L22p (L17e)  82.73 
 
 
110 aa  184  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000377263  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2169  50S ribosomal protein L22  81.82 
 
 
110 aa  184  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000951613  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03166  50S ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  179  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0020187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0398  ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  179  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000320162  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3802  50S ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  179  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0244265  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3610  50S ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  179  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000037432  hitchhiker  0.00902859 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3739  50S ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  179  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.334388  normal  0.0231342 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3700  50S ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  179  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000326609  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3509  50S ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  179  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131038  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3631  50S ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  179  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.026549  normal  0.464818 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3704  50S ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  179  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000889443  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4638  50S ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  179  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0328992  normal  0.0807063 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03117  hypothetical protein  79.09 
 
 
110 aa  179  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00216887  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3798  50S ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  179  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000622145  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3746  50S ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  179  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000646625  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3631  50S ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  179  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000221962  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0398  50S ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  179  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000614919  hitchhiker  0.000253189 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0328  50S ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  178  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000986458  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0410  50S ribosomal protein L22  79.09 
 
 
110 aa  178  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00607313  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0474  50S ribosomal protein L22  79.82 
 
 
110 aa  177  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000332367  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0589  50S ribosomal protein L22  78.18 
 
 
110 aa  177  5.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118161  normal  0.432956 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0288  50S ribosomal protein L22  78.18 
 
 
110 aa  177  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000016922  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3910  50S ribosomal protein L22  78.18 
 
 
110 aa  177  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000355521  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3817  50S ribosomal protein L22  78.18 
 
 
110 aa  176  8e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000551944  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3996  50S ribosomal protein L22  78.18 
 
 
110 aa  176  8e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000093676  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4539  50S ribosomal protein L22  77.27 
 
 
110 aa  174  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175116  hitchhiker  0.00188816 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0868  ribosomal protein L22  77.98 
 
 
110 aa  173  7e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0463  50S ribosomal protein L22  73.64 
 
 
111 aa  171  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2367  ribosomal protein L22  74.31 
 
 
110 aa  168  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.414165  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0333  ribosomal protein L22  74.55 
 
 
110 aa  169  2e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.388416  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0853  50S ribosomal protein L22  71.56 
 
 
110 aa  167  4e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2319  ribosomal protein L22  68.81 
 
 
115 aa  166  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000611506  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0965  50S ribosomal protein L22  70.91 
 
 
110 aa  158  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00314246  hitchhiker  0.00000114714 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0724  50S ribosomal protein L22  70.91 
 
 
110 aa  158  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000976773  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0459  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  155  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.292472  unclonable  0.00000017309 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0489  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  155  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.144624  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0631  ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  155  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000531978  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4543  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  155  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4744  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  155  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00307262  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0492  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  155  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379964  normal  0.101974 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5074  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  155  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000267076  normal  0.274237 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0842  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  155  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.271548  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3904  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  155  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.321312  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08900  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  155  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0235931 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4271  ribosomal protein L22  71.3 
 
 
110 aa  155  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000256  unclonable  0.00000000000290702 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1849  50S ribosomal protein L22  66.97 
 
 
115 aa  150  4e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000192046  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0342  50S ribosomal protein L22  66.97 
 
 
115 aa  150  4e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000162922  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3174  50S ribosomal protein L22  66.97 
 
 
109 aa  150  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00426002  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0761  50S ribosomal protein L22  68.52 
 
 
111 aa  149  8.999999999999999e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000305048  decreased coverage  0.00987219 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3014  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  149  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000615248  decreased coverage  0.00191029 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2164  ribosomal protein L22  66.36 
 
 
112 aa  149  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0238888  normal  0.135391 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3741  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000060357  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0254  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00176884  normal  0.017957 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2835  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000576673  normal  0.189741 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2627  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00739317  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3483  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000103431  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3771  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0281  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000617614  normal  0.0696934 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3452  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000048605  decreased coverage  0.00396929 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3639  50S ribosomal protein L22  67.89 
 
 
110 aa  149  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000767694  hitchhiker  0.0000000000152117 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3063  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000747087  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3799  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638479  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3164  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000561791  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0319  50S ribosomal protein L22  67.89 
 
 
109 aa  149  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000843576  decreased coverage  0.00242293 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3312  50S ribosomal protein L22  66.97 
 
 
109 aa  149  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000860749  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2754  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000226308  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1929  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000352349  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0272  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00175067  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0353  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000911683  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0058  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  149  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000680937  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0332  50S ribosomal protein L22  68.81 
 
 
109 aa  148  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000268169  normal  0.0341922 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0055  50S ribosomal protein L22  64.22 
 
 
111 aa  147  4e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000185707  hitchhiker  6.04207e-20 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0300  ribosomal protein L22  65.45 
 
 
110 aa  147  6e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00141002  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2945  50S ribosomal protein L22  64.22 
 
 
109 aa  147  6e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396583  decreased coverage  0.000000112482 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3292  50S ribosomal protein L22  64.22 
 
 
109 aa  147  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000257893  hitchhiker  0.00000196654 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0328  ribosomal protein L22  65.45 
 
 
110 aa  146  7e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000246157  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04516  50S ribosomal protein L22  65.74 
 
 
111 aa  145  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00000201226  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0772  ribosomal protein L22  60.91 
 
 
115 aa  144  5e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0420654  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0431  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  143  8.000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000491035  decreased coverage  0.00000564548 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>