More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0459 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0459  50S ribosomal protein L22  100 
 
 
110 aa  216  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.292472  unclonable  0.00000017309 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4744  50S ribosomal protein L22  100 
 
 
110 aa  216  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00307262  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3904  50S ribosomal protein L22  100 
 
 
110 aa  216  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.321312  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0489  50S ribosomal protein L22  100 
 
 
110 aa  216  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.144624  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5074  50S ribosomal protein L22  100 
 
 
110 aa  216  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000267076  normal  0.274237 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0492  50S ribosomal protein L22  100 
 
 
110 aa  216  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379964  normal  0.101974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0842  50S ribosomal protein L22  100 
 
 
110 aa  216  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.271548  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08900  50S ribosomal protein L22  100 
 
 
110 aa  216  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0235931 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0631  ribosomal protein L22  99.09 
 
 
110 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000531978  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4543  50S ribosomal protein L22  99.09 
 
 
110 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0620392 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06300  50S ribosomal protein L22  97.83 
 
 
92 aa  181  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.504619  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0965  50S ribosomal protein L22  80 
 
 
110 aa  177  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00314246  hitchhiker  0.00000114714 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4271  ribosomal protein L22  79.63 
 
 
110 aa  174  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000256  unclonable  0.00000000000290702 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0724  50S ribosomal protein L22  77.27 
 
 
110 aa  169  9e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000976773  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2169  50S ribosomal protein L22  74.55 
 
 
110 aa  164  2.9999999999999998e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000951613  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001737  LSU ribosomal protein L22p (L17e)  71.82 
 
 
110 aa  159  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000377263  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00735  50S ribosomal protein L22  71.82 
 
 
110 aa  158  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0064  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  157  3e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121293  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0431  50S ribosomal protein L22  69.72 
 
 
109 aa  157  4e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000491035  decreased coverage  0.00000564548 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0153  50S ribosomal protein L22  71.82 
 
 
110 aa  157  6e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202891  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03166  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  156  8e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0020187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0398  ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  156  8e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000320162  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3610  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  156  8e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000037432  hitchhiker  0.00902859 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3798  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  156  8e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000622145  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4638  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  156  8e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0328992  normal  0.0807063 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3631  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  156  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.026549  normal  0.464818 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3700  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  156  8e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000326609  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3802  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  156  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0244265  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3739  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  156  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.334388  normal  0.0231342 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03117  hypothetical protein  69.09 
 
 
110 aa  156  8e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00216887  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0398  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  156  8e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000614919  hitchhiker  0.000253189 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3704  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  156  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000889443  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3509  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  156  8e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131038  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3631  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  156  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000221962  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1849  50S ribosomal protein L22  71.56 
 
 
115 aa  156  9e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000192046  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0342  50S ribosomal protein L22  71.56 
 
 
115 aa  156  9e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000162922  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0236  50S ribosomal protein L22  70.91 
 
 
110 aa  156  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0325  50S ribosomal protein L22  70.91 
 
 
110 aa  155  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0199306  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0410  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  155  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00607313  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0205  50S ribosomal protein L22  70.91 
 
 
110 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000176221  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0201  50S ribosomal protein L22  70.91 
 
 
110 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000591248  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3754  50S ribosomal protein L22  70.91 
 
 
110 aa  156  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000037277  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4165  50S ribosomal protein L22  70.91 
 
 
110 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000708825  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0175  50S ribosomal protein L22  70.91 
 
 
110 aa  156  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0204  50S ribosomal protein L22  70.91 
 
 
110 aa  156  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000274538  unclonable  0.0000000000170547 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0199  50S ribosomal protein L22  70.91 
 
 
110 aa  156  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0119828  hitchhiker  0.00165359 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4051  50S ribosomal protein L22  70.91 
 
 
110 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000608091  unclonable  0.00000000000572517 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0204  50S ribosomal protein L22  70.91 
 
 
110 aa  156  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013887  hitchhiker  0.0000000012298 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4539  50S ribosomal protein L22  70 
 
 
110 aa  155  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175116  hitchhiker  0.00188816 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0218  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  155  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000966371  unclonable  0.00000708625 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0328  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  155  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000986458  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0288  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  154  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000016922  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0589  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  154  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118161  normal  0.432956 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3910  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  154  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000355521  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3817  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  154  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000551944  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3746  50S ribosomal protein L22  68.18 
 
 
110 aa  154  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000646625  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3996  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  154  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000093676  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0163  50S ribosomal protein L22  69.09 
 
 
110 aa  153  8e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000850597  decreased coverage  0.0000466099 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0474  50S ribosomal protein L22  71.56 
 
 
110 aa  153  9e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000332367  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0853  50S ribosomal protein L22  66.97 
 
 
110 aa  150  5e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0494  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  150  7e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000320971  hitchhiker  0.00360456 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0489  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  150  7e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000394007  normal  0.0259366 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0410  50S ribosomal protein L22P  67.89 
 
 
109 aa  150  8e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000110454  normal  0.134806 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0284  50S ribosomal protein L22P  65.14 
 
 
109 aa  149  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000221006  hitchhiker  0.00000160224 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00450  50S ribosomal protein L22  70.64 
 
 
110 aa  149  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00735993  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4685  50S ribosomal protein L22  65.45 
 
 
110 aa  149  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000490323  unclonable  0.0000000156346 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4312  50S ribosomal protein L22  65.45 
 
 
110 aa  149  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000184145  unclonable  0.0000000000444445 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0426  50S ribosomal protein L22P  71.82 
 
 
110 aa  148  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0842932  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0189  50S ribosomal protein L22  65.45 
 
 
110 aa  149  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000913672  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3519  ribosomal protein L22  66.36 
 
 
111 aa  149  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000743779  hitchhiker  0.00000086131 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0463  50S ribosomal protein L22  65.45 
 
 
111 aa  146  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2367  ribosomal protein L22  66.97 
 
 
110 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.414165  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0868  ribosomal protein L22  66.06 
 
 
110 aa  145  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0399  50S ribosomal protein L22  64.55 
 
 
111 aa  144  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0374  50S ribosomal protein L22  64.55 
 
 
111 aa  144  3e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0772  ribosomal protein L22  65.45 
 
 
115 aa  144  5e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0420654  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3312  50S ribosomal protein L22  66.06 
 
 
109 aa  144  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000860749  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3174  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  142  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00426002  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3014  50S ribosomal protein L22  64.22 
 
 
109 aa  142  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000615248  decreased coverage  0.00191029 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0324  50S ribosomal protein L22  61.47 
 
 
109 aa  142  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000207674  unclonable  0.0000000386727 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0278  50S ribosomal protein L22  64.81 
 
 
110 aa  142  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000221051  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2319  ribosomal protein L22  66.06 
 
 
115 aa  142  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000611506  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0283  50S ribosomal protein L22  64.81 
 
 
110 aa  142  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0463938  hitchhiker  0.0000000066238 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2945  50S ribosomal protein L22  63.3 
 
 
109 aa  140  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396583  decreased coverage  0.000000112482 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0319  50S ribosomal protein L22  64.22 
 
 
109 aa  141  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000843576  decreased coverage  0.00242293 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3292  50S ribosomal protein L22  63.3 
 
 
109 aa  140  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000257893  hitchhiker  0.00000196654 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3639  50S ribosomal protein L22  64.22 
 
 
110 aa  141  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000767694  hitchhiker  0.0000000000152117 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0333  ribosomal protein L22  62.73 
 
 
110 aa  140  6e-33  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.388416  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2627  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  140  7e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00739317  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3771  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  140  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0332  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  140  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000268169  normal  0.0341922 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3063  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  140  7e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000747087  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3799  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  140  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638479  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3741  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  140  7e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000060357  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0058  50S ribosomal protein L22  64.22 
 
 
109 aa  140  7e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000680937  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0272  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  140  7e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00175067  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3483  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  140  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000103431  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0353  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  140  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000911683  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3164  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  140  7e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000561791  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1929  50S ribosomal protein L22  65.14 
 
 
109 aa  140  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000352349  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>