104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_0390 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007514  Cag_0390  FAD-dependent thymidylate synthase  100 
 
 
222 aa  465  9.999999999999999e-131  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00258676  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2383  FAD-dependent thymidylate synthase  77.31 
 
 
216 aa  363  1e-99  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0366  FAD-dependent thymidylate synthase  74.42 
 
 
239 aa  343  1e-93  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0404  FAD-dependent thymidylate synthase  75.46 
 
 
217 aa  342  4e-93  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1838  FAD-dependent thymidylate synthase  71.89 
 
 
221 aa  335  2.9999999999999997e-91  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2038  FAD-dependent thymidylate synthase  70.78 
 
 
220 aa  335  3.9999999999999995e-91  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.81292  normal  0.670148 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2031  FAD-dependent thymidylate synthase  76.32 
 
 
191 aa  308  2.9999999999999997e-83  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.025295  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02681  FAD-dependent thymidylate synthase  52.88 
 
 
210 aa  219  1.9999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1609  FAD-dependent thymidylate synthase  52.63 
 
 
212 aa  217  1e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02661  FAD-dependent thymidylate synthase  54.73 
 
 
210 aa  217  1e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.314215  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03211  FAD-dependent thymidylate synthase  52.88 
 
 
212 aa  216  2e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02651  FAD-dependent thymidylate synthase  54.23 
 
 
210 aa  213  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0245  FAD-dependent thymidylate synthase  51.69 
 
 
210 aa  211  4.9999999999999996e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02761  FAD-dependent thymidylate synthase  51.23 
 
 
212 aa  204  9e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.990292  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03851  FAD-dependent thymidylate synthase  47.74 
 
 
210 aa  197  7.999999999999999e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.256114 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1336  FAD-dependent thymidylate synthase  28.27 
 
 
233 aa  86.3  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0062  FAD-dependent thymidylate synthase  32.95 
 
 
228 aa  85.5  6e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428445 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1909  FAD-dependent thymidylate synthase  28.21 
 
 
229 aa  82  0.000000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2027  thymidylate synthase (FAD)  32.94 
 
 
233 aa  81.3  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1229  FAD-dependent thymidylate synthase  31.09 
 
 
261 aa  81.6  0.00000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0471  FAD-dependent thymidylate synthase  29.59 
 
 
220 aa  77  0.0000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000151559  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0486  FAD-dependent thymidylate synthase  30.18 
 
 
220 aa  77  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000214395  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0311  FAD-dependent thymidylate synthase  32.92 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0369902  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0014  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.21 
 
 
313 aa  75.5  0.0000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0163  FAD-dependent thymidylate synthase  26.94 
 
 
292 aa  74.7  0.000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000550226  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4274  thymidylate synthase flavin-dependent  26.14 
 
 
250 aa  74.7  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.933149  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12767  FAD-dependent thymidylate synthase  24.62 
 
 
250 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20020  thymidylate synthase (FAD)  28.83 
 
 
226 aa  74.7  0.000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.886241 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0686  FAD-dependent thymidylate synthase  29.02 
 
 
293 aa  73.9  0.000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00461112  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2649  FAD-dependent thymidylate synthase  29.73 
 
 
245 aa  71.6  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000329367  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25280  FAD-dependent thymidylate synthase  26.7 
 
 
250 aa  70.9  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0348718  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1265  thymidylate synthase, flavin-dependent  30.15 
 
 
195 aa  71.2  0.00000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1198  FAD-dependent thymidylate synthase  26.94 
 
 
284 aa  70.9  0.00000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.197023  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2386  FAD-dependent thymidylate synthase  24 
 
 
250 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0115404 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4001  FAD-dependent thymidylate synthase  24.58 
 
 
250 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0999655 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0317  FAD-dependent thymidylate synthase  28.16 
 
 
253 aa  70.1  0.00000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3806  FAD-dependent thymidylate synthase  30.56 
 
 
229 aa  69.7  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2693  FAD-dependent thymidylate synthase  31.98 
 
 
228 aa  69.3  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000328347  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1489  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.47 
 
 
195 aa  68.6  0.00000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1279  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.47 
 
 
195 aa  68.6  0.00000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0802  thymidylate synthase, flavin-dependent  27.15 
 
 
218 aa  67.4  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000150033  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3711  FAD-dependent thymidylate synthase  30.09 
 
 
229 aa  66.6  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000128726  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1151  FAD-dependent thymidylate synthase  28.57 
 
 
316 aa  66.6  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.596587  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0045  FAD-dependent thymidylate synthase  31.18 
 
 
310 aa  66.2  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5811  FAD-dependent thymidylate synthase  26.15 
 
 
250 aa  66.2  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1388  FAD-dependent thymidylate synthase  26.67 
 
 
247 aa  65.9  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1027  FAD-dependent thymidylate synthase  28.12 
 
 
230 aa  65.5  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00194248  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3494  thymidylate synthase, flavin-dependent  25.26 
 
 
226 aa  65.5  0.0000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1504  FAD-dependent thymidylate synthase  27.08 
 
 
243 aa  65.1  0.0000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00118656  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7860  FAD-dependent thymidylate synthase  27.83 
 
 
235 aa  65.1  0.0000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0403758  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0523  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.36 
 
 
237 aa  64.7  0.000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2115  FAD-dependent thymidylate synthase  22.97 
 
 
254 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2161  FAD-dependent thymidylate synthase  22.97 
 
 
254 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.298336  normal  0.459496 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2102  FAD-dependent thymidylate synthase  22.97 
 
 
254 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.213601 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1346  FAD-dependent thymidylate synthase  26.63 
 
 
247 aa  63.9  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.2401  decreased coverage  0.0000413782 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0769  FAD-dependent thymidylate synthase  28.42 
 
 
325 aa  63.9  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2236  FAD-dependent thymidylate synthase  26.25 
 
 
233 aa  63.9  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000477574  normal  0.574533 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3547  FAD-dependent thymidylate synthase  24.34 
 
 
265 aa  62.8  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.583534  normal  0.337603 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1091  FAD-dependent thymidylate synthase  26.02 
 
 
318 aa  62  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0284091 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0768  FAD-dependent thymidylate synthase  26.53 
 
 
305 aa  61.6  0.000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.259768 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1744  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.16 
 
 
216 aa  61.2  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.246329  normal  0.887681 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2189  thymidylate synthase, flavin-dependent  22.02 
 
 
250 aa  61.6  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0173  thymidylate synthase, flavin-dependent  23.56 
 
 
230 aa  59.7  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000307587  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00980  thymidylate synthase, flavin-dependent  30.04 
 
 
228 aa  59.7  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221907  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1128  thymidylate synthase, flavin-dependent  25.91 
 
 
226 aa  60.1  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.307637  hitchhiker  0.000034032 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2482  thymidylate synthase complementing protein ThyX  25.41 
 
 
232 aa  59.7  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000421387  hitchhiker  0.00846096 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3106  FAD-dependent thymidylate synthase  26.61 
 
 
232 aa  59.3  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0934  FAD-dependent thymidylate synthase  25.82 
 
 
310 aa  58.5  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4063  FAD-dependent thymidylate synthase  27.78 
 
 
229 aa  58.2  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000544981  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2353  thymidylate synthase complementing protein ThyX  22.77 
 
 
233 aa  57.8  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.431052  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0819  thymidylate synthase, flavin-dependent  28.91 
 
 
231 aa  58.2  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000230738  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1195  FAD-dependent thymidylate synthase  25.27 
 
 
274 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.200813  normal  0.0356101 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09250  thymidylate synthase (FAD)  26.8 
 
 
226 aa  57.4  0.0000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0981097  normal  0.0643636 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0378  FAD-dependent thymidylate synthase  28.57 
 
 
231 aa  56.6  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000606523  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2044  FAD-dependent thymidylate synthase  26.83 
 
 
263 aa  56.6  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000390103  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0195  FAD-dependent thymidylate synthase  27.8 
 
 
246 aa  56.2  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00699129  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4942  FAD-dependent thymidylate synthase  26.74 
 
 
316 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.497472  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2890  thymidylate synthase, flavin-dependent  25.32 
 
 
249 aa  55.1  0.000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0404  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.85 
 
 
223 aa  54.3  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0128021  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0028  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.48 
 
 
281 aa  54.7  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2421  FAD-dependent thymidylate synthase  25.78 
 
 
245 aa  53.9  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0588955  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0404  thymidylate synthase, flavin-dependent  24.09 
 
 
279 aa  53.9  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0400  FAD-dependent thymidylate synthase  30.65 
 
 
234 aa  53.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000037909  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2735  FAD-dependent thymidylate synthase  25.78 
 
 
245 aa  53.5  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0772  thymidylate synthase, flavin-dependent  24.73 
 
 
258 aa  52.4  0.000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2792  FAD-dependent thymidylate synthase  23.22 
 
 
285 aa  52  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0508  thymidylate synthase complementing protein ThyX  27.14 
 
 
289 aa  50.8  0.00001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011784  BbuZS7_A66  FAD-dependent thymidylate synthase  24.73 
 
 
265 aa  51.2  0.00001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1882  thymidylate synthase, flavin-dependent  23.49 
 
 
217 aa  50.1  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0694605  normal  0.133921 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1297  thymidylate synthase, flavin-dependent  25.64 
 
 
260 aa  49.3  0.00004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0971681  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1139  thymidylate synthase (FAD)  28.25 
 
 
282 aa  47  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.421298  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1187  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.51 
 
 
273 aa  47.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.933104 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1148  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.79 
 
 
267 aa  47  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.606793 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1199  thymidylate synthase, flavin-dependent  28.25 
 
 
273 aa  47  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1268  thymidylate synthase, flavin-dependent  28.25 
 
 
273 aa  47  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908128  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0732  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.87 
 
 
266 aa  46.2  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3898  thymidylate synthase, flavin-dependent  23.03 
 
 
216 aa  46.2  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.262304 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0189  FAD-dependent thymidylate synthase  27.68 
 
 
245 aa  45.4  0.0006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.125611  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0880  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.87 
 
 
280 aa  45.4  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0990  FAD-dependent thymidylate synthase  23.11 
 
 
245 aa  45.1  0.0008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.329805  normal  0.245579 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>