112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1744 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_1744  thymidylate synthase, flavin-dependent  100 
 
 
216 aa  449  1e-125  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.246329  normal  0.887681 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3494  thymidylate synthase, flavin-dependent  58.29 
 
 
226 aa  271  7e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0173  thymidylate synthase, flavin-dependent  49.76 
 
 
230 aa  237  1e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000307587  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2482  thymidylate synthase complementing protein ThyX  57.59 
 
 
232 aa  227  1e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000421387  hitchhiker  0.00846096 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2353  thymidylate synthase complementing protein ThyX  50 
 
 
233 aa  226  3e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.431052  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1265  thymidylate synthase, flavin-dependent  41.08 
 
 
195 aa  126  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1489  thymidylate synthase, flavin-dependent  40.54 
 
 
195 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1279  thymidylate synthase, flavin-dependent  40.54 
 
 
195 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3711  FAD-dependent thymidylate synthase  36.24 
 
 
229 aa  125  5e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000128726  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3806  FAD-dependent thymidylate synthase  36.24 
 
 
229 aa  125  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3106  FAD-dependent thymidylate synthase  32.27 
 
 
232 aa  116  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2693  FAD-dependent thymidylate synthase  35.81 
 
 
228 aa  116  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000328347  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1027  FAD-dependent thymidylate synthase  35.08 
 
 
230 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00194248  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4063  FAD-dependent thymidylate synthase  33.33 
 
 
229 aa  112  6e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000544981  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0523  thymidylate synthase, flavin-dependent  32 
 
 
237 aa  110  1.0000000000000001e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0378  FAD-dependent thymidylate synthase  32.73 
 
 
231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000606523  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2649  FAD-dependent thymidylate synthase  36.96 
 
 
245 aa  109  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000329367  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20020  thymidylate synthase (FAD)  35.2 
 
 
226 aa  105  8e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.886241 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09250  thymidylate synthase (FAD)  33.17 
 
 
226 aa  103  1e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0981097  normal  0.0643636 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1128  thymidylate synthase, flavin-dependent  34.18 
 
 
226 aa  103  2e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.307637  hitchhiker  0.000034032 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4274  thymidylate synthase flavin-dependent  32.11 
 
 
250 aa  101  9e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.933149  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2633  thymidylate synthase (FAD)  35.1 
 
 
262 aa  99.4  4e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0928647  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12767  FAD-dependent thymidylate synthase  33.81 
 
 
250 aa  95.5  5e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1346  FAD-dependent thymidylate synthase  32.11 
 
 
247 aa  95.5  5e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.2401  decreased coverage  0.0000413782 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1388  FAD-dependent thymidylate synthase  32.54 
 
 
247 aa  95.5  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3547  FAD-dependent thymidylate synthase  31.65 
 
 
265 aa  94.7  8e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.583534  normal  0.337603 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2189  thymidylate synthase, flavin-dependent  32.59 
 
 
250 aa  94.4  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4001  FAD-dependent thymidylate synthase  32.38 
 
 
250 aa  94.4  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0999655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5811  FAD-dependent thymidylate synthase  33.33 
 
 
250 aa  93.2  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2236  FAD-dependent thymidylate synthase  35.15 
 
 
233 aa  94  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000477574  normal  0.574533 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2115  FAD-dependent thymidylate synthase  33.01 
 
 
254 aa  92  6e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2161  FAD-dependent thymidylate synthase  33.01 
 
 
254 aa  92  6e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.298336  normal  0.459496 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2386  FAD-dependent thymidylate synthase  32.06 
 
 
250 aa  92  6e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0115404 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2102  FAD-dependent thymidylate synthase  33.01 
 
 
254 aa  90.9  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.213601 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25280  FAD-dependent thymidylate synthase  31.65 
 
 
250 aa  91.3  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0348718  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0195  FAD-dependent thymidylate synthase  32.33 
 
 
246 aa  90.5  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00699129  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1195  FAD-dependent thymidylate synthase  32.18 
 
 
274 aa  90.1  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.200813  normal  0.0356101 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0990  FAD-dependent thymidylate synthase  33.62 
 
 
245 aa  89.4  4e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.329805  normal  0.245579 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2321  FAD-dependent thymidylate synthase  32.61 
 
 
248 aa  88.6  7e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.294658  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00980  thymidylate synthase, flavin-dependent  31.52 
 
 
228 aa  87  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221907  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2792  FAD-dependent thymidylate synthase  33.33 
 
 
285 aa  86.3  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3206  FAD-dependent thymidylate synthase  31.67 
 
 
243 aa  86.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.200528 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2421  FAD-dependent thymidylate synthase  28.51 
 
 
245 aa  85.9  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0588955  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0819  thymidylate synthase, flavin-dependent  31.96 
 
 
231 aa  85.5  6e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000230738  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0189  FAD-dependent thymidylate synthase  36.36 
 
 
245 aa  84.7  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.125611  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1297  thymidylate synthase, flavin-dependent  33.53 
 
 
260 aa  84  0.000000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0971681  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0772  thymidylate synthase, flavin-dependent  30.22 
 
 
258 aa  83.2  0.000000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2735  FAD-dependent thymidylate synthase  27.47 
 
 
245 aa  82.4  0.000000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0028  thymidylate synthase, flavin-dependent  31.5 
 
 
281 aa  82.4  0.000000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2044  FAD-dependent thymidylate synthase  25.85 
 
 
263 aa  80.5  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000390103  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0802  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.05 
 
 
218 aa  79.3  0.00000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000150033  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1894  thymidylate synthase, flavin-dependent  31.75 
 
 
254 aa  77.8  0.0000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.68416 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0400  thymidylate synthase complementing protein ThyX  33.33 
 
 
338 aa  77.4  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0400  FAD-dependent thymidylate synthase  31.22 
 
 
234 aa  77  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000037909  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0404  thymidylate synthase, flavin-dependent  30.05 
 
 
223 aa  73.2  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0128021  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1187  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.9 
 
 
273 aa  72.8  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.933104 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1139  thymidylate synthase (FAD)  29.38 
 
 
282 aa  72.4  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.421298  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1199  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.38 
 
 
273 aa  72.4  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1268  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.38 
 
 
273 aa  72.4  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908128  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1148  thymidylate synthase, flavin-dependent  28.92 
 
 
267 aa  67.8  0.0000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.606793 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1625  thymidylate synthase, flavin-dependent  24.41 
 
 
253 aa  67.4  0.0000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00115057  normal  0.386894 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0366  FAD-dependent thymidylate synthase  26.4 
 
 
239 aa  62.8  0.000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1762  FAD-dependent thymidylate synthase  29.47 
 
 
206 aa  62.4  0.000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3449  thymidylate synthase, flavin-dependent  27.59 
 
 
248 aa  62.4  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.354216  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0486  FAD-dependent thymidylate synthase  29.7 
 
 
220 aa  62.4  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000214395  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0471  FAD-dependent thymidylate synthase  29.7 
 
 
220 aa  62  0.000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000151559  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1689  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.79 
 
 
260 aa  62  0.000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.179029 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0001  thymidylate synthase, flavin-dependent  31.61 
 
 
204 aa  62  0.000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.248117  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3445  thymidylate synthase  28.16 
 
 
253 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.277161  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0390  FAD-dependent thymidylate synthase  26.16 
 
 
222 aa  61.2  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00258676  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3530  prophage LambdaBa01, thymidylate synthase-complementing protein  28.16 
 
 
257 aa  60.8  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.537663  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3813  prophage LambdaBa01, thymidylate synthase-complementing protein  29.61 
 
 
252 aa  60.5  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.17838  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2890  thymidylate synthase, flavin-dependent  31.55 
 
 
249 aa  60.5  0.00000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2031  FAD-dependent thymidylate synthase  26.16 
 
 
191 aa  59.7  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.025295  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2383  FAD-dependent thymidylate synthase  27.33 
 
 
216 aa  59.7  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1441  thymidylate synthase, flavin-dependent  27.14 
 
 
265 aa  59.3  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.637537 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1200  thymidylate synthase, flavin-dependent  28.42 
 
 
223 aa  58.5  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.001686  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2472  thymidylate synthase, flavin-dependent  27.59 
 
 
284 aa  57  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000436575  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1909  FAD-dependent thymidylate synthase  25.81 
 
 
229 aa  55.8  0.0000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0501  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.32 
 
 
246 aa  55.5  0.0000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0508  thymidylate synthase complementing protein ThyX  28 
 
 
289 aa  54.7  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0769  thymidylate synthase, flavin-dependent  30.05 
 
 
244 aa  53.9  0.000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.354412  normal  0.842984 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0062  FAD-dependent thymidylate synthase  22.95 
 
 
228 aa  53.5  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428445 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1387  thymidylate synthase complementing protein ThyX  28.23 
 
 
269 aa  53.1  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0493208  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0028  FAD-dependent thymidylate synthase  27.6 
 
 
207 aa  53.1  0.000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0026  FAD-dependent thymidylate synthase  27.6 
 
 
207 aa  52.8  0.000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1753  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.51 
 
 
244 aa  52.8  0.000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0053  FAD-dependent thymidylate synthase  27.6 
 
 
207 aa  52.8  0.000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2027  thymidylate synthase (FAD)  27.32 
 
 
233 aa  51.2  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0404  FAD-dependent thymidylate synthase  26.75 
 
 
217 aa  50.8  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1609  FAD-dependent thymidylate synthase  24.29 
 
 
212 aa  50.1  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1800  FAD-dependent thymidylate synthase  29.02 
 
 
206 aa  50.1  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0219748  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02761  FAD-dependent thymidylate synthase  25.32 
 
 
212 aa  50.8  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.990292  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03211  FAD-dependent thymidylate synthase  24.29 
 
 
212 aa  50.1  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0709  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.51 
 
 
246 aa  50.4  0.00002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.62086  normal  0.337229 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1336  FAD-dependent thymidylate synthase  26.71 
 
 
233 aa  50.4  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0011  FAD-dependent thymidylate synthase  28.72 
 
 
210 aa  50.8  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0245  FAD-dependent thymidylate synthase  23.56 
 
 
210 aa  49.7  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2063  FAD-dependent thymidylate synthase  28.99 
 
 
235 aa  49.7  0.00003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.828676  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02651  FAD-dependent thymidylate synthase  24 
 
 
210 aa  49.3  0.00005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>