116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3547 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3547  FAD-dependent thymidylate synthase  100 
 
 
265 aa  540  9.999999999999999e-153  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.583534  normal  0.337603 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1195  FAD-dependent thymidylate synthase  85.93 
 
 
274 aa  451  1.0000000000000001e-126  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.200813  normal  0.0356101 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25280  FAD-dependent thymidylate synthase  75.3 
 
 
250 aa  387  1e-107  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0348718  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5811  FAD-dependent thymidylate synthase  76.11 
 
 
250 aa  386  1e-106  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4274  thymidylate synthase flavin-dependent  76.31 
 
 
250 aa  383  1e-105  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.933149  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2189  thymidylate synthase, flavin-dependent  72.36 
 
 
250 aa  375  1e-103  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1388  FAD-dependent thymidylate synthase  77.59 
 
 
247 aa  360  2e-98  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1346  FAD-dependent thymidylate synthase  77.18 
 
 
247 aa  359  2e-98  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.2401  decreased coverage  0.0000413782 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4001  FAD-dependent thymidylate synthase  72.84 
 
 
250 aa  357  9e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0999655 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12767  FAD-dependent thymidylate synthase  70.49 
 
 
250 aa  357  1.9999999999999998e-97  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2386  FAD-dependent thymidylate synthase  71.6 
 
 
250 aa  353  1e-96  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0115404 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2236  FAD-dependent thymidylate synthase  74.68 
 
 
233 aa  339  2.9999999999999998e-92  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000477574  normal  0.574533 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2115  FAD-dependent thymidylate synthase  70.56 
 
 
254 aa  335  5.999999999999999e-91  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2161  FAD-dependent thymidylate synthase  70.56 
 
 
254 aa  335  5.999999999999999e-91  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.298336  normal  0.459496 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2102  FAD-dependent thymidylate synthase  70.16 
 
 
254 aa  333  2e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.213601 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2792  FAD-dependent thymidylate synthase  42.68 
 
 
285 aa  152  4e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2633  thymidylate synthase (FAD)  43.78 
 
 
262 aa  151  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0928647  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3711  FAD-dependent thymidylate synthase  40.61 
 
 
229 aa  124  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000128726  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3806  FAD-dependent thymidylate synthase  40.61 
 
 
229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20020  thymidylate synthase (FAD)  44.71 
 
 
226 aa  119  7e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.886241 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0378  FAD-dependent thymidylate synthase  38.89 
 
 
231 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000606523  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1489  thymidylate synthase, flavin-dependent  38.28 
 
 
195 aa  116  3e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1279  thymidylate synthase, flavin-dependent  38.5 
 
 
195 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3106  FAD-dependent thymidylate synthase  37.93 
 
 
232 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2693  FAD-dependent thymidylate synthase  40.72 
 
 
228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000328347  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1265  thymidylate synthase, flavin-dependent  38.1 
 
 
195 aa  113  3e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2044  FAD-dependent thymidylate synthase  36.63 
 
 
263 aa  112  4.0000000000000004e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000390103  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0772  thymidylate synthase, flavin-dependent  36.76 
 
 
258 aa  112  4.0000000000000004e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4063  FAD-dependent thymidylate synthase  37.88 
 
 
229 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000544981  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1027  FAD-dependent thymidylate synthase  37.69 
 
 
230 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00194248  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2735  FAD-dependent thymidylate synthase  37.57 
 
 
245 aa  110  3e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2421  FAD-dependent thymidylate synthase  37.57 
 
 
245 aa  108  6e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0588955  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2649  FAD-dependent thymidylate synthase  35.82 
 
 
245 aa  107  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000329367  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0195  FAD-dependent thymidylate synthase  35.29 
 
 
246 aa  106  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00699129  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1128  thymidylate synthase, flavin-dependent  43.53 
 
 
226 aa  106  5e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.307637  hitchhiker  0.000034032 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0189  FAD-dependent thymidylate synthase  35.27 
 
 
245 aa  102  7e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.125611  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0802  thymidylate synthase, flavin-dependent  35.98 
 
 
218 aa  101  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000150033  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3494  thymidylate synthase, flavin-dependent  34.93 
 
 
226 aa  100  4e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0819  thymidylate synthase, flavin-dependent  34.2 
 
 
231 aa  98.6  9e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000230738  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0173  thymidylate synthase, flavin-dependent  32.38 
 
 
230 aa  97.4  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000307587  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3206  FAD-dependent thymidylate synthase  38.19 
 
 
243 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.200528 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09250  thymidylate synthase (FAD)  36.11 
 
 
226 aa  97.8  2e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0981097  normal  0.0643636 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2482  thymidylate synthase complementing protein ThyX  34.62 
 
 
232 aa  96.7  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000421387  hitchhiker  0.00846096 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0523  thymidylate synthase, flavin-dependent  31.91 
 
 
237 aa  97.1  3e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2472  thymidylate synthase, flavin-dependent  35.98 
 
 
284 aa  95.5  8e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000436575  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0400  FAD-dependent thymidylate synthase  36.27 
 
 
234 aa  95.5  8e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000037909  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1744  thymidylate synthase, flavin-dependent  31.65 
 
 
216 aa  94.7  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.246329  normal  0.887681 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1441  thymidylate synthase, flavin-dependent  35.58 
 
 
265 aa  92.8  5e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.637537 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2353  thymidylate synthase complementing protein ThyX  28.78 
 
 
233 aa  92.8  6e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.431052  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1387  thymidylate synthase complementing protein ThyX  35.02 
 
 
269 aa  92  8e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0493208  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2321  FAD-dependent thymidylate synthase  36.78 
 
 
248 aa  91.7  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.294658  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1689  thymidylate synthase, flavin-dependent  36.29 
 
 
260 aa  92  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.179029 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0028  thymidylate synthase, flavin-dependent  36.42 
 
 
281 aa  85.9  7e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00980  thymidylate synthase, flavin-dependent  36.31 
 
 
228 aa  85.1  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221907  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0990  FAD-dependent thymidylate synthase  35.8 
 
 
245 aa  84  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.329805  normal  0.245579 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0404  thymidylate synthase, flavin-dependent  33.67 
 
 
223 aa  83.2  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0128021  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1297  thymidylate synthase, flavin-dependent  31.58 
 
 
260 aa  76.3  0.0000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0971681  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1894  thymidylate synthase, flavin-dependent  32.75 
 
 
254 aa  73.6  0.000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.68416 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02761  FAD-dependent thymidylate synthase  27.37 
 
 
212 aa  71.2  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.990292  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1200  thymidylate synthase, flavin-dependent  30.99 
 
 
223 aa  70.5  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.001686  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3449  thymidylate synthase, flavin-dependent  33.48 
 
 
248 aa  70.1  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.354216  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3530  prophage LambdaBa01, thymidylate synthase-complementing protein  32.28 
 
 
257 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.537663  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3813  prophage LambdaBa01, thymidylate synthase-complementing protein  32.67 
 
 
252 aa  68.9  0.00000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.17838  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3445  thymidylate synthase  33.48 
 
 
253 aa  68.6  0.00000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.277161  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1882  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.41 
 
 
217 aa  68.2  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0694605  normal  0.133921 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1139  thymidylate synthase (FAD)  31.29 
 
 
282 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.421298  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1199  thymidylate synthase, flavin-dependent  31.29 
 
 
273 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1268  thymidylate synthase, flavin-dependent  31.29 
 
 
273 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908128  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0400  thymidylate synthase complementing protein ThyX  32.12 
 
 
338 aa  66.6  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2890  thymidylate synthase, flavin-dependent  27.27 
 
 
249 aa  64.7  0.000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0245  FAD-dependent thymidylate synthase  27.53 
 
 
210 aa  63.2  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0919  thymidylate synthase complementing protein ThyX  29.82 
 
 
324 aa  62.8  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0390  FAD-dependent thymidylate synthase  24.34 
 
 
222 aa  62.8  0.000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00258676  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3898  thymidylate synthase, flavin-dependent  25.27 
 
 
216 aa  62.8  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.262304 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1762  FAD-dependent thymidylate synthase  28.86 
 
 
206 aa  62.8  0.000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0026  FAD-dependent thymidylate synthase  28.5 
 
 
207 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0053  FAD-dependent thymidylate synthase  28.5 
 
 
207 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1187  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.14 
 
 
273 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.933104 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0028  FAD-dependent thymidylate synthase  29.26 
 
 
207 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0011  FAD-dependent thymidylate synthase  26.8 
 
 
210 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02651  FAD-dependent thymidylate synthase  26.97 
 
 
210 aa  60.5  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03851  FAD-dependent thymidylate synthase  25.28 
 
 
210 aa  60.5  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.256114 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2031  FAD-dependent thymidylate synthase  25.56 
 
 
191 aa  60.1  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.025295  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02661  FAD-dependent thymidylate synthase  26.4 
 
 
210 aa  60.1  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.314215  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02681  FAD-dependent thymidylate synthase  26.01 
 
 
210 aa  60.1  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2383  FAD-dependent thymidylate synthase  24.34 
 
 
216 aa  58.9  0.00000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0508  thymidylate synthase complementing protein ThyX  30.13 
 
 
289 aa  58.5  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1148  thymidylate synthase, flavin-dependent  34.81 
 
 
267 aa  57.8  0.0000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.606793 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1800  FAD-dependent thymidylate synthase  28.19 
 
 
206 aa  55.5  0.0000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0219748  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1609  FAD-dependent thymidylate synthase  25.42 
 
 
212 aa  55.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03211  FAD-dependent thymidylate synthase  25.42 
 
 
212 aa  55.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0366  FAD-dependent thymidylate synthase  25.13 
 
 
239 aa  53.9  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1861  FAD-dependent thymidylate synthase  25.13 
 
 
218 aa  53.9  0.000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.224616  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0062  FAD-dependent thymidylate synthase  25.29 
 
 
228 aa  53.1  0.000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428445 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2038  FAD-dependent thymidylate synthase  24.14 
 
 
220 aa  52.4  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.81292  normal  0.670148 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0001  thymidylate synthase, flavin-dependent  25.52 
 
 
204 aa  52  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.248117  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1336  FAD-dependent thymidylate synthase  26.59 
 
 
233 aa  50.8  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2063  FAD-dependent thymidylate synthase  25 
 
 
235 aa  50.1  0.00004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.828676  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0017  thymidylate synthase complementing protein ThyX  23.17 
 
 
277 aa  49.7  0.00005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1838  FAD-dependent thymidylate synthase  24.26 
 
 
221 aa  48.9  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>