79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0934 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0934  FAD-dependent thymidylate synthase  100 
 
 		 310 aa  645    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0768  FAD-dependent thymidylate synthase  79.02 
 
 		 305 aa  513  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.259768 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1091  FAD-dependent thymidylate synthase  80 
 
 		 318 aa  513  1e-144  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0284091 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4942  FAD-dependent thymidylate synthase  64.71 
 
 		 316 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.497472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0045  FAD-dependent thymidylate synthase  66.23 
 
 		 310 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0769  FAD-dependent thymidylate synthase  61.76 
 
 		 325 aa  390  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1198  FAD-dependent thymidylate synthase  58.72 
 
 		 284 aa  360  1e-98  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.197023  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0686  FAD-dependent thymidylate synthase  53.33 
 
 		 293 aa  338  5e-92  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00461112  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1151  FAD-dependent thymidylate synthase  53.77 
 
 		 316 aa  328  7e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.596587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0317  FAD-dependent thymidylate synthase  58.5 
 
 		 253 aa  321  9.999999999999999e-87  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0163  FAD-dependent thymidylate synthase  53.55 
 
 		 292 aa  307  1.0000000000000001e-82  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000550226  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0311  FAD-dependent thymidylate synthase  50.19 
 
 		 266 aa  265  8e-70  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0369902  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0014  thymidylate synthase, flavin-dependent  50.81 
 
 		 313 aa  223  3e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011784  BbuZS7_A66  FAD-dependent thymidylate synthase  38.62 
 
 		 265 aa  191  1e-47  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1909  FAD-dependent thymidylate synthase  42.86 
 
 		 229 aa  189  7e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1336  FAD-dependent thymidylate synthase  44.64 
 
 		 233 aa  187  1e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0471  FAD-dependent thymidylate synthase  41.96 
 
 		 220 aa  182  6e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000151559  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0486  FAD-dependent thymidylate synthase  41.96 
 
 		 220 aa  181  1e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000214395  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0062  FAD-dependent thymidylate synthase  42.01 
 
 		 228 aa  176  3e-43  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00428445 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1229  FAD-dependent thymidylate synthase  36.9 
 
 		 261 aa  166  4e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2027  thymidylate synthase (FAD)  35.14 
 
 		 233 aa  119  6e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0404  thymidylate synthase, flavin-dependent  32.88 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7860  FAD-dependent thymidylate synthase  33.48 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0403758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1504  FAD-dependent thymidylate synthase  34.36 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00118656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0732  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.36 
 
 		 266 aa  93.2  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0880  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.36 
 
 		 280 aa  93.2  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03851  FAD-dependent thymidylate synthase  30.34 
 
 		 210 aa  68.6  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.256114 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2038  FAD-dependent thymidylate synthase  27.93 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.81292  normal  0.670148 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0819  thymidylate synthase, flavin-dependent  29.71 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000230738  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1265  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.84 
 
 		 195 aa  65.1  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02681  FAD-dependent thymidylate synthase  28.64 
 
 		 210 aa  64.7  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1838  FAD-dependent thymidylate synthase  26.83 
 
 		 221 aa  64.7  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0523  thymidylate synthase, flavin-dependent  27.23 
 
 		 237 aa  63.9  0.000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0245  FAD-dependent thymidylate synthase  26.57 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1489  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.32 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1279  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.32 
 
 		 195 aa  62.4  0.000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0772  thymidylate synthase, flavin-dependent  25.97 
 
 		 258 aa  62.4  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02761  FAD-dependent thymidylate synthase  28.5 
 
 		 212 aa  61.6  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.990292  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0990  FAD-dependent thymidylate synthase  26.6 
 
 		 245 aa  60.5  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.329805  normal  0.245579 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0404  FAD-dependent thymidylate synthase  27.78 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0390  FAD-dependent thymidylate synthase  25.82 
 
 		 222 aa  58.5  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00258676  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0802  thymidylate synthase, flavin-dependent  24.42 
 
 		 218 aa  58.9  0.0000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000150033  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0366  FAD-dependent thymidylate synthase  28.33 
 
 		 239 aa  58.5  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2421  FAD-dependent thymidylate synthase  25.66 
 
 		 245 aa  58.5  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0588955  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2649  FAD-dependent thymidylate synthase  25.73 
 
 		 245 aa  58.5  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000329367  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2735  FAD-dependent thymidylate synthase  25.22 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2890  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.8 
 
 		 249 aa  57  0.0000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03211  FAD-dependent thymidylate synthase  27.04 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1609  FAD-dependent thymidylate synthase  27.04 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02661  FAD-dependent thymidylate synthase  26.73 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.314215  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2383  FAD-dependent thymidylate synthase  27.05 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02651  FAD-dependent thymidylate synthase  26 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2044  FAD-dependent thymidylate synthase  22.36 
 
 		 263 aa  55.1  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000390103  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00980  thymidylate synthase, flavin-dependent  26.39 
 
 		 228 aa  54.7  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221907  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2321  FAD-dependent thymidylate synthase  26.6 
 
 		 248 aa  53.5  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.294658  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20020  thymidylate synthase (FAD)  25.49 
 
 		 226 aa  53.1  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.886241 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2031  FAD-dependent thymidylate synthase  26.44 
 
 		 191 aa  52.8  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.025295  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1027  FAD-dependent thymidylate synthase  25.49 
 
 		 230 aa  52  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00194248  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1128  thymidylate synthase, flavin-dependent  25.98 
 
 		 226 aa  51.6  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.307637  hitchhiker  0.000034032 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0378  FAD-dependent thymidylate synthase  25.32 
 
 		 231 aa  51.2  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000606523  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3106  FAD-dependent thymidylate synthase  25.12 
 
 		 232 aa  50.4  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09250  thymidylate synthase (FAD)  24.51 
 
 		 226 aa  50.4  0.00003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0981097  normal  0.0643636 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1297  thymidylate synthase, flavin-dependent  25 
 
 		 260 aa  50.4  0.00004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0971681  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2693  FAD-dependent thymidylate synthase  25.98 
 
 		 228 aa  50.1  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000328347  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0189  FAD-dependent thymidylate synthase  30.22 
 
 		 245 aa  49.7  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.125611  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0404  thymidylate synthase, flavin-dependent  25.71 
 
 		 223 aa  48.5  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0128021  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1044  thymidylate synthase complementing protein ThyX  26.8 
 
 		 240 aa  47.4  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.416178 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3206  FAD-dependent thymidylate synthase  24.06 
 
 		 243 aa  46.6  0.0005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.200528 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3806  FAD-dependent thymidylate synthase  23.83 
 
 		 229 aa  45.8  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4274  thymidylate synthase flavin-dependent  23.44 
 
 		 250 aa  45.8  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.933149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3711  FAD-dependent thymidylate synthase  23.83 
 
 		 229 aa  44.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000128726  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0195  FAD-dependent thymidylate synthase  24.11 
 
 		 246 aa  43.9  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00699129  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4001  FAD-dependent thymidylate synthase  25.61 
 
 		 250 aa  43.9  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0999655 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2082  thymidylate synthase, flavin-dependent  32.47 
 
 		 458 aa  43.1  0.006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.734062  normal  0.451472 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12767  FAD-dependent thymidylate synthase  23.63 
 
 		 250 aa  43.1  0.006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1744  thymidylate synthase, flavin-dependent  25.38 
 
 		 216 aa  43.1  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.246329  normal  0.887681 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5811  FAD-dependent thymidylate synthase  24.29 
 
 		 250 aa  42.7  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3547  FAD-dependent thymidylate synthase  22.03 
 
 		 265 aa  42.7  0.008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.583534  normal  0.337603 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2071  thymidylate synthase complementing protein ThyX  32.61 
 
 		 241 aa  42.7  0.008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>