61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8360 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_8360  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 433 aa  864    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4512  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.04 
 
 		 597 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0564894  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9182  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.33 
 
 		 628 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1260  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.53 
 
 		 543 aa  119  9e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0268385  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3454  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  31.6 
 
 		 568 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0741469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7652  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.3 
 
 		 592 aa  110  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2716  alanine-rich protein  28.42 
 
 		 344 aa  85.9  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8359  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.63 
 
 		 1005 aa  78.2  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0148  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 		 585 aa  73.9  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0393  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.24 
 
 		 484 aa  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.041427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3642  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.86 
 
 		 430 aa  63.5  0.000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.20157  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2870  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  30.05 
 
 		 534 aa  63.2  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0574  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit sigma24 -like protein  28.76 
 
 		 477 aa  61.6  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.423328  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4272  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.16 
 
 		 666 aa  58.5  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.786099 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4964  hypothetical protein  41.77 
 
 		 197 aa  57.8  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.920058  normal  0.171463 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4364  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.67 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0544  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.03 
 
 		 214 aa  54.3  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355671 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3727  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28 
 
 		 178 aa  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1551  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.53 
 
 		 532 aa  52.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.357255  normal  0.29633 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0132  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.22 
 
 		 187 aa  50.4  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00499196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7326  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.78 
 
 		 303 aa  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.310531  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1063  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.68 
 
 		 193 aa  50.1  0.00008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3171  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.33 
 
 		 181 aa  50.1  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4444  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.07 
 
 		 220 aa  49.3  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.07 
 
 		 191 aa  49.3  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.34816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  36 
 
 		 183 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2956  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.67 
 
 		 190 aa  48.9  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.465971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2630  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32 
 
 		 186 aa  48.9  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0312805  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1793  transcriptional regulator, LuxR family  24.4 
 
 		 203 aa  48.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5221  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32 
 
 		 529 aa  48.5  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.25 
 
 		 310 aa  47.8  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.76 
 
 		 157 aa  47.8  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.454582  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3144  RNA polymerase sigma-70 factor  24.71 
 
 		 188 aa  47.4  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0350  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.25 
 
 		 311 aa  47.4  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0635  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.67 
 
 		 211 aa  47.4  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  34.72 
 
 		 190 aa  47.4  0.0005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2850  RNA polymerase sigma-70 factor  24.22 
 
 		 192 aa  47  0.0007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.105417 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.78 
 
 		 174 aa  46.6  0.0008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4471  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.15 
 
 		 236 aa  46.6  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.368795 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3452  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.3 
 
 		 198 aa  46.2  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4377  RNA polymerase sigma factor  23.75 
 
 		 203 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3691  RNA polymerase sigma-70 factor  23.03 
 
 		 202 aa  46.2  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.513254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3742  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30 
 
 		 188 aa  46.6  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00162428  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4490  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.29 
 
 		 181 aa  45.1  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03772  putative RNA polymerase sigma factor  26.39 
 
 		 203 aa  45.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5692  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.56 
 
 		 266 aa  45.1  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.47008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6216  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.85 
 
 		 188 aa  44.7  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.01 
 
 		 198 aa  44.3  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00199735  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.81 
 
 		 188 aa  43.9  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4597  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.81 
 
 		 534 aa  43.9  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2647  RNA polymerase sigma-70 factor  26.25 
 
 		 192 aa  43.9  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4193  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.88 
 
 		 200 aa  43.9  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1358  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.49 
 
 		 193 aa  43.9  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1760  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25 
 
 		 205 aa  43.9  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.431195 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6565  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.85 
 
 		 196 aa  43.5  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.658441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.77 
 
 		 195 aa  43.5  0.007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2356  RNA polymerase sigma-70 factor  35.62 
 
 		 200 aa  43.5  0.007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.240028  normal  0.522752 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1519  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 		 191 aa  43.1  0.009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0297  RNA polymerase sigma factor  25.14 
 
 		 188 aa  43.1  0.009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240758 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0307  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.73 
 
 		 186 aa  43.1  0.01  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3042  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.73 
 
 		 327 aa  43.1  0.01  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.278902  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>