More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0001 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008836  BMA10229_A2237  chromosomal replication initiation protein  85.37 
 
 		 533 aa  911    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3442  chromosomal replication initiation protein  72.02 
 
 		 522 aa  778    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.807856  normal  0.719643 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0001  chromosomal replication initiation protein  84.59 
 
 		 525 aa  901    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470928  normal  0.147682 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0001  chromosomal replication initiation protein  83.85 
 
 		 525 aa  893    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.54964 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0001  chromosomal replication initiation protein  84.59 
 
 		 518 aa  873    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0001  chromosomal replication initiation protein  67.06 
 
 		 584 aa  762    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293288  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0301  chromosomal replication initiation protein  85.19 
 
 		 533 aa  910    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0001  chromosomal replication initiation protein  73.56 
 
 		 529 aa  786    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3182  chromosomal replication initiation protein  83.49 
 
 		 525 aa  883    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.143434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2848  chromosomal replication initiation protein  85.19 
 
 		 533 aa  909    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3239  chromosomal replication initiation protein  85.19 
 
 		 536 aa  883    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.457996  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0089  chromosomal replication initiation protein  85.19 
 
 		 533 aa  910    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0001  chromosomal replication initiation protein  85.37 
 
 		 533 aa  911    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0001  chromosomal replication initiation protein  84.22 
 
 		 524 aa  891    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57647  hitchhiker  0.0000195718 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4462  chromosomal replication initiation protein  92.11 
 
 		 544 aa  955    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.369414  normal  0.111678 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0001  chromosomal replication initiation protein  69.13 
 
 		 579 aa  783    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2553  chromosomal replication initiation protein  83.67 
 
 		 561 aa  890    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0103  chromosomal replication initiation protein  85.19 
 
 		 533 aa  909    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0001  chromosomal replication initiation protein  84.59 
 
 		 525 aa  901    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.375862  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0001  chromosomal replication initiation protein  83.49 
 
 		 525 aa  889    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0001  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 		 545 aa  1117    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0001  chromosomal replication initiation protein  84.95 
 
 		 518 aa  901    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000470324 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0001  chromosomal replication initiation protein  73.29 
 
 		 529 aa  785    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  84.97 
 
 		 474 aa  612  9.999999999999999e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0537995  normal  0.168321 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  85.29 
 
 		 475 aa  612  9.999999999999999e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0001  chromosomal replication initiation protein  53.12 
 
 		 500 aa  542  1e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0001  chromosomal replication initiation protein  73.75 
 
 		 475 aa  536  1e-151  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.738182  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0001  chromosomal replication initiation protein  51.74 
 
 		 476 aa  535  1e-151  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00109258  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0001  chromosomal replication initiation protein  73.16 
 
 		 473 aa  534  1e-150  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4144  chromosomal replication initiation protein  73.16 
 
 		 473 aa  534  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.274258 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0001  chromosomal replication initiation protein  73.45 
 
 		 468 aa  533  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0688864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0001  chromosomal replication initiation protein  70.95 
 
 		 467 aa  531  1e-150  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.720821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0001  chromosomal replication initiation protein  73.16 
 
 		 510 aa  531  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000451615 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0001  chromosomal replication initiation protein  72.57 
 
 		 464 aa  526  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.789649 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0001  chromosomal replication initiation protein  69.47 
 
 		 483 aa  524  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4117  chromosomal replication initiation protein  72.57 
 
 		 465 aa  521  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931933  normal  0.0270955 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0001  chromosomal replication initiation protein  66.08 
 
 		 459 aa  511  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0624121  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0001  chromosomal replication initiation protein  72.86 
 
 		 470 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000852444  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0001  chromosomal replication initiation protein  62.06 
 
 		 465 aa  483  1e-135  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000010295  decreased coverage  0.002869 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  67.36 
 
 		 457 aa  484  1e-135  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  46.7 
 
 		 524 aa  482  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  63.39 
 
 		 470 aa  482  1e-135  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000133107  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  47.69 
 
 		 478 aa  473  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  47.88 
 
 		 462 aa  472  1e-132  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0001  chromosomal replication initiation protein  48.17 
 
 		 511 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.424003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0003  chromosomal replication initiation protein  47.82 
 
 		 510 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  47.96 
 
 		 464 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0001  chromosomal replication initiation protein  47.07 
 
 		 495 aa  471  1.0000000000000001e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0001  chromosomal replication initiation protein  47.05 
 
 		 512 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  45.37 
 
 		 474 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00208216  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  47.04 
 
 		 467 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  47.04 
 
 		 467 aa  449  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  47.04 
 
 		 467 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  47.04 
 
 		 467 aa  449  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  47.04 
 
 		 467 aa  449  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  47.04 
 
 		 467 aa  449  1e-125  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  47.04 
 
 		 467 aa  449  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  47.04 
 
 		 467 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  47.04 
 
 		 467 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  61.01 
 
 		 455 aa  439  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.738178 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  56.88 
 
 		 462 aa  440  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  56.88 
 
 		 462 aa  440  9.999999999999999e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  57.97 
 
 		 459 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000781636  unclonable  0.00000344978 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  56.88 
 
 		 450 aa  440  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000634969  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  59.44 
 
 		 463 aa  439  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0001  chromosomal replication initiation protein  62.2 
 
 		 494 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  60.53 
 
 		 462 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000998931  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  60.53 
 
 		 460 aa  438  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  61.01 
 
 		 511 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  60.53 
 
 		 462 aa  436  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000281438  unclonable  0.0000000118337 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  57.14 
 
 		 461 aa  438  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000102323  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  59.44 
 
 		 465 aa  437  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0001  chromosomal replication initiation protein  61.01 
 
 		 505 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390724  normal  0.0464489 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  58.79 
 
 		 465 aa  436  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0013  chromosomal replication initiation protein  60.53 
 
 		 457 aa  436  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000224276  hitchhiker  0.000759559 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  60.83 
 
 		 462 aa  438  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000211976  n/a   
 
 
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  60.53 
 
 		 462 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000257358  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  60.53 
 
 		 462 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000157699  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  60.42 
 
 		 455 aa  436  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  60.53 
 
 		 460 aa  438  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  60.53 
 
 		 460 aa  438  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000724276  unclonable  0.0000176 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  60.24 
 
 		 461 aa  437  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000263579  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  60.53 
 
 		 462 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000562887  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  60.53 
 
 		 461 aa  437  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000051  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  60.53 
 
 		 460 aa  437  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000281375  unclonable  0.0000000000600935 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0010  chromosomal replication initiation protein  61.01 
 
 		 506 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645293  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  61.13 
 
 		 466 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  61.7 
 
 		 461 aa  435  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.926832  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0001  chromosomal replication initiation protein  61.01 
 
 		 511 aa  435  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0001  chromosomal replication initiation protein  61.01 
 
 		 507 aa  435  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00366311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  61.13 
 
 		 466 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  61.13 
 
 		 466 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  61.13 
 
 		 466 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  61.13 
 
 		 466 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.36 
 
 		 469 aa  433  1e-120  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  58.31 
 
 		 451 aa  434  1e-120  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000764641  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  58.77 
 
 		 483 aa  434  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000328329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  60.24 
 
 		 472 aa  430  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  60.24 
 
 		 468 aa  430  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  59.94 
 
 		 462 aa  430  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  unclonable  0.000000000136332 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>