95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7426 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7426  2-methylcitrate dehydratase family protein  100 
 
 		 493 aa  995    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.354757  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7303  MmgE/PrpD  27.65 
 
 		 474 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.148027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6170  MmgE/PrpD family protein  28.27 
 
 		 458 aa  92  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6463  MmgE/PrpD family protein  29.3 
 
 		 458 aa  92  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.672209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3608  MmgE/PrpD family protein  24.61 
 
 		 468 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.351268  normal  0.839729 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52880  hypothetical protein  26.94 
 
 		 450 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4085  MmgE/PrpD family protein  26.05 
 
 		 476 aa  76.6  0.0000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4633  hypothetical protein  26.65 
 
 		 450 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.992935  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0625  2-methylcitrate dehydratase  28.39 
 
 		 453 aa  73.6  0.000000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3047  MmgE/PrpD family protein  26.26 
 
 		 449 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.110565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0482  MmgE/PrpD family protein  24.79 
 
 		 457 aa  71.6  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0820  2-methylcitrate dehydratase  25 
 
 		 457 aa  69.7  0.0000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3107  MmgE/PrpD family protein  27.3 
 
 		 447 aa  68.2  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.367847  normal  0.515928 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0780  2-methylcitrate dehydratase  27.47 
 
 		 453 aa  67.8  0.0000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0286  putative MmgE/PrpD family protein  26.09 
 
 		 481 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.522372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1510  MmgE/PrpD  25.49 
 
 		 449 aa  65.9  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1703  Fis family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 453 aa  65.5  0.000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0229045 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6759  MmgE/PrpD  26.32 
 
 		 482 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.91585 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3582  MmgE/PrpD family protein  26.55 
 
 		 451 aa  62.4  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0594439 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3512  MmgE/PrpD family protein  26.33 
 
 		 453 aa  62.4  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208219  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1932  MmgE/PrpD family protein  25.98 
 
 		 467 aa  62  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0705  MmgE/PrpD  27.49 
 
 		 458 aa  62  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4513  MmgE/PrpD family protein  26.72 
 
 		 463 aa  61.6  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0172  MmgE/PrpD family protein  25.29 
 
 		 451 aa  61.6  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2736  MmgE/PrpD  26.28 
 
 		 460 aa  60.8  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5792  MmgE/PrpD family protein  26.51 
 
 		 461 aa  60.8  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.205473  normal  0.299026 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0407  MmgE/PrpD family protein  24.73 
 
 		 456 aa  60.1  0.00000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.544537 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001534  MmgE/PrpD family protein  23.76 
 
 		 453 aa  58.9  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1242  MmgE/PrpD family protein  26.57 
 
 		 458 aa  58.2  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.424636  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1168  MmgE/PrpD family protein  26.05 
 
 		 456 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.171281 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1268  MmgE/PrpD family protein  25.74 
 
 		 455 aa  58.2  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5175  hypothetical protein  29.69 
 
 		 453 aa  58.2  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2141  MmgE/PrpD family protein  23.65 
 
 		 488 aa  57.8  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.628932 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18590  uncharacterized protein involved in propionate catabolism  24.47 
 
 		 465 aa  57  0.0000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0146  MmgE/PrpD  26.92 
 
 		 457 aa  57  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4983  MmgE/PrpD family protein  24.34 
 
 		 486 aa  57  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.33687  normal  0.0207357 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0278  2-methylcitrate dehydratase  27.76 
 
 		 428 aa  56.2  0.000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.914364  normal  0.0835983 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0564  MmgE/PrpD family protein  26.37 
 
 		 454 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.626803  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6217  MmgE/PrpD family protein  25.75 
 
 		 461 aa  54.7  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1228  MmgE/PrpD family protein  25.75 
 
 		 485 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.996251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1269  MmgE/PrpD  25.08 
 
 		 463 aa  55.1  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2858  MmgE/PrpD  28.81 
 
 		 450 aa  54.3  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.428685 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4102  hypothetical protein  25.75 
 
 		 461 aa  54.3  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1394  MmgE/PrpD family protein  24.15 
 
 		 446 aa  53.9  0.000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0615722  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0572  MmgE/PrpD family protein  26.18 
 
 		 457 aa  53.5  0.000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1583  MmgE/PrpD family protein  24.11 
 
 		 446 aa  53.1  0.00001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0496  MmgE/PrpD family protein  23.8 
 
 		 461 aa  53.1  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6631  MmgE/PrpD family protein  25.43 
 
 		 468 aa  52.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0359328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0971  hypothetical protein  25.34 
 
 		 471 aa  52.4  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7496  MmgE/PrpD family protein  21.52 
 
 		 469 aa  52  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000196116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2657  MmgE/PrpD  26.26 
 
 		 504 aa  52.4  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3581  MmgE/PrpD family protein  27.35 
 
 		 453 aa  51.6  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.604157  normal  0.0576732 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0368  MmgE/PrpD  24.02 
 
 		 472 aa  51.6  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.500426  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4067  MmgE/PrpD family protein  26.45 
 
 		 468 aa  51.2  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.530176  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0040  MmgE/PrpD family protein  21.9 
 
 		 453 aa  51.2  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0367  MmgE/PrpD  25.83 
 
 		 455 aa  51.2  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.559091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1347  MmgE/PrpD family protein  25.94 
 
 		 458 aa  50.8  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0016  hypothetical protein  24.93 
 
 		 456 aa  50.8  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4176  MmgE/PrpD family protein  24.41 
 
 		 450 aa  50.4  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0281  MmgE/PrpD family protein  23.66 
 
 		 446 aa  50.4  0.00007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3028  MmgE/PrpD family protein  24.61 
 
 		 503 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1260  putative MmgE/Prp family protein  24.61 
 
 		 503 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1311  MmgE/PrpD family protein  24.4 
 
 		 454 aa  49.7  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4086  hypothetical protein  27.91 
 
 		 470 aa  50.1  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_43263  hypothetical protein  27.21 
 
 		 481 aa  50.1  0.0001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3985  MmgE/PrpD family protein  24.88 
 
 		 450 aa  48.9  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2001  2-methylcitrate dehydratase  24.82 
 
 		 449 aa  49.3  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6636  MmgE/PrpD family protein  27.52 
 
 		 457 aa  49.3  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.29162 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0134  MmgE/PrpD family protein  25.35 
 
 		 454 aa  48.9  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.99136  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8168  hypothetical protein  22.19 
 
 		 451 aa  48.9  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0200  MmgE/PrpD family protein  23.47 
 
 		 454 aa  48.9  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2745  hypothetical protein  24.86 
 
 		 482 aa  49.3  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.183054 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1511  MmgE/PrpD  22.17 
 
 		 472 aa  49.3  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01619  conserved hypothetical protein  22.99 
 
 		 501 aa  48.5  0.0003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.17235 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3094  MmgE/PrpD family protein  30.09 
 
 		 453 aa  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1004  putative MmgE/Prp family protein  32.24 
 
 		 458 aa  47.8  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.451747 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3986  MmgE/PrpD family protein  29.52 
 
 		 441 aa  47.4  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0614  MmgE/PrpD family protein  27.42 
 
 		 470 aa  47.4  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.708965  normal  0.0263157 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4892  MmgE/PrpD family protein  22.48 
 
 		 441 aa  47  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0581  MmgE/PrpD  23.06 
 
 		 462 aa  47  0.0008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8184  MmgE/PrpD family protein  22.57 
 
 		 443 aa  46.2  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.825768  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1360  MmgE/PrpD family protein  24.01 
 
 		 483 aa  46.2  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737608  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5500  MmgE/PrpD family protein  23.47 
 
 		 453 aa  46.6  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.168199  normal  0.788577 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1882  MmgE/PrpD family protein  33.88 
 
 		 443 aa  46.6  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6849  MmgE/PrpD family protein  36.05 
 
 		 460 aa  46.2  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5368  hypothetical protein  24.01 
 
 		 451 aa  45.8  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.775637  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4177  MmgE/PrpD family protein  33.91 
 
 		 441 aa  45.1  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1760  MmgE/PrpD family protein  25.54 
 
 		 445 aa  44.3  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0284  putative MmgE/Prp family protein  23.6 
 
 		 500 aa  44.3  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2966  MmgE/PrpD  30.25 
 
 		 469 aa  43.9  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3206  MmgE/PrpD family protein  25.3 
 
 		 471 aa  43.9  0.008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.329601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1089  MmgE/PrpD family protein  25.79 
 
 		 441 aa  43.5  0.008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5808  MmgE/PrpD  26.04 
 
 		 463 aa  43.5  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2140  MmgE/PrpD family protein  22.46 
 
 		 461 aa  43.5  0.008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00607749 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6172  MmgE/PrpD family protein  26.04 
 
 		 464 aa  43.5  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.661576  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>