148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4352 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4352  transcriptional regulator CarD family  100 
 
 		 223 aa  456  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3112  CarD family transcriptional regulator  91.53 
 
 		 189 aa  353  1e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.0000522164  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4143  transcriptional regulator, CarD family  90.53 
 
 		 190 aa  350  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0239678  normal  0.0810654 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3814  transcriptional regulator, CarD family  90.53 
 
 		 190 aa  350  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3379  CarD family transcriptional regulator  83.6 
 
 		 190 aa  325  2.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000818177  n/a   
 
 
 
NC_004310  BR1766  transcriptional regulator, putative  83.77 
 
 		 191 aa  319  1.9999999999999998e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000100794  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1702  putative transcriptional regulator  83.77 
 
 		 191 aa  319  1.9999999999999998e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000176532  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1134  CarD family transcriptional regulator  87.08 
 
 		 193 aa  317  1e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000250032  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0187  CarD family transcriptional regulator  71.12 
 
 		 206 aa  276  1e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1718  transcriptional regulator, CarD family  71.67 
 
 		 197 aa  275  4e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4805  CarD family transcriptional regulator  71.91 
 
 		 197 aa  274  8e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0268969  hitchhiker  0.000256244 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3880  transcription factor CarD  68.88 
 
 		 196 aa  271  6e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.260556  normal  0.0799721 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4190  transcriptional regulator, CarD family  68.37 
 
 		 196 aa  271  7e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.627659  normal  0.224383 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4337  transcriptional regulator, CarD family  70.22 
 
 		 198 aa  267  8e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.529688 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3708  CarD family transcriptional regulator  66.84 
 
 		 201 aa  264  8e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.378672 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3138  CarD family transcriptional regulator  72.09 
 
 		 368 aa  259  2e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0278  transcription factor CarD  68.54 
 
 		 432 aa  258  6e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.197745 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0412  transcription factor CarD  70.59 
 
 		 283 aa  257  8e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.595911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1371  transcriptional regulator, CarD family  68.48 
 
 		 456 aa  257  8e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.401785 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7543  CarD family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 278 aa  254  9e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.330727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0548  CarD family transcriptional regulator  67.4 
 
 		 365 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.300109  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0551  CarD family transcriptional regulator  69.19 
 
 		 429 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0207185  normal  0.0758016 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0507  CarD family transcriptional regulator  65.75 
 
 		 259 aa  251  8.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0122387  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0123  CarD family transcriptional regulator  65.43 
 
 		 192 aa  251  9.000000000000001e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0489  transcriptional regulator, CarD family  67.23 
 
 		 278 aa  249  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1694  CarD family transcriptional regulator  66.29 
 
 		 350 aa  239  2.9999999999999997e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.132221 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4112  CarD family transcriptional regulator  63.92 
 
 		 170 aa  216  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00258914  normal  0.616295 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1825  CarD family transcriptional regulator  66.03 
 
 		 169 aa  210  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  unclonable  0.00000000000495809  normal  0.361852 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0576  CarD family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 169 aa  209  2e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.0000000000504519  unclonable  0.0000000218406 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0786  transcriptional regulator  63.75 
 
 		 170 aa  207  7e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.000100342  normal  0.0526342 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2425  CarD family transcriptional regulator  64.74 
 
 		 169 aa  206  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.0000259686  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1089  CarD family transcriptional regulator  64.74 
 
 		 169 aa  206  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1557  CarD family transcriptional regulator  64.74 
 
 		 169 aa  206  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0486007  normal  0.568097 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2296  CarD family transcriptional regulator  61.88 
 
 		 169 aa  205  5e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000229013  normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3308  CarD family transcriptional regulator  65.81 
 
 		 172 aa  204  1e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000178714  normal  0.0560372 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0124  CarD family transcriptional regulator  59.6 
 
 		 174 aa  194  7e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3537  CarD family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 172 aa  191  6e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.92305  normal  0.183465 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0247  CarD family transcriptional regulator  58.44 
 
 		 175 aa  190  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.246568 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3091  CarD family transcriptional regulator  57.05 
 
 		 266 aa  177  8e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0079  CarD family transcriptional regulator  53.8 
 
 		 165 aa  177  9e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0077  transcriptional regulator, CarD family  47.86 
 
 		 196 aa  137  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.449378  hitchhiker  0.00491109 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0104  putative transcriptional regulator  35.48 
 
 		 161 aa  103  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0185  CarD family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 158 aa  102  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164199  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3655  CarD family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 159 aa  97.8  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000563805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2498  CarD family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 171 aa  94.4  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.860997  hitchhiker  0.00028149 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1271  CarD family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 171 aa  93.6  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0355661  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2685  transcriptional regulator, CarD family  32.21 
 
 		 171 aa  93.6  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.000114953  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2592  transcriptional regulator, CarD family  32.21 
 
 		 171 aa  93.6  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0112448  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1455  transcriptional regulator, CarD family  32.43 
 
 		 171 aa  90.1  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000871292  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0259  transcriptional regulator, CarD family  31.37 
 
 		 158 aa  89.7  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000116082  normal  0.0229238 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1561  CarD family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 171 aa  89.7  3e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0294353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2907  CarD family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 160 aa  87.8  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00900  transcriptional regulator, CarD family  28.12 
 
 		 176 aa  87.4  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.92061e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0392  transcriptional regulator, CarD family  31.39 
 
 		 158 aa  87.8  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000362697  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0184  CarD family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 158 aa  87  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000461905  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0490  transcriptional regulator, CarD family  32.17 
 
 		 171 aa  85.5  6e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00257809 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2489  CarD family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 158 aa  85.1  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00883814  normal  0.0681247 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2940  CarD family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 158 aa  85.1  7e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4319  transcriptional regulator, CarD family  31.82 
 
 		 160 aa  84.7  9e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3676  CarD family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 158 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3388  CarD family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 159 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0601  transcriptional regulator, CarD family  31.85 
 
 		 162 aa  83.6  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.251005  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2821  CarD family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 188 aa  83.6  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000911518  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2164  transcriptional regulator, CarD family  29.93 
 
 		 153 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1065  CarD family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 153 aa  82  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0695746  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3335  CarD family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 158 aa  82  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.512684  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5340  CarD family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 162 aa  82  0.000000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0651  transcriptional regulator, CarD family  31.65 
 
 		 160 aa  81.6  0.000000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.058243  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0703  transcriptional regulator, CarD family  31.21 
 
 		 160 aa  81.6  0.000000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0540347  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2290  transcriptional regulator, putative  32.05 
 
 		 208 aa  81.3  0.00000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4740  CarD family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 162 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4826  CarD family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 162 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.652741  normal  0.999363 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5126  CarD family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 162 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.593452 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1444  CarD family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 162 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.250117 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0399  transcriptional regulator, CarD family  34.42 
 
 		 159 aa  80.9  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00433509  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0751  transcriptional_regulator  33.95 
 
 		 197 aa  80.9  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.024387  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0501  CarD family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 163 aa  80.9  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0676  transcriptional regulator, CarD family  30.77 
 
 		 176 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000026469  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4262  transcription factor CarD  30.72 
 
 		 161 aa  80.5  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.102192 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4692  CarD family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 161 aa  80.5  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.372756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0164  transcriptional regulator, CarD family  27.63 
 
 		 161 aa  80.5  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.475576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0842  transcriptional regulator, CarD family  30.23 
 
 		 174 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000502927  normal  0.471539 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0364  transcriptional regulator, CarD family  31.85 
 
 		 162 aa  80.5  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.376987  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4522  transcriptional regulator, CarD family  28.08 
 
 		 162 aa  79.7  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.76792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2129  CarD family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 171 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000417327  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35090  transcriptional regulator, CarD family  31.76 
 
 		 163 aa  80.1  0.00000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.86286 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0963  CarD family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 160 aa  79.7  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13616  transcription factor  29.3 
 
 		 162 aa  79.7  0.00000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.392977 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0970  transcription factor CarD  27.85 
 
 		 162 aa  79  0.00000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0421613  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3756  transcriptional regulator, CarD family  27.89 
 
 		 158 aa  78.6  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2880  CarD family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 158 aa  78.2  0.00000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1687  transcriptional regulator, CarD family  31.39 
 
 		 171 aa  77.8  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.613225  normal  0.385121 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3401  CarD family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 158 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0142  transcriptional regulator, CarD family  28.48 
 
 		 161 aa  77.8  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.432895  normal  0.208842 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4255  CarD family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 160 aa  77.8  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03720  transcriptional regulator, CarD family  29.05 
 
 		 160 aa  78.2  0.0000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.178862 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0362  CarD family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 160 aa  77.8  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0755625  hitchhiker  0.00187432 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3681  transcriptional regulator, CarD family  28.57 
 
 		 158 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0786327  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0598  CarD-like protein  31.84 
 
 		 198 aa  77.8  0.0000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.80876 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0866  transcriptional regulator, CarD family  31.08 
 
 		 160 aa  78.2  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.795809 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>