153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0598 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0598  CarD-like protein  100 
 
 		 198 aa  394  1e-109  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.80876 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0751  transcriptional_regulator  80.81 
 
 		 197 aa  318  3e-86  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.024387  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0703  transcriptional regulator, CarD family  61.78 
 
 		 160 aa  188  4e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0540347  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0963  CarD family transcriptional regulator  61.15 
 
 		 160 aa  187  5.999999999999999e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2907  CarD family transcriptional regulator  60.51 
 
 		 160 aa  186  3e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0773  transcriptional regulator, CarD family  62.42 
 
 		 160 aa  184  5e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.164526  normal  0.216229 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31820  transcriptional regulator, CarD family  60.51 
 
 		 160 aa  182  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09270  transcriptional regulator, CarD family  59.87 
 
 		 160 aa  181  5.0000000000000004e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4319  transcriptional regulator, CarD family  60.51 
 
 		 160 aa  181  6e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2077  transcriptional regulator, CarD family  59.24 
 
 		 161 aa  181  6e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.90671  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0501  CarD family transcriptional regulator  57.96 
 
 		 163 aa  179  2e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13616  transcription factor  57.96 
 
 		 162 aa  179  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.392977 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1444  CarD family transcriptional regulator  57.32 
 
 		 162 aa  178  4e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.250117 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0898  transcriptional regulator, CarD family  59.87 
 
 		 160 aa  178  4e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00538334 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5340  CarD family transcriptional regulator  57.32 
 
 		 162 aa  178  4.999999999999999e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2959  transcriptional regulator, CarD family  57.96 
 
 		 160 aa  177  9e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0852  transcriptional regulator, CarD family  58.6 
 
 		 160 aa  176  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0726  CarD family transcriptional regulator  58.6 
 
 		 160 aa  176  2e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0364  transcriptional regulator, CarD family  58.6 
 
 		 162 aa  176  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.376987  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4740  CarD family transcriptional regulator  56.69 
 
 		 162 aa  175  3e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4826  CarD family transcriptional regulator  56.69 
 
 		 162 aa  175  3e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.652741  normal  0.999363 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5126  CarD family transcriptional regulator  56.69 
 
 		 162 aa  175  3e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.593452 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35090  transcriptional regulator, CarD family  57.32 
 
 		 163 aa  174  7e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.86286 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03770  transcriptional regulator, CarD family  58.6 
 
 		 160 aa  174  7e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0832449  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4255  CarD family transcriptional regulator  57.32 
 
 		 160 aa  174  9e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0362  CarD family transcriptional regulator  57.32 
 
 		 160 aa  174  9e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0755625  hitchhiker  0.00187432 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0651  transcriptional regulator, CarD family  57.96 
 
 		 160 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.058243  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0866  transcriptional regulator, CarD family  57.32 
 
 		 160 aa  171  5e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.795809 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0601  transcriptional regulator, CarD family  56.05 
 
 		 162 aa  171  9e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.251005  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03720  transcriptional regulator, CarD family  57.32 
 
 		 160 aa  169  2e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.178862 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0663  transcriptional regulator, CarD family  58.6 
 
 		 160 aa  168  4e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.471723  hitchhiker  0.000789071 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4262  transcription factor CarD  54.78 
 
 		 161 aa  162  2.0000000000000002e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.102192 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4692  CarD family transcriptional regulator  54.78 
 
 		 161 aa  162  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.372756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4040  CarD family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 161 aa  162  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0142  transcriptional regulator, CarD family  54.14 
 
 		 161 aa  162  3e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.432895  normal  0.208842 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0078  CarD family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 160 aa  155  4e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.805764 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0970  transcription factor CarD  49.04 
 
 		 162 aa  155  4e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0421613  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8145  transcriptional regulator, CarD family  50.96 
 
 		 160 aa  145  5e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0184  CarD family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 158 aa  131  7.999999999999999e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000461905  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0185  CarD family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 158 aa  130  9e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164199  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0399  transcriptional regulator, CarD family  43.23 
 
 		 159 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00433509  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1901  transcriptional regulator, CarD family  44.1 
 
 		 159 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.488949  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00900  transcriptional regulator, CarD family  41.29 
 
 		 176 aa  127  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.92061e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0340  transcriptional regulator, CarD family  40.4 
 
 		 159 aa  122  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.18012  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2489  CarD family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 158 aa  122  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00883814  normal  0.0681247 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0259  transcriptional regulator, CarD family  40.65 
 
 		 158 aa  121  8e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000116082  normal  0.0229238 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0392  transcriptional regulator, CarD family  41.38 
 
 		 158 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000362697  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2940  CarD family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 158 aa  119  3.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1687  transcriptional regulator, CarD family  42.55 
 
 		 171 aa  118  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.613225  normal  0.385121 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0164  transcriptional regulator, CarD family  39.87 
 
 		 161 aa  115  3e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.475576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3388  CarD family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 159 aa  115  5e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4857  CarD family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 164 aa  112  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4851  transcriptional regulator, CarD family  37.01 
 
 		 164 aa  112  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.906261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4447  CarD family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 164 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.948938  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4465  CarD family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 164 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4833  transcriptional regulator, CarD family  36.36 
 
 		 164 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3655  CarD family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 159 aa  106  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000563805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4827  transcriptional regulator, CarD family  37.66 
 
 		 164 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4546  CarD family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 159 aa  104  8e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1271  CarD family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0355661  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2592  transcriptional regulator, CarD family  40.38 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0112448  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2685  transcriptional regulator, CarD family  40.38 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.000114953  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0409  transcriptional regulator, CarD family  37.01 
 
 		 164 aa  104  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3335  CarD family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 158 aa  103  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.512684  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0173  transcriptional regulator, CarD family  33.96 
 
 		 159 aa  103  2e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2498  CarD family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 171 aa  102  4e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.860997  hitchhiker  0.00028149 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3676  CarD family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 158 aa  101  8e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2821  CarD family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 188 aa  101  8e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000911518  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0553  CarD family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 186 aa  99.4  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.106892 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3756  transcriptional regulator, CarD family  36.05 
 
 		 158 aa  97.8  8e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4611  CarD family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 153 aa  97.8  9e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4967  CarD family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 148 aa  97.8  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0352786  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1560  transcriptional regulator, CarD family  35.37 
 
 		 158 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.879343  normal  0.22005 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1065  CarD family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 153 aa  95.5  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0695746  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1245  transcriptional regulator, CarD family  32.08 
 
 		 168 aa  95.1  6e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000622315  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3438  CarD family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 158 aa  94.7  8e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.270269  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3350  CarD family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 158 aa  94.7  8e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3708  CarD family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 158 aa  94.7  8e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.672649  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3658  transcriptional regulator, CarD family  35.37 
 
 		 158 aa  94.7  8e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3401  CarD family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 158 aa  94.4  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4522  transcriptional regulator, CarD family  36.08 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.76792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3681  transcriptional regulator, CarD family  35.37 
 
 		 158 aa  94.4  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0786327  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0104  putative transcriptional regulator  36.91 
 
 		 161 aa  89  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2164  transcriptional regulator, CarD family  33.33 
 
 		 153 aa  87  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2880  CarD family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 158 aa  85.1  5e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0124  CarD family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 174 aa  84  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2425  CarD family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 169 aa  81.3  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.0000259686  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1089  CarD family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 169 aa  81.3  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1557  CarD family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 169 aa  81.3  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0486007  normal  0.568097 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0247  CarD family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 175 aa  80.9  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.246568 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3537  CarD family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 172 aa  80.5  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.92305  normal  0.183465 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4352  transcriptional regulator CarD family  31.84 
 
 		 223 aa  77.8  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0786  transcriptional regulator  34.81 
 
 		 170 aa  77.4  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.000100342  normal  0.0526342 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3308  CarD family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 172 aa  76.6  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000178714  normal  0.0560372 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4143  transcriptional regulator, CarD family  31.93 
 
 		 190 aa  77  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0239678  normal  0.0810654 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3379  CarD family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 190 aa  76.6  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000818177  n/a   
 
 
 
NC_008686  Pden_1825  CarD family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 169 aa  76.6  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  unclonable  0.00000000000495809  normal  0.361852 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0187  CarD family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 206 aa  77  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3814  transcriptional regulator, CarD family  31.93 
 
 		 190 aa  77  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1516  transcriptional regulator, CarD family  30.97 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>