284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3674 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_3674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
1075 aa  2221    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3538  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  94.27 
 
 
1082 aa  2086    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0228194  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3666  Type I site-specific deoxyribonuclease  97.96 
 
 
881 aa  1761    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.616224  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01119  type I restriction enzyme, R subunit  70.82 
 
 
1174 aa  1473    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4084  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  93.12 
 
 
1061 aa  2031    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1962  type I site-specific restriction-modification system R subunit  54.47 
 
 
1095 aa  1155    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1913  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  62.42 
 
 
1039 aa  1283    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0328667 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4384  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  83.54 
 
 
1061 aa  1856    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4164  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  90.44 
 
 
1076 aa  1995    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160364 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03160  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  56.85 
 
 
1077 aa  1228    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000937778 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0559  type I site-specific deoxyribonuclease, restriction subunit  32.44 
 
 
1066 aa  369  1e-100  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.193671  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2474  type I restriction-modification system, R subunit  32.56 
 
 
930 aa  365  3e-99  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.081777  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0180  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.15 
 
 
929 aa  352  1e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.634319  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0185  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.15 
 
 
929 aa  352  1e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0747  type I restriction-modification system restriction subunit  29.2 
 
 
996 aa  345  2.9999999999999997e-93  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0448  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  33.33 
 
 
872 aa  328  3e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0363122  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2398  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.66 
 
 
1015 aa  322  1.9999999999999998e-86  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.632036  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2726  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.82 
 
 
1041 aa  320  1e-85  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0897  HsdR-like, putative type I restriction deoxyribonuclease  31.61 
 
 
1294 aa  318  4e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0134  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.84 
 
 
1015 aa  315  1.9999999999999998e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.363012 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3349  type I restriction-modification system R subunit  32.01 
 
 
963 aa  303  1e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.531995  normal  0.015033 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3955  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.73 
 
 
1042 aa  301  5e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1410  type I restriction enzyme EcoR124II R protein (R.EcoR124II)  31.24 
 
 
1031 aa  300  1e-79  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.643236  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1853  type I restriction enzyme EcoR124II R protein  30.87 
 
 
989 aa  299  2e-79  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3473  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.89 
 
 
1037 aa  299  2e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0082  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.59 
 
 
1014 aa  298  3e-79  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0348133  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3553  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.86 
 
 
984 aa  296  1e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1501  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.93 
 
 
1034 aa  296  1e-78  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.573056  normal  0.735582 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1956  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family protein  31.77 
 
 
1037 aa  296  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160894  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3053  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.87 
 
 
1038 aa  295  4e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1107  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.89 
 
 
1013 aa  294  5e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.54 
 
 
1016 aa  290  8e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831432  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.87 
 
 
1033 aa  290  1e-76  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0502  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.67 
 
 
1015 aa  290  1e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.840857 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2381  type I restriction-modification system, R subunit  30.1 
 
 
1032 aa  289  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2012  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.1 
 
 
1032 aa  289  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0775  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.61 
 
 
1041 aa  287  5.999999999999999e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0447  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.1 
 
 
989 aa  287  7e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.926177  hitchhiker  0.0000000581329 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1841  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.48 
 
 
953 aa  285  3.0000000000000004e-75  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1215  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.86 
 
 
990 aa  285  4.0000000000000003e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4396  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.79 
 
 
1038 aa  284  5.000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.806316  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0929  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.89 
 
 
990 aa  283  9e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.379173  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1088  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.19 
 
 
1025 aa  283  1e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0870888  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5242  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.07 
 
 
974 aa  281  5e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2179  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.37 
 
 
1007 aa  274  7e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2271  type I restriction-modification system endonuclease  29.91 
 
 
1009 aa  266  1e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0743  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.04 
 
 
999 aa  233  1e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.575824  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.45 
 
 
1023 aa  186  2.0000000000000003e-45  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.88 
 
 
1030 aa  181  5.999999999999999e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.54 
 
 
1027 aa  176  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.37 
 
 
1031 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.18 
 
 
1055 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.39 
 
 
1024 aa  164  8.000000000000001e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1775  type I restriction-modification system restriction subunit  25.6 
 
 
1041 aa  160  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.11 
 
 
1027 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4621  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.13 
 
 
1028 aa  159  3e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.250071 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0245  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.38 
 
 
1038 aa  157  1e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.97 
 
 
1054 aa  155  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2197  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.95 
 
 
1063 aa  149  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.511328  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0366  type I restriction-modification system, R subunit  24.11 
 
 
1039 aa  143  9.999999999999999e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0430  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.88 
 
 
1030 aa  139  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.62 
 
 
1067 aa  134  6.999999999999999e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01117  type I restriction enzyme, R subunit  85.53 
 
 
81 aa  134  7.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  22.77 
 
 
995 aa  132  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  23.86 
 
 
1069 aa  132  5.0000000000000004e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  23.5 
 
 
967 aa  130  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  23.5 
 
 
967 aa  130  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  22.77 
 
 
1000 aa  129  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.82 
 
 
1053 aa  128  7e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.44 
 
 
993 aa  127  9e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.08 
 
 
1040 aa  125  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.31 
 
 
1044 aa  125  3e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.85 
 
 
981 aa  124  9.999999999999999e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.89 
 
 
1070 aa  123  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.31 
 
 
1041 aa  123  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.17 
 
 
1034 aa  123  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.64 
 
 
1044 aa  122  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.15 
 
 
1087 aa  122  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.57 
 
 
1042 aa  121  7e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.13 
 
 
1067 aa  121  7.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  22.91 
 
 
1035 aa  119  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  24.37 
 
 
1059 aa  120  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.78 
 
 
986 aa  119  3e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.17 
 
 
1089 aa  118  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.65 
 
 
973 aa  118  6e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.301095 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0841  type I restriction-modification system, R subunit  31.65 
 
 
973 aa  118  6e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.6 
 
 
1068 aa  118  6e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.74 
 
 
1061 aa  118  6e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.1 
 
 
1111 aa  117  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.74 
 
 
1084 aa  117  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4011  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.23 
 
 
1110 aa  116  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.724918 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.68 
 
 
979 aa  117  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.43 
 
 
1084 aa  115  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.81 
 
 
1010 aa  116  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  22.99 
 
 
1045 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2218  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.17 
 
 
975 aa  115  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1156  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.14 
 
 
974 aa  115  6e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.159677  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  22.8 
 
 
1072 aa  115  6e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2281  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.32 
 
 
986 aa  115  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.45 
 
 
1029 aa  115  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>