More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6056 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6056  cobalamin synthesis protein P47K  100 
 
 		 345 aa  692    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2744  cobalamin synthesis protein, P47K  47.56 
 
 		 328 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11430  cobalamin biosynthesis CobW-like domain protein  42.86 
 
 		 417 aa  243  3e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.717633  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1926  cobalamin synthesis protein P47K  45.43 
 
 		 390 aa  241  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal  0.165005 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0903  cobalamin synthesis protein P47K  39.67 
 
 		 382 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4198  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  41.79 
 
 		 335 aa  235  9e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2035  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.11 
 
 		 390 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1957  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  40.29 
 
 		 386 aa  234  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1368  cobalamin synthesis protein P47K  41.55 
 
 		 408 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.389271 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3932  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  42.35 
 
 		 335 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134364 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5884  hypothetical protein  40.61 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5963  cobalamin synthesis protein P47K  41.42 
 
 		 372 aa  232  7.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.103061  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5645  cobalamin synthesis protein P47K  41.9 
 
 		 337 aa  229  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.354851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1336  cobalamin synthesis protein P47K  41.89 
 
 		 407 aa  229  6e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4357  cobalamin synthesis protein, P47K  40.29 
 
 		 419 aa  228  1e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0359  cobalamin synthesis protein P47K  43.24 
 
 		 387 aa  226  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.167251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1230  cobalamin synthesis protein, P47K  39.31 
 
 		 340 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.312902 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2384  cobalamin synthesis protein P47K  44.41 
 
 		 364 aa  225  7e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00979398  hitchhiker  0.00264822 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3607  cobalamin synthesis protein P47K  37.33 
 
 		 394 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2571  cobalamin synthesis protein P47K  40.41 
 
 		 382 aa  224  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0868503  normal  0.334928 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1001  cobalamin synthesis protein, P47K  38.24 
 
 		 337 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0557  cobalamin synthesis protein P47K  42.77 
 
 		 470 aa  222  9.999999999999999e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0507  cobalamin synthesis protein P47K  38.78 
 
 		 377 aa  218  7.999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3895  cobalamin synthesis protein P47K  36.94 
 
 		 391 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00307533 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4831  cobalamin synthesis protein, P47K  36.13 
 
 		 350 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.293757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  34.8 
 
 		 347 aa  205  8e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.107913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5629  cobalamin synthesis protein P47K  38.86 
 
 		 361 aa  205  8e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.431844  normal  0.176187 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5439  cobalamin synthesis protein P47K  43.94 
 
 		 367 aa  205  9e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.231076  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1219  cobalamin synthesis protein P47K  43.96 
 
 		 366 aa  204  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.338424 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2035  cobalamin synthesis protein P47K  38.84 
 
 		 331 aa  202  5e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0929  cobalamin synthesis protein P47K  35.65 
 
 		 349 aa  202  7e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1380  cobalamin synthesis protein P47K  43.44 
 
 		 366 aa  202  8e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0678447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0846  cobalamin synthesis protein, P47K  34.96 
 
 		 353 aa  202  9e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.136084 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2534  cobW protein  39.02 
 
 		 349 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.132259  normal  0.646517 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2088  cobalamin synthesis protein P47K  37.04 
 
 		 364 aa  201  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0467724 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3286  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.83 
 
 		 316 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0917  cobalamin synthesis protein, CobW  34.56 
 
 		 350 aa  200  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.191872  normal  0.446046 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0611  cobalamin synthesis protein P47K  36.39 
 
 		 332 aa  199  9e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.71741  normal  0.0611069 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3468  cobalamin synthesis protein, P47K  33.05 
 
 		 355 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.246587  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2023  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.02 
 
 		 316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1849  cobalamin synthesis protein  33.12 
 
 		 316 aa  197  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.443827  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0291  cobalamin synthesis protein P47K  34.91 
 
 		 328 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2101  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.12 
 
 		 316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1524  cobalamin synthesis protein P47K  32.01 
 
 		 319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2134  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.12 
 
 		 316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1879  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.81 
 
 		 319 aa  196  6e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2021  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.81 
 
 		 316 aa  196  6e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.53794  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1883  cobalamin synthesis protein P47K  33.02 
 
 		 316 aa  196  6e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.327033  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  36.56 
 
 		 320 aa  196  7e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0756  cobalamin synthesis protein, CobW  33.52 
 
 		 353 aa  195  9e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1833  cobalamin synthesis protein  33.12 
 
 		 319 aa  194  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2056  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  32.81 
 
 		 316 aa  194  1e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1342  putative cobalamin synthesis protein/P47K family protein  33.62 
 
 		 345 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3058  cobalamin synthesis protein, P47K  40.13 
 
 		 350 aa  194  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.408914  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3179  cobalamin synthesis protein, P47K  38.86 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.250696  normal  0.0623064 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3429  cobalamin synthesis protein, P47K  34.12 
 
 		 350 aa  193  5e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  0.828912 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1160  cobalamin synthesis protein, P47K  36.1 
 
 		 420 aa  192  9e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3834  cobalamin synthesis protein P47K  35.91 
 
 		 343 aa  191  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0807  cobalamin synthesis protein, P47K  33.43 
 
 		 359 aa  191  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.591841  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3425  cobalamin synthesis protein, P47K  33.71 
 
 		 361 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0953309  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4060  hypothetical protein  50.83 
 
 		 395 aa  190  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1611  cobalamin synthesis protein/P47K  50.99 
 
 		 366 aa  189  5e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0929  low affinity zinc transport membrane protein  34.63 
 
 		 343 aa  189  7e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3685  cobalamin synthesis protein P47K  34.65 
 
 		 335 aa  188  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.444598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4562  cobalamin synthesis protein P47K  36.86 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00110113 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  34.95 
 
 		 326 aa  185  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1229  cobalamin synthesis protein, P47K  34.62 
 
 		 335 aa  183  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0962  putative GTP-binding protein YjiA  37.06 
 
 		 322 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.177818  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0674  ATP/GTP binding protein  31.52 
 
 		 355 aa  182  1e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.499704  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0904  cobalamin synthesis protein P47K  33.05 
 
 		 349 aa  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  33.05 
 
 		 356 aa  181  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1159  cobalamin synthesis protein P47K  53.3 
 
 		 375 aa  181  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.561816 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2305  cobalamin synthesis protein, P47K  37.8 
 
 		 329 aa  181  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.394905  normal  0.267702 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1304  cobalamin synthesis protein, P47K  33.74 
 
 		 320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.405141  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4881  cobalamin synthesis protein/P47K  35.83 
 
 		 323 aa  180  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3386  hypothetical protein  34.12 
 
 		 347 aa  180  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  32.22 
 
 		 323 aa  179  4.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4501  cobalamin synthesis protein, P47K  34.76 
 
 		 325 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0800  cobalamin synthesis protein P47K  34.45 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1778  cobalamin synthesis protein P47K  34.15 
 
 		 328 aa  178  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468449  normal  0.647209 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2114  cobalamin synthesis protein P47K  34.15 
 
 		 328 aa  178  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.56186 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0231  cobalamin synthesis protein P47K  55.42 
 
 		 377 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.856785  normal  0.0246685 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4639  CobW/P47K family protein  34.45 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0960  putative GTP-binding protein YjiA  36 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1731  cobalamin synthesis protein P47K  34.15 
 
 		 329 aa  178  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1456  cobalamin synthesis protein P47K  31.68 
 
 		 384 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4710  cobalamin synthesis protein P47K  32.86 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.149594 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1732  cobalamin synthesis protein P47K  33.43 
 
 		 352 aa  177  3e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1063  cobalamin synthesis protein, P47K  32.16 
 
 		 352 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2015  cobalamin synthesis protein, P47K  32.1 
 
 		 353 aa  177  3e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0196  cobalamin synthesis protein P47K  32.04 
 
 		 364 aa  176  6e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174465  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3224  putative GTP-binding protein YjiA  33.54 
 
 		 328 aa  176  7e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0778191  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3384  cobalamin synthesis protein P47K  30.81 
 
 		 360 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162909  normal  0.200467 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4271  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  35.15 
 
 		 325 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.47943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4377  hypothetical protein  31.75 
 
 		 363 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0987  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  31.69 
 
 		 374 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.32175  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0072  cobalamin synthesis protein P47K  32.13 
 
 		 362 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3796  hypothetical protein  31.28 
 
 		 365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.213041  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2842  cobalamin synthesis protein, P47K  32.21 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3439  cobalamin synthesis protein, P47K  32.94 
 
 		 351 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.745732  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>