More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6009 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6009  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
318 aa  608  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.82 
 
 
321 aa  207  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000414077  hitchhiker  0.00173265 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
319 aa  203  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  37.99 
 
 
313 aa  199  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
334 aa  195  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
320 aa  195  1e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 
316 aa  192  4e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0880861  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  37.42 
 
 
315 aa  191  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.23 
 
 
322 aa  189  8e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.23 
 
 
322 aa  189  8e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.23 
 
 
322 aa  189  8e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
313 aa  188  1e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
315 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  38.91 
 
 
336 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  38.91 
 
 
336 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.965219  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.6 
 
 
336 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
333 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.581434  normal  0.900579 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  38.6 
 
 
336 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  38.3 
 
 
336 aa  182  7e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.39 
 
 
336 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.39 
 
 
336 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.350596  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  38.55 
 
 
336 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
316 aa  179  4e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
313 aa  179  7e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0546452  normal  0.293815 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  38.55 
 
 
336 aa  179  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.99 
 
 
336 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  38.14 
 
 
337 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
334 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
337 aa  177  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.678107  normal  0.316578 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  36.2 
 
 
339 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  35.88 
 
 
339 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  35.88 
 
 
339 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.42 
 
 
316 aa  175  9.999999999999999e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00994535  normal  0.14386 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  35.88 
 
 
339 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  35.88 
 
 
339 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3636  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
334 aa  175  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.273901  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  34.13 
 
 
336 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6075  nickel transporter permease NikB  37.7 
 
 
319 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  35.59 
 
 
339 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  35.59 
 
 
339 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  35.59 
 
 
339 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  35.59 
 
 
339 aa  172  6.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  35.59 
 
 
339 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  35.59 
 
 
339 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  35.59 
 
 
339 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  35.59 
 
 
339 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  35.59 
 
 
381 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.97 
 
 
313 aa  171  1e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00112579 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.78 
 
 
332 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3714  nickel ABC transporter permease(nikB)  36.69 
 
 
315 aa  170  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
334 aa  171  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
314 aa  171  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  35.9 
 
 
327 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
316 aa  170  3e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.585262  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.43 
 
 
345 aa  169  4e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.16813  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  35 
 
 
339 aa  169  4e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.28 
 
 
337 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.298379  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1866  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  35.37 
 
 
306 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal  0.486498 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
318 aa  169  8e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
312 aa  168  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0169288  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.42 
 
 
315 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.24114  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.62 
 
 
334 aa  167  1e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751345  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  32.74 
 
 
339 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4050  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.66 
 
 
337 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.208624  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.99 
 
 
313 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6476  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  37.5 
 
 
316 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.348696  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  32.74 
 
 
339 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.49 
 
 
335 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  34.85 
 
 
334 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.46 
 
 
314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  33.33 
 
 
339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  36.83 
 
 
336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
315 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0708639  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  33.82 
 
 
335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  34.7 
 
 
317 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4455  opine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  34.19 
 
 
313 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000539356 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  33.04 
 
 
339 aa  166  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
314 aa  166  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  33.04 
 
 
339 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.92 
 
 
320 aa  166  5.9999999999999996e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  35.37 
 
 
306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  36.03 
 
 
306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  36.03 
 
 
306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.7 
 
 
317 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.39 
 
 
306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19550  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  35.67 
 
 
336 aa  165  8e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  36.83 
 
 
336 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  36.83 
 
 
336 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
306 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
316 aa  165  9e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  36.83 
 
 
336 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
306 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  35.37 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>