More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5866 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5866  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  607  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5443  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 311 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.261718  normal  0.0544957 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5385  transcriptional regulator, LysR family  59.47 
 
 		 313 aa  350  1e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.121363 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1221  LysR family transcriptional regulator  59.14 
 
 		 313 aa  349  4e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.301941 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6811  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 309 aa  295  5e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.659925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 328 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4168  putative transcriptional regulator  32.18 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.399858 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4119  putative transcriptional regulator  32.18 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.721357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4046  putative transcriptional regulator  32.29 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 298 aa  133  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 307 aa  132  9e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1784  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.132591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.72 
 
 		 302 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  29.21 
 
 		 297 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4404  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  30.45 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  30.45 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  30.45 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  30.45 
 
 		 308 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  30.45 
 
 		 308 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.93 
 
 		 304 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  28.08 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 315 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 307 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2936  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 311 aa  109  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00477843  normal  0.111677 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  31.45 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 313 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000841101  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  29.41 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000658143  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 307 aa  106  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000981621  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000010142  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 308 aa  105  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 308 aa  105  7e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 308 aa  105  7e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000201069  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4616  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 298 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  29.04 
 
 		 305 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  24.4 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  24.4 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>