More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A4119 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A4119  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  624  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.721357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4168  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  624  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.399858 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4046  putative transcriptional regulator  97.65 
 
 		 298 aa  611  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 328 aa  185  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6811  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 309 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.659925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5866  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5443  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 311 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.261718  normal  0.0544957 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 309 aa  139  7e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5385  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.121363 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1221  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.301941 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  27.84 
 
 		 297 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2536  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 311 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.481736 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 321 aa  122  7e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 300 aa  122  9e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 317 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 307 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 307 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  26.78 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.98 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  26.44 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5388  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  28.77 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  28.11 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 306 aa  113  5e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  25.6 
 
 		 298 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4078  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2043  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 305 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  26.77 
 
 		 310 aa  109  5e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4404  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 308 aa  108  9.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  26.2 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 364 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 298 aa  105  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.3 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  26.78 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.21 
 
 		 304 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  27.18 
 
 		 308 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  27.18 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 322 aa  102  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  27.18 
 
 		 308 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  27.18 
 
 		 308 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 296 aa  102  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  27.18 
 
 		 308 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 312 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1784  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.132591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1817  LysR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 296 aa  99.4  6e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>