99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4887 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4887  protein of unknown function DUF6 transmembrane  100 
 
 		 283 aa  530  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0240  hypothetical protein  69.96 
 
 		 280 aa  330  2e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.904701 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0311  hypothetical protein  69.96 
 
 		 314 aa  327  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.012738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1560  hypothetical protein  71.23 
 
 		 282 aa  306  3e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00112464 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0343  hypothetical protein  60.9 
 
 		 289 aa  263  2e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.99772  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2587  hypothetical protein  44.37 
 
 		 284 aa  182  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0450  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.267531  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2060  hypothetical protein  45.29 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267021  hitchhiker  0.00448812 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3584  protein of unknown function DUF6 transmembrane  40.77 
 
 		 295 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151305 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3580  hypothetical protein  42.25 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122357  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5123  hypothetical protein  44.25 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.142445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0394  hypothetical protein  43.41 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.236549  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0304  hypothetical protein  43.58 
 
 		 290 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3690  hypothetical protein  38.89 
 
 		 288 aa  158  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2554  hypothetical protein  39.65 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3877  protein of unknown function DUF6 transmembrane  39.3 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0848809 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5668  hypothetical protein  37.11 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3079  hypothetical protein  38.99 
 
 		 296 aa  152  8e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.334626  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0506  hypothetical protein  41.05 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0252698 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4039  Premeases of the drub/metabolic transporter protein  40.86 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3062  hypothetical protein  38.76 
 
 		 288 aa  142  5e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.161297  normal  0.319648 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7612  hypothetical protein  39.62 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236304  normal  0.110479 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4998  hypothetical protein  37.24 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.390809  normal  0.999953 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0534  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.02 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0507  hypothetical protein  42.8 
 
 		 289 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.402835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6084  hypothetical protein  37.89 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6429  hypothetical protein  37.89 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1798  hypothetical protein  34.87 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3738  hypothetical protein  43.8 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0186  hypothetical protein  30.6 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3144  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.62 
 
 		 281 aa  73.2  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000163961  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1646  hypothetical protein  27.3 
 
 		 321 aa  68.9  0.00000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.866595  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3219  hypothetical protein  40.76 
 
 		 273 aa  66.2  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.759716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2825  hypothetical protein  27.7 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.693217  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2512  integral membrane domain-containing protein  29.35 
 
 		 303 aa  58.5  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.106417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0400  hypothetical protein  32.39 
 
 		 328 aa  57.4  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.552264  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0384  hypothetical protein  27.52 
 
 		 302 aa  57  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.128804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3856  hypothetical protein  27.69 
 
 		 302 aa  55.1  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1143  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.48 
 
 		 292 aa  54.7  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0271281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1406  hypothetical protein  25.38 
 
 		 324 aa  53.5  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.520748  normal  0.479385 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00560  permease  25.62 
 
 		 302 aa  53.1  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1754  hypothetical protein  28.38 
 
 		 319 aa  52.4  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302164  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2435  hypothetical protein  26.13 
 
 		 303 aa  51.2  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0230  hypothetical protein  36.03 
 
 		 299 aa  50.4  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.331874 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1951  hypothetical protein  28.5 
 
 		 308 aa  49.3  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0393459  normal  0.0245996 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1374  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.13 
 
 		 300 aa  49.3  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124016  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1701  hypothetical protein  24.32 
 
 		 293 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.138708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1653  hypothetical protein  24.32 
 
 		 293 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2994  integral membrane protein  25.19 
 
 		 303 aa  48.5  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001929  permease  27.31 
 
 		 302 aa  48.5  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2084  hypothetical protein  24.32 
 
 		 293 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3410  hypothetical protein  27.2 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.708924  hitchhiker  0.00480919 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001475  permease  26.15 
 
 		 300 aa  47.8  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.310077  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1374  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.44 
 
 		 289 aa  48.1  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0209968 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1556  hypothetical protein  24.32 
 
 		 293 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.137384  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2175  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.99 
 
 		 293 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.233434  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2845  hypothetical protein  28.35 
 
 		 308 aa  47.8  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.244787 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05416  hypothetical protein  25 
 
 		 300 aa  47.4  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0160  hypothetical protein  31.06 
 
 		 299 aa  47.4  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01431  predicted methyl viologen efflux pump  24.12 
 
 		 274 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3388  hypothetical protein  27.98 
 
 		 321 aa  47  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1215  hypothetical protein  25.98 
 
 		 299 aa  47  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01443  hypothetical protein  24.12 
 
 		 274 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3584  hypothetical protein  25.6 
 
 		 306 aa  47  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0998298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2184  hypothetical protein  24.12 
 
 		 274 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3538  hypothetical protein  28.41 
 
 		 308 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.149446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4849  drug/metabolite transporter (DMT) superfamily permease  26.94 
 
 		 297 aa  45.8  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.551565  normal  0.306112 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.16 
 
 		 291 aa  45.8  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2972  hypothetical protein  27.37 
 
 		 311 aa  45.4  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1999  hypothetical protein  28.82 
 
 		 293 aa  45.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.355274  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0310  integral membrane protein  32.26 
 
 		 306 aa  45.4  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1021  hypothetical protein  30 
 
 		 277 aa  45.4  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3081  hypothetical protein  26.95 
 
 		 304 aa  45.4  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0349  hypothetical protein  33.93 
 
 		 343 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0361  hypothetical protein  33.93 
 
 		 343 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0539  hypothetical protein  32.43 
 
 		 512 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.44967  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1550  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.7 
 
 		 315 aa  44.7  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.213106  normal  0.0477313 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3320  hypothetical protein  28.04 
 
 		 308 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.507234  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2030  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.18 
 
 		 340 aa  44.7  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2056  hypothetical protein  25.47 
 
 		 295 aa  44.3  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1688  hypothetical protein  25.95 
 
 		 293 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0286  hypothetical protein  27.23 
 
 		 293 aa  43.9  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00960763  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0804  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.17 
 
 		 299 aa  43.9  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.297153  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0292  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.89 
 
 		 292 aa  43.9  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1041  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.68 
 
 		 308 aa  43.5  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0132992  hitchhiker  0.00000125365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1390  hypothetical protein  26.81 
 
 		 303 aa  43.5  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1593  hypothetical protein  26.34 
 
 		 307 aa  43.5  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3412  hypothetical protein  27.68 
 
 		 308 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000352453  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3804  hypothetical protein  25.48 
 
 		 331 aa  43.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2576  hypothetical protein  23.62 
 
 		 329 aa  42.7  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.398851 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0239  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.09 
 
 		 296 aa  42.7  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2070  hypothetical protein  28.18 
 
 		 297 aa  42.4  0.008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0216  hypothetical protein  33.79 
 
 		 296 aa  42.4  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.030228  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3233  hypothetical protein  26.86 
 
 		 299 aa  42.4  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1749  hypothetical protein  26.64 
 
 		 307 aa  42.4  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.880774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1026  hypothetical protein  27.41 
 
 		 295 aa  42.4  0.009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.715879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1938  hypothetical protein  23.77 
 
 		 309 aa  42.4  0.01  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.94685  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3485  hypothetical protein  27.41 
 
 		 295 aa  42  0.01  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000551734  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3357  hypothetical protein  27.8 
 
 		 295 aa  42  0.01  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000721544  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>