More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4350 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
316 aa  619  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.25 
 
 
355 aa  476  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.25 
 
 
333 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.581434  normal  0.900579 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6476  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  73.73 
 
 
316 aa  464  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.348696  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.12 
 
 
320 aa  451  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742019  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.19 
 
 
320 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.19 
 
 
336 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.5903  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.41 
 
 
318 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.13 
 
 
315 aa  360  1e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.24032  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.96 
 
 
335 aa  337  9.999999999999999e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.92 
 
 
313 aa  325  6e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5642  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  50.81 
 
 
316 aa  324  1e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1011  peptide ABC transporter, permease protein  57.05 
 
 
317 aa  322  7e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0953  peptide ABC transporter, permease protein  57.05 
 
 
317 aa  322  7e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.35 
 
 
315 aa  315  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.69 
 
 
312 aa  314  9.999999999999999e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.882657  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.3 
 
 
315 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  43.91 
 
 
314 aa  261  1e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
314 aa  254  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.95 
 
 
306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  42.31 
 
 
306 aa  253  3e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  42.31 
 
 
306 aa  253  3e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.22 
 
 
315 aa  252  5.000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  42.31 
 
 
306 aa  251  8.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
306 aa  251  8.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  42.31 
 
 
306 aa  251  8.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0388  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
315 aa  251  8.000000000000001e-66  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
306 aa  249  6e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26330  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  46.62 
 
 
315 aa  247  2e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.133391 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.91 
 
 
333 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
313 aa  243  3e-63  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
320 aa  242  5e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000183272  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
306 aa  241  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022065  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 
315 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  38.69 
 
 
337 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.42 
 
 
311 aa  240  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0078  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
315 aa  240  2.9999999999999997e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  40.3 
 
 
336 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.42 
 
 
306 aa  239  4e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.42 
 
 
306 aa  239  5e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.42 
 
 
306 aa  239  5e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.42 
 
 
306 aa  239  5e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.42 
 
 
306 aa  239  5e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  41.42 
 
 
306 aa  239  5e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.42 
 
 
306 aa  239  5e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.42 
 
 
306 aa  239  5e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
313 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  41.42 
 
 
306 aa  238  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  41.42 
 
 
306 aa  238  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  41.42 
 
 
306 aa  238  9e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  41.42 
 
 
317 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.42 
 
 
317 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
306 aa  237  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.583843  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.02 
 
 
334 aa  237  2e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
313 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  38.02 
 
 
313 aa  236  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
335 aa  236  4e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.1 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.62 
 
 
313 aa  236  5.0000000000000005e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 
324 aa  236  5.0000000000000005e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  39.7 
 
 
336 aa  235  6e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.72 
 
 
315 aa  235  6e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  39.1 
 
 
336 aa  235  6e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  39.1 
 
 
336 aa  235  7e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.56 
 
 
320 aa  235  7e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  41.1 
 
 
306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.4 
 
 
336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  41.1 
 
 
306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 
320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663455  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
314 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  40 
 
 
336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
306 aa  233  3e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0219662  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  37.01 
 
 
336 aa  233  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  39.7 
 
 
336 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
313 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
307 aa  232  5e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.17 
 
 
315 aa  233  5e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.43 
 
 
326 aa  232  5e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.467018  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
313 aa  232  6e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
313 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.58 
 
 
306 aa  232  7.000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
313 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
306 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
306 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
311 aa  231  8.000000000000001e-60  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  40.73 
 
 
339 aa  231  9e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
315 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.67 
 
 
334 aa  231  1e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.08 
 
 
314 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  39.4 
 
 
336 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.72 
 
 
334 aa  231  1e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 
313 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.4 
 
 
336 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.07 
 
 
307 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.69 
 
 
306 aa  231  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
314 aa  230  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.965219  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
322 aa  231  2e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
334 aa  230  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>