More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4296 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4296  inner-membrane translocator  100 
 
 		 289 aa  561  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0649  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.16 
 
 		 289 aa  271  7e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3731  inner-membrane translocator  46.45 
 
 		 289 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1178  inner-membrane translocator  48.57 
 
 		 288 aa  262  4e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3184  inner-membrane translocator  48.21 
 
 		 287 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.819999 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2271  inner-membrane translocator  48.57 
 
 		 289 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.921298  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3476  inner-membrane translocator  47.86 
 
 		 287 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218874 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4218  inner-membrane translocator  47.5 
 
 		 287 aa  249  5e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1587  inner-membrane translocator  43.11 
 
 		 288 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1580  inner-membrane translocator  42.76 
 
 		 288 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4558  inner-membrane translocator  42.81 
 
 		 288 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.815893  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1364  inner-membrane translocator  45.8 
 
 		 290 aa  221  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.934292 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5706  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  43.42 
 
 		 289 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.407647  normal  0.956551 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1748  inner-membrane translocator  43.36 
 
 		 290 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.294925  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4007  inner-membrane translocator  42.25 
 
 		 287 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4781  putative branched-chain amino acid ABC transport system permease  42.96 
 
 		 288 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0372095  normal  0.329091 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3383  inner-membrane translocator  41.26 
 
 		 290 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0509603 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2729  inner-membrane translocator  41.61 
 
 		 290 aa  189  4e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.279205  decreased coverage  0.00299657 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5445  ABC transporter membrane spanning protein  42.91 
 
 		 285 aa  189  5e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.596659  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0289  inner-membrane translocator  40.91 
 
 		 290 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  38.33 
 
 		 286 aa  186  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0160  inner-membrane translocator  41.61 
 
 		 311 aa  186  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2060  inner-membrane translocator  39.08 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5149  inner-membrane translocator  41.18 
 
 		 274 aa  182  7e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.416573 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2453  inner-membrane translocator  38.73 
 
 		 289 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.768144  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2248  transmembrane ABC transporter protein  39.3 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0687971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 287 aa  169  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  37.76 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 287 aa  170  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.01 
 
 		 290 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  37.19 
 
 		 313 aa  165  6.9999999999999995e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  34.17 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.79 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.79 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 286 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.07 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.72 
 
 		 287 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.72 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.72 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.72 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.72 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 290 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.72 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  34.72 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6434  inner-membrane translocator  34.08 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.263735  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3210  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  35.93 
 
 		 290 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.03 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  34.72 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 294 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 294 aa  156  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3536  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0293486 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 294 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  35.16 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 320 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 320 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.33 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3243  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.577561  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 296 aa  152  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4451  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 295 aa  152  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0584854  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 289 aa  152  8e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8052  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 293 aa  152  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475817  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1714  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0374994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 288 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3517  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 294 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3294  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  34.64 
 
 		 295 aa  149  4e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0420921  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4026  inner-membrane translocator  34.64 
 
 		 295 aa  149  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  35.46 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  32.14 
 
 		 295 aa  149  7e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3594  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.577522 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1399  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.934196  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2867  inner-membrane translocator  37.14 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.957765 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  34.35 
 
 		 293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1675  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315344  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2519  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.964633  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2331  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 291 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.219486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 288 aa  143  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3368  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.4 
 
 		 656 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  33.69 
 
 		 288 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3306  inner-membrane translocator  34.89 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.605647  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  32.08 
 
 		 315 aa  142  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 293 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>