More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0678 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
160 aa  317  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  70.89 
 
 
296 aa  228  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.88 
 
 
280 aa  199  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.25 
 
 
284 aa  197  5e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.25 
 
 
280 aa  194  5.000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.25 
 
 
280 aa  193  6e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  56.33 
 
 
282 aa  191  3e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  54.72 
 
 
288 aa  189  1e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.25 
 
 
285 aa  180  9.000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  52.5 
 
 
285 aa  179  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
285 aa  179  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55 
 
 
284 aa  179  1e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.62 
 
 
278 aa  177  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.73 
 
 
258 aa  170  9e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.73 
 
 
497 aa  168  2e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.77 
 
 
274 aa  169  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.88 
 
 
300 aa  169  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.73 
 
 
495 aa  167  5e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.37 
 
 
542 aa  167  7e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.407034  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  48.1 
 
 
473 aa  166  1e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.1 
 
 
485 aa  166  2e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.62 
 
 
406 aa  165  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.586831  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  52.1 
 
 
304 aa  165  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  52.1 
 
 
304 aa  165  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2275  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.07 
 
 
405 aa  164  4e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000983767 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.47 
 
 
494 aa  162  1.0000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  47.47 
 
 
479 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.12 
 
 
277 aa  162  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.84 
 
 
496 aa  160  5.0000000000000005e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.77 
 
 
300 aa  160  5.0000000000000005e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.48 
 
 
343 aa  155  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.48 
 
 
344 aa  155  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0874  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.4 
 
 
310 aa  154  4e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.5 
 
 
290 aa  154  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 
301 aa  152  1e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 
287 aa  153  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.38 
 
 
296 aa  152  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 
307 aa  152  2e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  44.72 
 
 
305 aa  151  2.9999999999999998e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000176481  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  46.15 
 
 
288 aa  152  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0479  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.43 
 
 
304 aa  151  4e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.477815  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
313 aa  150  5.9999999999999996e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0216916  hitchhiker  0.00872775 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_930  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  45.62 
 
 
301 aa  150  8e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.438382  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1799  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.57 
 
 
285 aa  150  8.999999999999999e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.160899  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.31 
 
 
349 aa  149  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.142881 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.21 
 
 
342 aa  149  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
299 aa  148  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.77 
 
 
304 aa  148  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
293 aa  148  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2855  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.64 
 
 
316 aa  149  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.05 
 
 
321 aa  147  5e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  44.85 
 
 
300 aa  147  6e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.81 
 
 
284 aa  147  7e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1822  oligopeptide transport integral membrane protein  46.11 
 
 
341 aa  147  8e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.661927  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  40.25 
 
 
279 aa  147  9e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.25 
 
 
291 aa  147  9e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.532821  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
299 aa  146  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.2 
 
 
308 aa  146  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  40.76 
 
 
284 aa  146  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6674  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.1 
 
 
282 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0258683  normal  0.60671 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.63 
 
 
323 aa  145  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.145081  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.23 
 
 
309 aa  145  3e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.45 
 
 
280 aa  145  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275681  normal  0.0822975 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 
344 aa  144  5e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.57 
 
 
310 aa  144  5e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.361284  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.48 
 
 
344 aa  144  6e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000360148  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.94 
 
 
273 aa  144  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 
309 aa  144  6e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.99 
 
 
303 aa  144  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.99 
 
 
303 aa  144  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.14 
 
 
287 aa  144  7.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
352 aa  143  8.000000000000001e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000439393  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5914  ABC transporter, permease protein  47.31 
 
 
331 aa  143  8.000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0959358  normal  0.0354831 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.22 
 
 
309 aa  143  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.59 
 
 
310 aa  143  1e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0860  oligopeptide ABC transporter permease  42.68 
 
 
283 aa  142  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.99 
 
 
299 aa  142  2e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0824  oligopeptide ABC transporter, permease  42.68 
 
 
283 aa  142  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  43.04 
 
 
301 aa  142  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0910  oligopeptide ABC transporter permease protein  42.68 
 
 
283 aa  142  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4384  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.68 
 
 
283 aa  142  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  9.52955e-23 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  46.2 
 
 
317 aa  142  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  38.99 
 
 
282 aa  142  2e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0998  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.68 
 
 
283 aa  142  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.8284200000000003e-62 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2799  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.57 
 
 
287 aa  142  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164346  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
283 aa  142  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.51 
 
 
291 aa  142  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0947  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.68 
 
 
283 aa  142  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177412  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1002  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.68 
 
 
283 aa  142  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1851  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  51.09 
 
 
331 aa  141  3e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.737422 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0809  oligopeptide ABC transporter, permease  42.68 
 
 
283 aa  142  3e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.59 
 
 
293 aa  141  3e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 
294 aa  141  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.51 
 
 
312 aa  141  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.95 
 
 
359 aa  141  4e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0003  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.53 
 
 
313 aa  141  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.158402  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.88 
 
 
295 aa  141  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.95 
 
 
293 aa  140  5e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5359  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  43.59 
 
 
289 aa  140  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.632265  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6953  oligopeptide ABC transporter (permease protein)  52.99 
 
 
310 aa  140  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>