More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1753 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
280 aa  544  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275681  normal  0.0822975 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.06 
 
 
295 aa  401  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3258  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  76.7 
 
 
295 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.5 
 
 
282 aa  395  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.980051  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3277  hypothetical protein  77.06 
 
 
295 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6674  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.33 
 
 
282 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0258683  normal  0.60671 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.72 
 
 
280 aa  256  2e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.63 
 
 
285 aa  257  2e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.72 
 
 
280 aa  251  8.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
274 aa  249  4e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  48.28 
 
 
285 aa  248  6e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.76 
 
 
284 aa  246  3e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  48.79 
 
 
282 aa  246  4e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  47.25 
 
 
288 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.13 
 
 
285 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.65 
 
 
287 aa  242  5e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 
280 aa  241  1e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.13 
 
 
284 aa  237  2e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.43 
 
 
278 aa  232  5e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.13 
 
 
300 aa  230  2e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
292 aa  229  4e-59  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.273251  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 
301 aa  228  9e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
312 aa  225  7e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.65 
 
 
300 aa  223  2e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  43.22 
 
 
301 aa  222  6e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5301  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  44.07 
 
 
296 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.527833  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.07 
 
 
296 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  43.68 
 
 
301 aa  219  3e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
299 aa  219  3e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.88 
 
 
300 aa  219  5e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
304 aa  218  6e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  46.35 
 
 
479 aa  219  6e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
485 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.19 
 
 
496 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24260  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  43.55 
 
 
313 aa  216  4e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.09 
 
 
495 aa  216  4e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.78 
 
 
494 aa  215  5.9999999999999996e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  42.75 
 
 
284 aa  215  7e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0212  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.88 
 
 
292 aa  215  8e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.000142566  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48 
 
 
277 aa  214  9.999999999999999e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.32 
 
 
304 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.45 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  45.05 
 
 
300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.73 
 
 
301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  43.86 
 
 
473 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  42.49 
 
 
304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
307 aa  211  9e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
299 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.553979  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  41.18 
 
 
299 aa  211  1e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.73 
 
 
280 aa  211  1e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.83 
 
 
310 aa  211  1e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.18 
 
 
299 aa  211  2e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  41.18 
 
 
299 aa  211  2e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.02 
 
 
310 aa  210  2e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  41.18 
 
 
299 aa  211  2e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
299 aa  210  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111328  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1851  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  42.71 
 
 
331 aa  211  2e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.737422 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
284 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  41.18 
 
 
299 aa  211  2e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
300 aa  209  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  44.24 
 
 
300 aa  209  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.12 
 
 
301 aa  210  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  44.69 
 
 
300 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
307 aa  209  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.29 
 
 
276 aa  209  4e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0144  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.79 
 
 
298 aa  209  4e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0407535  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
293 aa  209  5e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 
293 aa  209  6e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 
296 aa  208  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.59 
 
 
497 aa  208  8e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1822  oligopeptide transport integral membrane protein  40.53 
 
 
341 aa  207  1e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.661927  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  38.32 
 
 
279 aa  207  1e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.55 
 
 
317 aa  207  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 
295 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
304 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.04 
 
 
273 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.03 
 
 
294 aa  206  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
289 aa  207  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
307 aa  207  2e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.67 
 
 
258 aa  206  3e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
283 aa  205  5e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
299 aa  205  6e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.16 
 
 
301 aa  205  6e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.73 
 
 
293 aa  205  7e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.85 
 
 
311 aa  205  8e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  41.46 
 
 
304 aa  205  8e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  41.46 
 
 
304 aa  205  8e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
309 aa  204  1e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
304 aa  203  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
294 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.97 
 
 
293 aa  203  2e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5914  ABC transporter, permease protein  41.69 
 
 
331 aa  202  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0959358  normal  0.0354831 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
273 aa  203  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0266174  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.05 
 
 
289 aa  202  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
301 aa  203  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
359 aa  203  3e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
277 aa  203  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.23 
 
 
321 aa  202  4e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>