More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001192 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001192  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 296 aa  612  9.999999999999999e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04980  transcriptional regulator  82.09 
 
 		 311 aa  524  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0274  putative glycine cleavage operon activator  56.95 
 
 		 301 aa  358  6e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.45 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4301  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 290 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.15 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 312 aa  132  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.21 
 
 		 303 aa  132  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.21 
 
 		 303 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.55 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 		 303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 		 303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 		 303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.89 
 
 		 303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.05 
 
 		 322 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 289 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.87 
 
 		 303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  29.69 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.87 
 
 		 303 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.33 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.87 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.24 
 
 		 304 aa  125  9e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.25 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.87 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.9 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.9 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.9 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 343 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.9 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.9 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.9 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.24 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.9 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  26.9 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.24 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.24 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 291 aa  123  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  29.93 
 
 		 339 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4430  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3079  normal  0.432703 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 317 aa  122  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 305 aa  122  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.43 
 
 		 307 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.19 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 308 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2482  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 303 aa  122  9e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.134269  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.47 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000692  putative transcriptional regulator LysR family protein  27.99 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.15 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000754  putative transcription activator  30 
 
 		 289 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000185322  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 327 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3540  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.35 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.14 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.36 
 
 		 334 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.9 
 
 		 305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3282  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 294 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.355799  normal  0.889807 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 301 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.91 
 
 		 294 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2548  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 328 aa  119  4.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.55 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.55 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6082  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 329 aa  119  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.55 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.55 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.55 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.9 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 311 aa  119  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2316  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.82 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.43543  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>